1i4j

CRYSTAL STRUCTURE OF L22 RIBOSOMAL PROTEIN MUTANT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 85.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S RIBOSOMAL PROTEIN L22

Thermus thermophilus

UniProt P48286

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–113 链 B; UniProt 1–113 突变:DEL(82-84) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;1.9M Sodium chloride, 3% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.80 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL22_THETH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–110; UniProt 1–113 作者链 B; PDB构建体 1–110; UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1i4j

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1i4j
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1i4j
沉积日期 deposition_date2001-02-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF L22 RIBOSOMAL PROTEIN MUTANT
关键词 keywordsRibosomal Protein, Mutant, Erythromycin Resistance, RNA binding, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.96
零角强度 I(0) i010959200.00
分子量 molecular_weight24667.0 kDa
排除体积 excluded_volume31138 ų
包络体积 envelope_volume39349 ų
水化壳体积 shell_volume17413 ų
包络直径 envelope_diameter86.0
壳层 Rg shell_rg25.39
包络 Rg envelope_rg20.93
形状 Rg shape_rg19.94
总 Rg total_rg20.88
总原子数 total_atoms1738
残基数 n_residues220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax85.6
Rg (实空间) rg_real21.04
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real1.0960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10960000.0000
解质量估计 total_estimate0.7534
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6
偏度 Skewness skewness0.659
峰度 Kurtosis kurtosis0.685
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2855000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.405; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.585; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1i4ja_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.55 — Ribosomal protein L22
超家族 Superfamily superfamilyd.55.1 — Ribosomal protein L22
家族 Family familyd.55.1.1 — Ribosomal protein L22
结构域编号 domain_idd1i4jb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.55 — Ribosomal protein L22
超家族 Superfamily superfamilyd.55.1 — Ribosomal protein L22
家族 Family familyd.55.1.1 — Ribosomal protein L22

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1i4jA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology470 — Ribosomal Protein L22; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein L22/L17
结构域编号 domain_id1i4jB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology470 — Ribosomal Protein L22; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribosomal protein L22/L17

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)