SAXSdb — 1hvu

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hvu
沉积日期 deposition_date	1998-06-30
结构标题 title	HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH A 33-BASE NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT
关键词 keywords	COMPLEX (NUCLEOTIDYLTRANSFERASE-RNA), HYDROLASE, ASPARTYL PROTEASE, ENDONUCLEASE, TRANSFERASE-RNA complex; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.98 Å
零角强度 I(0) i0	2174140000.00
分子量 molecular_weight	302260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	338210 Å³
包络体积 envelope_volume	812450 Å³
水化壳体积 shell_volume	98607 Å³
包络直径 envelope_diameter	238.7 Å
壳层 Rg shell_rg	67.61 Å
包络 Rg envelope_rg	69.66 Å
形状 Rg shape_rg	73.01 Å
总 Rg total_rg	72.82 Å
总原子数 total_atoms	21416
残基数 n_residues	3936
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	258.4 Å
Rg (实空间) rg_real	72.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2169000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8465
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	82.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.655
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0026
最高正则化参数 α highest_alpha	101600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.576

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	RNA (33 NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT)
分子量 formula_weight	9638.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F,I,L
原子数 atom_count	21416

AGAUUCCGUUUUCAGUCGGGAAAAACUGAA

Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
分子量 formula_weight	63834.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J

PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSA

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE)
分子量 formula_weight	49533.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

IETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWY

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1hvua1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.1 — Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	d1hvua2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hvub_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hvud1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.1 — Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	d1hvud2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hvue_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hvug1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.1 — Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	d1hvug2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hvuh_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hvuj1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.1 — Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	d1hvuj2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hvuk_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	166.700 Å
晶胞边长 b length_b	169.200 Å
晶胞边长 c length_c	331.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.750 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.3400
R_work r_work	0.3400
R_free r_free	0.4130

fit	/app/data/saxs_computation/hv/1hvu/1hvu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/1hvu/1hvu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/1hvu/1hvu.dat

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 REVERSE TRANSCRIPTASE COMPLEXED WITH A 33-BASE NUCLEOTIDE RNA PSEUDOKNOT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)