SAXSdb — 1i7a

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i7a
沉积日期 deposition_date	2001-03-08
结构标题 title	EVH1 DOMAIN FROM MURINE HOMER 2B/VESL 2
关键词 keywords	EVH1 domain, Homer, Vesl, X-ray crystal structure, brain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.28 Å
零角强度 I(0) i0	37267600.00
分子量 molecular_weight	48087.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60583 Å³
包络体积 envelope_volume	79406 Å³
水化壳体积 shell_volume	25463 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.20 Å
包络 Rg envelope_rg	26.00 Å
形状 Rg shape_rg	26.25 Å
总 Rg total_rg	27.21 Å
总原子数 total_atoms	3407
残基数 n_residues	415
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.3 Å
Rg (实空间) rg_real	27.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9042
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.028
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.798
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.983

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	HOMER 2B
分子量 formula_weight	12576.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3513

MGEQPIFTTRAHVFQIDPSTKKNWVPASKQAVTVSYFYDVTRNSYRIISVDGAKVIINSTITPNMTFTKTSQKFGQWADSRANTVFGLGFSSELQLTKFAEKFQEVREAAR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	PHE-ALA-PHE
分子量 formula_weight	383.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

FAF

Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHENYLALANINE
分子量 formula_weight	165.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	106

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1i7aa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

结构域编号 domain_id	d1i7ab_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

结构域编号 domain_id	d1i7ac_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

结构域编号 domain_id	d1i7ad_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.4 — Enabled/VASP homology 1 domain (EVH1 domain)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1i7aA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	1i7aB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	1i7aC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	1i7aD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.716 Å
晶胞边长 b length_b	50.014 Å
晶胞边长 c length_c	73.098 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.240 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2350
R_free r_free	0.2960

fit	/app/data/saxs_computation/i7/1i7a/1i7a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i7/1i7a/1i7a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i7/1i7a/1i7a.dat

EVH1 DOMAIN FROM MURINE HOMER 2B/VESL 2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)