1hys

CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 DNA 1 RNA 1	5'-R(UPCPAPGPCPCPAPCPUPUPUPUPUPAPAPAPAPGPAPAPAPAPG)-3' × 1 5'-D(CPTPTPTPTPCPTPTPTPTPAPAPAPAPAPGPTPGPGPCPTP*G)-3' × 1 FAB-28 MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT LIGHT CHAIN × 1 FAB-28 MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT HEAVY CHAIN × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1B1
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–553； UniProt 168–720 作者链 B； PDB构建体 1–425； UniProt 168–592

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hys
沉积日期 deposition_date	2001-01-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA
关键词 keywords	;polypurine tract, PPT, protein-nucleic acid complex, RNase H, RNA:DNA, unpaired base, RNase H primer grip, TRANSFERASE-DNA-RNA COMPLEX, TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID complex ;; TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1hys__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1hys__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1hys__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.90 Å
Rg（电子密度）	43.94 Å
总 Rg	44.24 Å
原子数	12139
残基数	1457
排除体积	214140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1hys__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(UPCPAPGPCPCPAPCPUPUPUPUPUPAPAPAPAPGPAPAPAPAP*G)-3'
分子量 formula_weight	7340.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E
原子数 atom_count	12139

UCAGCCACUUUUUAAAAGAAAAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPTPTPTPTPCPTPTPTPTPAPAPAPAPAPGPTPGPGPCPTPG)-3'
分子量 formula_weight	6747.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CTTTTCTTTTAAAAAGTGGCTG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
分子量 formula_weight	63747.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
突变 mutation	C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFKKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLSKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVS

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
分子量 formula_weight	49562.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
突变 mutation	C280S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	FAB-28 MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	22926.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCSASQDISSYLNWYQQKPEGTVKLLIYYTSSLHSGVPSAFSGSGSGTDYSLTISNLEPEDFATYYCQQYSKFPWTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVAWAIDGSAAANGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTADAYEAANSYTCAATHKTSTSPIVKSFNANEC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	FAB-28 MONOCLONAL ANTIBODY FRAGMENT HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	23457.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

QITLKESGPGIVQPSQPFRLTCTFSGFSLSTSGIGVTWIRQPSGKGLEWLATIWWDDDNRYNPSLKSRLTVSKDTSNNQAFLNMMTVETADTAIYYCAQSAITSVTDSAMDHWGQGTSVTVSSAATTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKI

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1hysa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.3 — Ribonuclease H-like
家族 Family family	c.55.3.1 — Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	d1hysa2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hysb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.2 — Reverse transcriptase

结构域编号 domain_id	d1hysc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1hysc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1hysd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1hysd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id	1hysA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	1hysA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1hysA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1hysA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1hysA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H

结构域编号 domain_id	1hysB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1

结构域编号 domain_id	1hysB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1hysB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1hysB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	1hysC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1hysC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1hysD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1hysD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	166.160 Å
晶胞边长 b length_b	166.160 Å
晶胞边长 c length_c	218.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 1 2
空间群编号 int_tables_number	153
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2740
R_free r_free	0.3160

CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hys__assembly_1__model_1

1hys__assembly_1__model_1 | I(q)

1hys__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE IN COMPLEX WITH A POLYPURINE TRACT RNA:DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1hys__assembly_1__model_1

1hys__assembly_1__model_1 | I(q)

1hys__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (13 domains)

7. 引用文献 (1)