1hr9

Yeast Mitochondrial Processing Peptidase beta-E73Q Mutant Complexed with Malate Dehydrogenase Signal Peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P11914

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MPPA_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–469; UniProt 14–482 作者链 C; PDB构建体 1–469; UniProt 14–482 作者链 E; PDB构建体 1–469; UniProt 14–482 作者链 G; PDB构建体 1–469; UniProt 14–482

MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P10507

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MALATE DEHYDROGENASE × 1 (P17505) ZINC ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MPPB_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–443; UniProt 21–462 作者链 D; PDB构建体 2–443; UniProt 21–462 作者链 F; PDB构建体 2–443; UniProt 21–462 作者链 H; PDB构建体 2–443; UniProt 21–462

MALATE DEHYDROGENASE

物种未注明

UniProt P17505

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) ZINC ION × 1 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) ZINC ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE ALPHA SUBUNIT × 1 (P11914) MITOCHONDRIAL PROCESSING PEPTIDASE BETA SUBUNIT × 1 (P10507) ZINC ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MDHM_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–8; UniProt 2–9 作者链 P; PDB构建体 1–8; UniProt 2–9 作者链 Q; PDB构建体 1–8; UniProt 2–9 作者链 R; PDB构建体 1–8; UniProt 2–9

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hr9
沉积日期 deposition_date2000-12-21
结构标题 titleYeast Mitochondrial Processing Peptidase beta-E73Q Mutant Complexed with Malate Dehydrogenase Signal Peptide
关键词 keywordsHxxEH zinc-binding motif, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1hr9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1hr9__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1hr9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.25 Å
Rg(电子密度)29.10 Å
总 Rg29.93 Å
原子数6977
残基数899
排除体积124100 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1hr9__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1hr9__assembly_2__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 1hr9__assembly_3__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 1hr9__assembly_4__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 33 domains

SCOP 2.08 (17 domains)

结构域编号 domain_idd1hr9a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9b1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9b2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9c1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9c2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9d1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9d2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9e1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9e2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9f1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9f2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9f3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1hr9g1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9g2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9h1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like
结构域编号 domain_idd1hr9h2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.185 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
超家族 Superfamily superfamilyd.185.1 — LuxS/MPP-like metallohydrolase
家族 Family familyd.185.1.1 — MPP-like

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id1hr9A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9E02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9F02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9G02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
结构域编号 domain_id1hr9H02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology830 — Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like
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7. 引用文献 (1)