1hwt

STRUCTURE OF A HAP1/DNA COMPLEX REVEALS DRAMATICALLY ASYMMETRIC DNA BINDING BY A HOMODIMERIC PROTEIN

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(GPCPGPCPTPAPTPTPAPTPCPGPCPTPAPTPTPAPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPTPAPAPTPAPGPCPGPAPTPAPAPTPAPGPCPGPC)-3') ; × 1 ZINC ION × 5 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(GPCPGPCPTPAPTPTPAPTPCPGPCPTPAPTPTPAPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(GPCPTPAPAPTPAPGPCPGPAPTPAPAPTPAPGPCPGPC)-3') ; × 1 ZINC ION × 4 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–81； UniProt 55–135 作者链 D； PDB构建体 1–81； UniProt 55–135 作者链 G； PDB构建体 1–81； UniProt 55–135 作者链 H； PDB构建体 1–81； UniProt 55–135

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hwt
沉积日期 deposition_date	1998-09-17
结构标题 title	STRUCTURE OF A HAP1/DNA COMPLEX REVEALS DRAMATICALLY ASYMMETRIC DNA BINDING BY A HOMODIMERIC PROTEIN
关键词 keywords	TRANSCRIPTION FACTOR, ASYMMETRY, GAL4, COMPLEX ACTIVATOR-DNA, GENE REGULATION-DNA COMPLEX; GENE REGULATION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1hwt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1hwt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1hwt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.89 Å
Rg（电子密度）	22.67 Å
总 Rg	23.13 Å
原子数	2010
残基数	184
排除体积	33437 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1hwt__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1hwt__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPGPCPTPAPTPTPAPTPCPGPCPTPAPTPTPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6100.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	4062

GCGCTATTATCGCTATTAGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(GPCPTPAPAPTPAPGPCPGPAPTPAPAPTPAPGPCPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	6167.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

GCTAATAGCGATAATAGCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)
分子量 formula_weight	9626.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,G,H

RKRNRIPLSCTICRKRKVKCDKLRPHCQQCTKTGVAHLCHYMEQTWAEEAEKELLKDNELKKLRERVKSLEKTLSKVHSSP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1hwtc1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.38 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	g.38.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
家族 Family family	g.38.1.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1hwtc2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1hwtd1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.38 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	g.38.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
家族 Family family	g.38.1.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1hwtd2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1hwtg1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.38 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	g.38.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
家族 Family family	g.38.1.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1hwtg2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d1hwth1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.38 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	g.38.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
家族 Family family	g.38.1.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1hwth2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1hwtC01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	240 — CD2-Gal4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1hwtC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1hwtD01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	240 — CD2-Gal4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1hwtD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1hwtG01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	240 — CD2-Gal4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1hwtG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	1hwtH01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	240 — CD2-Gal4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1hwtH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

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晶胞边长 a length_a	85.600 Å
晶胞边长 b length_b	85.700 Å
晶胞边长 c length_c	94.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2910

STRUCTURE OF A HAP1/DNA COMPLEX REVEALS DRAMATICALLY ASYMMETRIC DNA BINDING BY A HOMODIMERIC PROTEIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hwt__assembly_1__model_1

1hwt__assembly_1__model_1 | I(q)

1hwt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

STRUCTURE OF A HAP1/DNA COMPLEX REVEALS DRAMATICALLY ASYMMETRIC DNA BINDING BY A HOMODIMERIC PROTEIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HEME ACTIVATOR PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hwt__assembly_1__model_1

1hwt__assembly_1__model_1 | I(q)

1hwt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)