SAXSdb — 1hjp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RUVA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–203	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.9；50MM CITRATE PH4.9 500MM NACL 10% GLYCEROL 3% PEG2000	分辨率 2.50 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HJP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BDX E. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA CARBONS AND PHOSPHATE ATOMS ONLY 提交 1998-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 A 1–203（203 aa）链 B 1–203（203 aa）链 C 1–203（203 aa）链 D 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；PROTEIN/DNA COMPLEX WAS CRYSTALLISED FROM 0.85M SODIUM ACETATE BUFFERED WITH 100MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 6.00 Å
1C7Y E.COLI RUVA-HOLLIDAY JUNCTION COMPLEX 提交 2000-04-03	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：36-meric	链 A 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；ammonium sulfate, sodium chloride, glycerol, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.279
1CUK ESCHERICHIA COLI RUVA PROTEIN AT PH 4.9 AND ROOM TEMPERATURE 提交 1996-08-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–203（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1D8L E. COLI HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA NH2 REGION LACKING DOMAIN III 提交 1999-10-25	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–149（149 aa）片段：NH2 REGION 链 B 1–149（149 aa）片段：NH2 REGION	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60	分辨率 2.50 Å R-free 0.320

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUVA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hjp
沉积日期 deposition_date	1997-08-21
结构标题 title	HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA FROM E. COLI
关键词 keywords	DNA RECOMBINATION, DNA REPAIR, HOLLIDAY JUNCTION BINDING; DNA RECOMBINATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.15 Å
零角强度 I(0) i0	7254280.00
分子量 molecular_weight	20476.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25997 Å³
包络体积 envelope_volume	32112 Å³
水化壳体积 shell_volume	14970 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.3 Å
壳层 Rg shell_rg	24.04 Å
包络 Rg envelope_rg	19.23 Å
形状 Rg shape_rg	19.12 Å
总 Rg total_rg	20.06 Å
总原子数 total_atoms	1439
残基数 n_residues	186
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2540e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6890e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7254000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9134
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.183
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.681
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1867000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1hjpa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain
家族 Family family	a.5.1.1 — DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1hjpa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.2 — RuvA domain 2-like
家族 Family family	a.60.2.1 — DNA helicase RuvA subunit, middle domain

结构域编号 domain_id	d1hjpa3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.2 — DNA helicase RuvA subunit, N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1hjpA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1hjpA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	1hjpA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.730 Å
晶胞边长 b length_b	83.730 Å
晶胞边长 c length_c	34.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 4
空间群编号 int_tables_number	75
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2940

描述 description	RUVA
分子量 formula_weight	22111.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1458

HOLLIDAY JUNCTION BINDING PROTEIN RUVA FROM E. COLI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RUVA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

fit	/app/data/saxs_computation/hj/1hjp/1hjp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/1hjp/1hjp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/1hjp/1hjp.dat