1hys

CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 156.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE

Human immunodeficiency virus 1

UniProt P03366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 DNA 1 RNA 1 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 168–720 链 B; UniProt 168–592 片段:P66 突变:C280S 片段:P51 突变:C280S 5'-R(*UP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*CP*TP*G)-3' × 1 FAB-28 MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT LIGHT CHAIN × 1 FAB-28 MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT HEAVY CHAIN × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;297 K;ammonium sulfate, cacodylate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K 分辨率 3.00 Å R-free 0.316

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、469 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POL_HV1B1
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–553; UniProt 168–720 作者链 B; PDB构建体 1–425; UniProt 168–592

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hys

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hys
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hys
沉积日期 deposition_date2001-01-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA
关键词 keywords;polypurine tract, PPT, protein-nucleic acid complex, RNase H, RNA:DNA, unpaired base, RNase H primer grip, TRANSFERASE-DNA-RNA COMPLEX, TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID complex ;; TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.90
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.94
零角强度 I(0) i0465399000.00
分子量 molecular_weight172680.0 kDa
排除体积 excluded_volume214140 ų
包络体积 envelope_volume298720 ų
水化壳体积 shell_volume58585 ų
包络直径 envelope_diameter166.9
壳层 Rg shell_rg46.52
包络 Rg envelope_rg44.06
形状 Rg shape_rg43.88
总 Rg total_rg44.24
总原子数 total_atoms12139
残基数 n_residues1457
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax156.0
Rg (实空间) rg_real46.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real4.6790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.9610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal465200000.0000
解质量估计 total_estimate0.6507
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.3
偏度 Skewness skewness0.565
峰度 Kurtosis kurtosis-0.228
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.6220
最高正则化参数 α highest_alpha48790000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 0.867; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.849; Smooth: 0.652

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd1hysa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family familyc.55.3.1 — Ribonuclease H
结构域编号 domain_idd1hysa2
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamilye.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family familye.8.1.2 — Reverse transcriptase
结构域编号 domain_idd1hysb_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamilye.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family familye.8.1.2 — Reverse transcriptase
结构域编号 domain_idd1hysc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1hysc2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd1hysd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd1hysd2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id1hysA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id1hysA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id1hysA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id1hysA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id1hysA05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H
结构域编号 domain_id1hysB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1
结构域编号 domain_id1hysB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id1hysB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id1hysB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
结构域编号 domain_id1hysC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1hysC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1hysD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id1hysD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)