1i3j

CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF INTRON ENDONUCLEASE I-TEVI WITH ITS SUBSTRATE

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 79.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i3j
沉积日期 deposition_date	2001-02-15
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF INTRON ENDONUCLEASE I-TEVI WITH ITS SUBSTRATE
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, EXTENDED STRUCTURE, ZN-FINGER, MINOR GROOVE HELIX, HELIX-TURN-HELIX, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.89 Å
零角强度 I(0) i0	17881100.00
分子量 molecular_weight	23940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26236 Å³
包络体积 envelope_volume	36170 Å³
水化壳体积 shell_volume	14607 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.37 Å
包络 Rg envelope_rg	23.06 Å
形状 Rg shape_rg	22.88 Å
总 Rg total_rg	23.38 Å
总原子数 total_atoms	1625
残基数 n_residues	138
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.1 Å
Rg (实空间) rg_real	22.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8048
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.543
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.408
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1396000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.673; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.503; Smooth: 0.936

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPTPCPTPTPGPGPGPTPCPTPAPCPCPGPTPTPTPAPAP*T)-3'
分子量 formula_weight	6410.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1823

TTCTTGGGTCTACCGTTTAAT

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APAPTPTPAPAPAPCPGPGPTPAPGPAPCPCPCPAPAPGP*A)-3'
分子量 formula_weight	6473.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AATTAAACGGTAGACCCAAGA

Entity 3 polymer

描述 description	INTRON-ASSOCIATED ENDONUCLEASE 1
分子量 formula_weight	13242.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

KALYSKPGSKNGRWNPETHKFCKCGVRIQTSAYTCSKCRNRSGENNSFFNHKHSDITKSKISEKMKGKKPSNIKKISCDGVIFDCAADAARHFKISSGLVTYRVKSDKWNWFYINA

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10665
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	185

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1i3ja_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.285 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.285.1 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases
家族 Family family	d.285.1.1 — DNA-binding domain of intron-encoded endonucleases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.140 Å
晶胞边长 b length_b	65.210 Å
晶胞边长 c length_c	43.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/i3/1i3j/1i3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i3/1i3j/1i3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i3/1i3j/1i3j.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA-BINDING DOMAIN OF INTRON ENDONUCLEASE I-TEVI WITH ITS SUBSTRATE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)