SAXSdb — 1iej

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OVOTRANSFERRIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 20–351	片段：N-TERMINAL DOMAIN(RESIDUES 20-351)	FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293 K；PEG6000, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IEJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIV APO OVOTRANSFERRIN 提交 1997-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–705（686 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.9；pH 5.9	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1IQ7 Ovotransferrin, C-Terminal Lobe, Apo Form 提交 2001-07-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 361–705（345 aa）片段：C-TERMINAL LOBE	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.239
1JL4 CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CD4 N-TERMINAL TWO DOMAIN FRAGMENT COMPLEXED TO A CLASS II MHC MOLECULE 提交 2001-07-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 153–165（13 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；297 K；17% PEG 4,000/0.2M Li2SO4/0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 4.30 Å R-free 0.453
1N04 Diferric chicken serum transferrin at 2.8 A resolution. 提交 2002-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–705（686 aa）	未记录	FUL beta-L-fucopyranose × 1 FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG6000, 0.02M acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG4000, 20mM sodium bicarbonate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1NFT OVOTRANSFERRIN, N-TERMINAL LOBE, IRON LOADED OPEN FORM 提交 1999-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–351（329 aa）片段：N-TERMINAL LOBE	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 FE FE (III) ION × 1 NTA NITRILOTRIACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
1NFT OVOTRANSFERRIN, N-TERMINAL LOBE, IRON LOADED OPEN FORM 提交 1999-01-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 23–351（329 aa）片段：N-TERMINAL LOBE	未记录	SO4 SULFATE ION × 18 FE FE (III) ION × 6 NTA NITRILOTRIACETIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
1NNT STRUCTURAL EVIDENCE FOR A PH-SENSITIVE DI-LYSINE TRIGGER IN THE HEN OVOTRANSFERRIN N-LOBE: IMPLICATIONS FOR TRANSFERRIN IRON RELEASE 提交 1993-09-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–351（328 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1OVT REFINED CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF HEN OVOTRANSFERRIN AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–705（686 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 2 CO3 CARBONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1RYX Crystal structure of hen serum transferrin in apo- form 提交 2003-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–705（686 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；277 K；18-23% PEG 6000 in 0.02M sodium acetate buffer, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.341
1TFA OVOTRANSFERRIN, N-TERMINAL LOBE, APO FORM 提交 1999-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–351（329 aa）片段：N-TERMINAL LOBE	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.243
2D3I Crystal Structure of Aluminum-Bound Ovotransferrin at 2.15 Angstrom Resolution 提交 2005-09-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 20–705（686 aa）	未记录	AL ALUMINUM ION × 2 BCT BICARBONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；PEG400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.15 Å R-free 0.243
8FEI CryoEM structure of Conalbumin from chicken egg white (sigma-Cas 1391-06-6) 提交 2022-12-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–705（705 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRFE_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–332； UniProt 20–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1iej
沉积日期 deposition_date	2001-04-10
结构标题 title	OVOTRANSFERRIN, N-TERMINAL LOBE, HOLO FORM, AT 1.65 A RESOLUTION
关键词 keywords	transferrin, iron, ovotransferrin, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.29 Å
零角强度 I(0) i0	23411100.00
分子量 molecular_weight	36345.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45211 Å³
包络体积 envelope_volume	51357 Å³
水化壳体积 shell_volume	21849 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.04 Å
包络 Rg envelope_rg	19.53 Å
形状 Rg shape_rg	19.28 Å
总 Rg total_rg	20.18 Å
总原子数 total_atoms	2550
残基数 n_residues	329
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23410000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8864
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.353
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5269000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	OVOTRANSFERRIN
分子量 formula_weight	36542.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2827

APPKSVIRWCTISSPEEKKCNNLRDLTQQERISLTCVQKATYLDCIKAIANNEADAITLDGGQVFEAGLAPYKLKPIAAEVYEHTEGSTTSYYAVAVVKKGTEFTVNDLQGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLLHRGAIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATIEQKLCRQCKGDPKTKCARNAPYSGYSGAFHCLKDGKGDVAFVKHTTVNENAPDQKDEYELLCLDGSRQPVDNYKTCNWARVAAHAVVARDDNKVEDIWSFLSKAQSDFGVDTKSDFHLFGPPGKKDPVLKDLLFKDSAIMLKRVPSLMDSQLYLGFEYYSAIQSMR

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CARBONATE ION
分子量 formula_weight	60.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	256

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ieja_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.2 — Transferrin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1iejA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	1iejA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.460 Å
晶胞边长 b length_b	85.950 Å
晶胞边长 c length_c	76.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/ie/1iej/1iej.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ie/1iej/1iej.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ie/1iej/1iej.dat

OVOTRANSFERRIN, N-TERMINAL LOBE, HOLO FORM, AT 1.65 A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

OVOTRANSFERRIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction