SAXSdb — 1hor

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–266 链 B； UniProt 1–266	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6 AGP 2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HOR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CD5 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER 提交 1999-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；sodium acetate, hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1DEA STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–266（266 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1FQO GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE COMPLEXED WITH THE SUBSTRATE OF THE REVERSE REACTION FRUCTOSE 6-PHOSPHATE (OPEN FORM) 提交 2000-09-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	F6R FRUCTOSE -6-PHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；sodium acetate, HEPES, fructose 6-phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1FRZ GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, R CONFORMER. COMPLEXED WITH THE ALLOSTERIC ACTIVATOR N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE AT 2.2 A RESOLUTION 提交 2000-09-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
1FS5 A DISCOVERY OF THREE ALTERNATE CONFORMATIONS IN THE ACTIVE SITE OF GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE ISOMERASE 提交 2000-09-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）链 B 1–266（266 aa）	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 6 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；HEPES, sodium potassium tatrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 1.73 Å R-free 0.251
1FS6 GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 2.2A RESOLUTION 提交 2000-09-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1FSF GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM E.COLI, T CONFORMER, AT 1.9A RESOLUTION 提交 2000-09-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；291 K；HEPES, sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
1JT9 Structure of the mutant F174A T form of the Glucosamine-6-Phosphate deaminase from E.coli 提交 2001-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–266（266 aa）	突变：F174A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.06 Å R-free 0.224
1JT9 Structure of the mutant F174A T form of the Glucosamine-6-Phosphate deaminase from E.coli 提交 2001-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–266（266 aa）	突变：F174A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；HEPES, sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.06 Å R-free 0.224
2WU1 Glucosamine-6-Phosphate Deaminase Complexed with the Allosteric Activator N-Acetyl-Glucoamine-6-Phosphate both in the Active and Allosteric sites. 提交 2009-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–266（266 aa）	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 FGS 5-(ACETYLAMINO)-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-L-IDITOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；SODIUM ACETATE, HEPES, N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.191
2WU1 Glucosamine-6-Phosphate Deaminase Complexed with the Allosteric Activator N-Acetyl-Glucoamine-6-Phosphate both in the Active and Allosteric sites. 提交 2009-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–266（266 aa）	未记录	16G 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 FGS 5-(ACETYLAMINO)-5-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-L-IDITOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；SODIUM ACETATE, HEPES, N-ACETYL-GLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP AT 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.191

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAGB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hor
沉积日期 deposition_date	1995-09-13
结构标题 title	STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION
关键词 keywords	INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE DEAMINASE; INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE DEAMINASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.61 Å
零角强度 I(0) i0	59174400.00
分子量 molecular_weight	60255.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75187 Å³
包络体积 envelope_volume	92843 Å³
水化壳体积 shell_volume	25843 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.33 Å
包络 Rg envelope_rg	31.50 Å
形状 Rg shape_rg	31.70 Å
总 Rg total_rg	31.73 Å
总原子数 total_atoms	4226
残基数 n_residues	532
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7889
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.816
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.565; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.662; Smooth: 0.896

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE
分子量 formula_weight	29812.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.3.1.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4442

MRLIPLTTAEQVGKWAARHIVNRINAFKPTADRPFVLGLPTGGTPMTTYKALVEMHKAGQVSFKHVVTFNMDEYVGLPKEHPESYYSFMHRNFFDHVDIPAENINLLNGNAPDIDAECRQYEEKIRSYGKIHLFMGGVGNDGHIAFNEPASSLASRTRIKTLTHDTRVANSRFFDNDVNQVPKYALTVGVGTLLDAEEVMILVLGSQKALALQAAVEGCVNHMWTISCLQLHPKAIMVCDEPSTMELKVKTLRYFNELEAENIKGL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-DEOXY-2-AMINO GLUCITOL-6-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	261.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	216

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1hora_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.124 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.124.1 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
家族 Family family	c.124.1.1 — NagB-like

结构域编号 domain_id	d1horb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.124 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.124.1 — NagB/RpiA/CoA transferase-like
家族 Family family	c.124.1.1 — NagB-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1horA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

结构域编号 domain_id	1horB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1360 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	125.710 Å
晶胞边长 b length_b	125.710 Å
晶胞边长 c length_c	222.870 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1650
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ho/1hor/1hor.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ho/1hor/1hor.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ho/1hor/1hor.dat

STRUCTURE AND CATALYTIC MECHANISM OF GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE DEAMINASE FROM ESCHERICHIA COLI AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION