SAXSdb — 1hra

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOIC ACID RECEPTOR

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 75–153	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HRA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XAP Structure of the ligand binding domain of the Retinoic Acid Receptor beta 提交 2004-08-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 176–421（246 aa）片段：ligand binding domain	未记录	TTB 4-[(1E)-2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)PROP-1-ENYL]BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；PEG 8000, potassium chloride, magnesium chloride, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253
4DM6 Crystal structure of RARb LBD homodimer in complex with TTNPB 提交 2012-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 176–421（246 aa）片段：unp residues 176-421	未记录	TTB 4-[(1E)-2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)PROP-1-ENYL]BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；5% polyethylene glycol 8000, 0.2 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 0.05 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 5.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
4DM6 Crystal structure of RARb LBD homodimer in complex with TTNPB 提交 2012-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 176–421（246 aa）片段：unp residues 176-421	未记录	TTB 4-[(1E)-2-(5,5,8,8-TETRAMETHYL-5,6,7,8-TETRAHYDRONAPHTHALEN-2-YL)PROP-1-ENYL]BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；5% polyethylene glycol 8000, 0.2 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 0.05 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K, pH 5.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
4DM8 Crystal structure of RARb LBD in complex with 9cis retinoic acid 提交 2012-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 176–421（246 aa）片段：unp residues 176-421	未记录	REA RETINOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；5% polyethylene glycol 8000, 0.2 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 0.05 M MES pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
4DM8 Crystal structure of RARb LBD in complex with 9cis retinoic acid 提交 2012-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 176–421（246 aa）片段：unp residues 176-421	未记录	REA RETINOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；5% polyethylene glycol 8000, 0.2 M KCl, 0.01 M MgCl2 and 0.05 M MES pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.30 Å R-free 0.277
4JYG Crystal structure of RARbeta LBD in complex with agonist BMS411 [4-{[(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid] 提交 2013-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 176–421（246 aa）片段：Ligand binding domain, UNP residues 176-421 链 B 176–421（246 aa）片段：Ligand binding domain, UNP residues 176-421	未记录	1NY 4-{[(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 2 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；291 K；200 mM Tri Sodium Citrate pH 5.5, 25 % PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.35 Å R-free 0.257
4JYH Crystal structure of RARbeta LBD in complex with selective agonist BMS948 [4-{[(8-phenylnaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid] 提交 2013-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 176–421（246 aa）片段：Ligand binding domain, UNP residues 176-421 链 B 176–421（246 aa）片段：Ligand binding domain, UNP residues 176-421	未记录	JYH 4-{[(8-phenylnaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；291 K；200 mM Tri Sodium Citrate pH 5.5, 25% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
4JYI Crystal structure of RARbeta LBD in complex with selective partial agonist BMS641 [3-chloro-4-[(E)-2-(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)ethenyl]benzoic acid] 提交 2013-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 176–421（246 aa）片段：Ligand binding domain, UNP residues 176-421 链 B 176–421（246 aa）片段：Ligand binding domain, UNP residues 176-421	未记录	JYI 3-chloro-4-[(E)-2-(5,5-dimethyl-8-phenyl-5,6-dihydronaphthalen-2-yl)ethenyl]benzoic acid × 2 FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；291 K；200 mM Tri Sodium Citrate pH 5.5, 25% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5UAN Crystal structure of multi-domain RAR-beta-RXR-alpha heterodimer on DNA 提交 2016-12-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 80–455（376 aa）片段：UNP residues 98-462	未记录	ZN ZINC ION × 4 9CR (9cis)-retinoic acid × 1 REA RETINOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, PEG300	分辨率 3.51 Å R-free 0.270
6SSQ Crystal structure of RARbeta LBD in complex with LG 100754 提交 2019-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 176–421（246 aa）链 B 176–421（246 aa）	未记录	754 (2E,4E,6Z)-3-methyl-7-(5,5,8,8-tetramethyl-3-propoxy-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)octa-2,4,6-trienoic acid × 2 FLC CITRATE ANION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；200 mM Tri Sodium Citrate pH 5.5, 25 % PEG 4000	分辨率 2.30 Å R-free 0.208

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RARB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–80； UniProt 75–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hra
沉积日期 deposition_date	1993-07-25
结构标题 title	THE SOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN RETINOIC ACID RECEPTOR-BETA DNA-BINDING DOMAIN
关键词 keywords	DNA-BINDING RECEPTOR; DNA-BINDING RECEPTOR
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.91 Å
零角强度 I(0) i0	344638000.00
分子量 molecular_weight	143370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174060 Å³
包络体积 envelope_volume	17613 Å³
水化壳体积 shell_volume	11275 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.8 Å
壳层 Rg shell_rg	19.07 Å
包络 Rg envelope_rg	13.68 Å
形状 Rg shape_rg	11.95 Å
总 Rg total_rg	11.94 Å
总原子数 total_atoms	9810
残基数 n_residues	1200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	41.0 Å
Rg (实空间) rg_real	11.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	344600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8738
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.157
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.444
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	117300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1hraa_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.2 — Nuclear receptor

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1hraA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	RETINOIC ACID RECEPTOR
分子量 formula_weight	9434.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9810

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

THE SOLUTION STRUCTURE OF THE HUMAN RETINOIC ACID RECEPTOR-BETA DNA-BINDING DOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RETINOIC ACID RECEPTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/hr/1hra/1hra.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hr/1hra/1hra.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hr/1hra/1hra.dat