TRANSIENT RECEPTOR POTENTIAL-RELATED PROTEIN
Mus musculus
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 | 链 A; UniProt 1549–1828 链 B; UniProt 1549–1828 | 片段:PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828 | ZN ZINC ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;HEPES, PEG 4000, 2-propanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | 分辨率 2.80 Å R-free 0.292 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1IAJ | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1IA9 CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (AMPPNP COMPLEX) 提交 2001-03-22 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1549–1828(280 aa)
片段:PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
链 B
1549–1828(280 aa)
片段:PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;HEPES, ammonium phosphate, AMPPNP, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.294 |
| 1IAH CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATYPICAL PROTEIN KINASE DOMAIN OF A TRP CA-CHANNEL, CHAK (ADP-MG COMPLEX) 提交 2001-03-22 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
1549–1828(280 aa)
片段:PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
链 B
1549–1828(280 aa)
片段:PROTEIN KINASE DOMAIN, RESIDUES 1549-1828
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;HEPES, ammonium phosphate, ADP, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.249 |
| 5ZX5 3.3 angstrom structure of mouse TRPM7 with EDTA 提交 2018-05-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1230(1229 aa)
链 B
2–1230(1229 aa)
链 C
2–1230(1229 aa)
链 D
2–1230(1229 aa)
|
未记录 | Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 12 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 8SI2 Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in apo state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 64 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 NA SODIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.19 Å |
| 8SI3 Cryo-EM structure of TRPM7 in GDN detergent in apo state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 8SI4 Cryo-EM structure of TRPM7 N1098Q mutant in GDN detergent in open state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
突变:N1098Q 突变:N1098Q 突变:N1098Q 突变:N1098Q | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 8 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.46 Å |
| 8SI5 Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in complex with agonist naltriben in open state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 ZY8 (4bS,8R,8aS,14bR)-7-(cyclopropylmethyl)-5,6,7,8,9,14b-hexahydro-8aH-4,8-methanobis[1]benzofuro[3,2-e:2',3'-g]isoquinoline-1,8a-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.17 Å |
| 8SI6 Cryo-EM structure of TRPM7 in MSP2N2 nanodisc in complex with agonist naltriben in closed state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 ZY8 (4bS,8R,8aS,14bR)-7-(cyclopropylmethyl)-5,6,7,8,9,14b-hexahydro-8aH-4,8-methanobis[1]benzofuro[3,2-e:2',3'-g]isoquinoline-1,8a-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å |
| 8SI7 Cryo-EM structure of TRPM7 in GDN detergent in complex with inhibitor VER155008 in closed state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 3FD 4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-amino-8-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]purin-9-yl]-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxymethyl]benzonitrile × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 8SI8 Cryo-EM structure of TRPM7 N1098Q mutant in GDN detergent in complex with inhibitor VER155008 in closed state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
突变:N1098Q 突变:N1098Q 突变:N1098Q 突变:N1098Q | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 3FD 4-[[(2R,3S,4R,5R)-5-[6-amino-8-[(3,4-dichlorophenyl)methylamino]purin-9-yl]-3,4-dihydroxy-oxolan-2-yl]methoxymethyl]benzonitrile × 4 CLR CHOLESTEROL × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 8SIA Cryo-EM structure of TRPM7 N1098Q mutant in GDN detergent in complex with inhibitor NS8593 in closed state 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
2–1280(1279 aa)
链 B
2–1280(1279 aa)
链 C
2–1280(1279 aa)
链 D
2–1280(1279 aa)
|
突变:N1098Q 突变:N1098Q 突变:N1098Q 突变:N1098Q | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 6RA N-[(1R)-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-yl]-1H-benzimidazol-2-amine × 4 CA CALCIUM ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8SIB Cryo-EM structure of TRPM7 MHR1-3 domain 提交 2023-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
2–1280(1279 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 8W2L TRPM7 structure in complex with anticancer agent CCT128930 in closed state 提交 2024-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric |
链 A
3–1280(1278 aa)
片段:residues 3-1280 of the TRPM7 channel
链 B
3–1280(1278 aa)
片段:residues 3-1280 of the TRPM7 channel
链 C
3–1280(1278 aa)
片段:residues 3-1280 of the TRPM7 channel
链 D
3–1280(1278 aa)
片段:residues 3-1280 of the TRPM7 channel
|
未记录 | POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 52 CLR CHOLESTEROL × 4 M05 4-(4-chlorobenzyl)-1-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-4-aminium × 4 DU0 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol × 4 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.45 Å |
共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | TRPM7_MOUSE |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–280; UniProt 1549–1828 作者链 B; PDB构建体 1–280; UniProt 1549–1828 |