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1i1s

SOLUTION STRUCTURE OF THE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION DOMAIN OF THE BACTERIOPHAGE T4 PROTEIN MOTA

Method: SOLUTION NMR Dmax: 44.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MOTA

Enterobacteria phage T4

UniProt P22915

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–96 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-96 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；301 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM potassium phosphate；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；301 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM potassium phosphate；压力 ambient NMR样品组成：2mM MotNF U-15N | 200 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O NMR样品组成：2mM MotNF U-13C,15N | 200 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1I1S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BJA ACTIVATION DOMAIN OF THE PHAGE T4 TRANSCRIPTION FACTOR MOTA 提交 1998-06-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–96（95 aa） 片段：N-TERMINAL ACTIVATION DOMAIN
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 8.0 - 9.0, pH 8.5
分辨率 2.19 Å R-free 0.291
1BJA ACTIVATION DOMAIN OF THE PHAGE T4 TRANSCRIPTION FACTOR MOTA 提交 1998-06-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–96（95 aa） 片段：N-TERMINAL ACTIVATION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 60% SATURATED AMMONIUM SULPHATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE, PH 8.0 - 9.0, pH 8.5
分辨率 2.19 Å R-free 0.291
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 105–211（107 aa） 片段：DNA binding domain residues 105-211
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 105–211（107 aa） 片段：DNA binding domain residues 105-211
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 105–211（107 aa） 片段：DNA binding domain residues 105-211
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 105–211（107 aa） 片段：DNA binding domain residues 105-211
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 105–211（107 aa） 片段：DNA binding domain residues 105-211
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.258
1KAF DNA Binding Domain Of The Phage T4 Transcription Factor MotA (AA105-211) 提交 2001-11-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 105–211（107 aa） 片段：DNA binding domain residues 105-211
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；from 19% PEG 8000, 35 mM potassium phosphate pH 5.0, 3% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.258
5JLT The crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal domain in complex with dsDNA reveals a novel protein-DNA recognition motif 提交 2016-04-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 93–211（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol
分辨率 2.96 Å R-free 0.245
5JLT The crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal domain in complex with dsDNA reveals a novel protein-DNA recognition motif 提交 2016-04-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 93–211（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol
分辨率 2.96 Å R-free 0.245
5JLT The crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal domain in complex with dsDNA reveals a novel protein-DNA recognition motif 提交 2016-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 93–211（119 aa）
链 D 93–211（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol
分辨率 2.96 Å R-free 0.245
5JLT The crystal structure of the bacteriophage T4 MotA C-terminal domain in complex with dsDNA reveals a novel protein-DNA recognition motif 提交 2016-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 93–211（119 aa）
链 C 93–211（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；23% PEG 8K, 0.1 M Na Acetate, 0.1 M NaCacodylate, pH 6.5, and 3% glycerol
分辨率 2.96 Å R-free 0.245
6K4Y CryoEM structure of sigma appropriation complex 提交 2019-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–211（211 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.79 Å

共 4 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MOTA_BPT4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–96； UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1i1s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1i1s
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1i1s
沉积日期 deposition_date2001-02-02
结构标题 titleSOLUTION STRUCTURE OF THE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATION DOMAIN OF THE BACTERIOPHAGE T4 PROTEIN MOTA
关键词 keywordsMotNF, coiled-coil, crystal packing, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.08 Å
零角强度 I(0) i0532365000.00
分子量 molecular_weight204660.0 kDa
排除体积 excluded_volume260650 ų
包络体积 envelope_volume20543 ų
水化壳体积 shell_volume12256 ų
包络直径 envelope_diameter51.0 Å
壳层 Rg shell_rg20.06 Å
包络 Rg envelope_rg15.11 Å
形状 Rg shape_rg13.09 Å
总 Rg total_rg13.22 Å
总原子数 total_atoms29560
残基数 n_residues1920
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax44.5 Å
Rg (实空间) rg_real13.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1710e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal532400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7948
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.7 Å
偏度 Skewness skewness0.202
峰度 Kurtosis kurtosis-0.290
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha109700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.779; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1i1sa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family familya.4.5.9 — Transcription factor MotA, activation domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1i1sA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)