1i4y

THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHASCOLOPSIS GOULDII WILD TYPE METHEMERYTHRIN

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHEMERYTHRIN

Phascolopsis gouldii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	CHLORIDE ION × 8 MU-OXO-DIIRON × 8 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEMT_PHAGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 B； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 C； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 D； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 E； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 F； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 G； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 H； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i4y
沉积日期 deposition_date	2001-02-23
结构标题 title	THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHASCOLOPSIS GOULDII WILD TYPE METHEMERYTHRIN
关键词 keywords	hemerythrin, oxygen binding, diiron, four-helix bundle, OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX; OXYGEN STORAGE/TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1i4y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1i4y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1i4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.00 Å
Rg（电子密度）	29.18 Å
总 Rg	29.77 Å
原子数	7608
残基数	904
排除体积	134220 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1i4y__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	METHEMERYTHRIN
分子量 formula_weight	13626.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	8143

MGFPIPDPYVWDPSFRTFYSIIDDEHKTLFNGIFHLAIDDNADNLGELRRCTGKHFLNEQVLMQASQYQFYDEHKKEHETFIHALDNWKGDVKWAKSWLVNHIKTIDFKYKGKI

来源 Source

来源生物 organism	Phascolopsis gouldii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6442
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MU-OXO-DIIRON
分子量 formula_weight	127.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	535

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1i4ya_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	d1i4yb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	d1i4yc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	d1i4yd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	d1i4ye_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	d1i4yf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	d1i4yg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	d1i4yh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.4 — Hemerythrin-like
家族 Family family	a.24.4.1 — Hemerythrin-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1i4yA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	1i4yB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	1i4yC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	1i4yD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	1i4yE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	1i4yF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	1i4yG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

结构域编号 domain_id	1i4yH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Hemerythrin-like

▶

晶胞边长 a length_a	55.428 Å
晶胞边长 b length_b	130.637 Å
晶胞边长 c length_c	73.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.12 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	72.120 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2240
R_free r_free	0.2490

THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHASCOLOPSIS GOULDII WILD TYPE METHEMERYTHRIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHEMERYTHRIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1i4y__assembly_1__model_1

1i4y__assembly_1__model_1 | I(q)

1i4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

THE CRYSTAL STRUCTURE OF PHASCOLOPSIS GOULDII WILD TYPE METHEMERYTHRIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METHEMERYTHRIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1i4y__assembly_1__model_1

1i4y__assembly_1__model_1 | I(q)

1i4y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)