50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
Thermus thermophilus
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1–113 链 B; UniProt 1–113 | 突变:DEL(82-84) | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;1.9M Sodium chloride, 3% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | 分辨率 1.80 Å R-free 0.255 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1I4J | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BXE RIBOSOMAL PROTEIN L22 FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1998-10-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
1–113(113 aa)
|
突变:MET1MSE, MET64MSE 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7;pH 7
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.219 |
| 4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物;蛋白 × 42 PDB 声明:49-meric |
链 BS
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 5.50 Å |
| 4V4P Crystal structure of 70S ribosome with thrS operator and tRNAs. 提交 2005-01-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:58-meric |
链 AS
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.356 |
| 4V4R Crystal structure of the whole ribosomal complex. 提交 2005-09-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:56-meric |
链 BW
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 5.90 Å R-free 0.371 |
| 4V4S Crystal structure of the whole ribosomal complex. 提交 2005-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:56-meric |
链 BW
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 6.76 Å R-free 0.356 |
| 4V4T Crystal structure of the whole ribosomal complex with a stop codon in the A-site. 提交 2005-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:55-meric |
链 BW
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 6.7;277 K;PEG20k, MES buffer, magnesium acetate, potassium chloride, ammonium chloride, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
|
分辨率 6.46 Å R-free 0.361 |
| 4V4X Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome showing how the 16S 3'-end mimicks mRNA E and P codons. 提交 2006-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:55-meric |
链 BV
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.00 Å R-free 0.323 |
| 4V4Y Crystal structure of the 70S Thermus thermophilus ribosome with translocated and rotated Shine-Dalgarno Duplex. 提交 2006-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:57-meric |
链 BV
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 5.50 Å R-free 0.326 |
| 4V4Z 70S Thermus thermophilous ribosome functional complex with mRNA and E- and P-site tRNAs at 4.5A. 提交 2006-06-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:56-meric |
链 BV
1–113(113 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 4.51 Å R-free 0.345 |
| 4WR6 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site. 提交 2014-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:54-MERIC |
链 E8
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 652 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 4WR6 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with A-A mismatch in the first position in the A-site. 提交 2014-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:54-MERIC |
链 A5
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 508 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.249 |
| 4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:54-meric |
链 E8
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 708 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.238 |
| 4WU1 Complex of 70S ribosome with tRNA-Tyr and mRNA with G-U mismatch in the second position in the P-site 提交 2014-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:54-meric |
链 A5
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 673 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.238 |
| 4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:55-meric |
链 E8
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 699 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.193 |
| 4WZD Complex of 70S ribosome with cognate tRNA-Tyr in the P-site 提交 2014-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:55-meric |
链 A5
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 646 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;298 K;Tris-acetate, KSCN, PEG 550MME, PEG 20K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.193 |
| 6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:59-meric |
链 BW
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;292 K;5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 6C5L Conformation of methylated GGQ in the Peptidyl Transferase Center during translation termination (T. thermophilus) 提交 2018-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:59-meric |
链 DW
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 256 ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;292 K;5 mM HEPES, pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 50 mM potassium chloride, 10 mM ammonium chloride, 6 mM BME
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.247 |
| 6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:56-meric |
链 1W
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1492 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |
| 6CFJ Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with histidyl-CAM and bound to mRNA and A-, P-, and E-site tRNAs at 2.8A resolution 提交 2018-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:56-meric |
链 2W
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1113 K POTASSIUM ION × 2 EZG N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-histidinamide × 1 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.269 |
| 6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:53-meric |
链 1W
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1422 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ARG ARGININE × 2 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 6CFK Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with D-histidyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.7A resolution 提交 2018-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:53-meric |
链 2W
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 940 K POTASSIUM ION × 1 EZP N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-D-histidinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.253 |
| 6CFL Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lysyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.6A resolution 提交 2018-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:53-meric |
链 1W
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1474 K POTASSIUM ION × 1 EZM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-lysinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4 ARG ARGININE × 2 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.252 |
| 6CFL Crystal structure of the Thermus thermophilus 70S ribosome in complex with lysyl-CAM and bound to protein Y (YfiA) at 2.6A resolution 提交 2018-02-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:53-meric |
链 2W
1–113(113 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 955 K POTASSIUM ION × 1 EZM N-[(1R,2R)-1,3-dihydroxy-1-(4-nitrophenyl)propan-2-yl]-L-lysinamide × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 ZN ZINC ION × 6 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION;pH 7.6;292 K;0.1-0.2 M Arginine-HCl, 0.1M Tris-HCl pH 7.6, 2.5% PEG-20K, 7-12% MPD, 0.5 mM BME
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.252 |
共 16 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | RL22_THETH |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–110; UniProt 1–113 作者链 B; PDB构建体 1–110; UniProt 1–113 |