SAXSdb — 1ijs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)

Canine parvovirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 60 DNA 120 PDB 声明：180-MERIC（180）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–584	突变：A300D	;DNA (5'-D(CPCPAPCPCPCPCPAPA)-3') ; × 60 ;DNA (5'-D(AP*C)-3') ; × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–584	突变：A300D	;DNA (5'-D(CPCPAPCPCPCPCPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(AP*C)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
3	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 5 DNA 10 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–584	突变：A300D	;DNA (5'-D(CPCPAPCPCPCPCPAPA)-3') ; × 5 ;DNA (5'-D(AP*C)-3') ; × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
4	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 6 DNA 12 PDB 声明：octadecameric（18）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–584	突变：A300D	;DNA (5'-D(CPCPAPCPCPCPCPAPA)-3') ; × 6 ;DNA (5'-D(AP*C)-3') ; × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
5	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–584	突变：A300D	;DNA (5'-D(CPCPAPCPCPCPCPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(AP*C)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å
6	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 60 DNA 120 PDB 声明：180-meric（180）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–584	突变：A300D	;DNA (5'-D(CPCPAPCPCPCPCPAPA)-3') ; × 60 ;DNA (5'-D(AP*C)-3') ; × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.75% PEG8000, 10MM TRIS-HCL, 8MM CACL2.2H2O, PH=7.5	分辨率 3.25 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IJS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1C8D CANINE PANLEUKOPENIA VIRUS EMPTY CAPSID STRUCTURE 提交 2000-05-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–584（584 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 60	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.75-1.5% PEG8000, 20 mM TRIS pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：complete icosahedral assembly	链 A 37–584（548 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737	突变：N93D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–584（548 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737	突变：N93D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 37–584（548 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737	突变：N93D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 37–584（548 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737	突变：N93D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–584（548 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737	突变：N93D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253
1P5Y The structures of host range controlling regions of the capsids of canine and feline parvoviruses and mutants 提交 2003-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 37–584（548 aa）片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 190-737	突变：N93D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；PEG8000, CaCl2, Tris.HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.253

共 2 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	COAT_PAVC2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–584； UniProt 1–584

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ijs
沉积日期 deposition_date	1996-09-12
结构标题 title	CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C
关键词 keywords	MUTANT A300D, VIRAL COAT PROTEIN, COMPLEX (PARVOVIRUS COAT PROTEIN-DNA), Icosahedral virus, Virus-DNA COMPLEX; Virus/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.15 Å
零角强度 I(0) i0	75172400.00
分子量 molecular_weight	64884.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79820 Å³
包络体积 envelope_volume	115600 Å³
水化壳体积 shell_volume	33891 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.20 Å
包络 Rg envelope_rg	29.76 Å
形状 Rg shape_rg	29.09 Å
总 Rg total_rg	29.92 Å
总原子数 total_atoms	4571
残基数 n_residues	559
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75170000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6497
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.435
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.105
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	7190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.077; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.957

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPAPCPCPCPCPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	2629.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N
原子数 atom_count	4571

CCACCCCAA

来源 Source

来源生物 organism	Canine parvovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10788

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APC)-3') ;
分子量 formula_weight	557.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A

AC

来源 Source

来源生物 organism	Canine parvovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10788

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)
分子量 formula_weight	64783.6 kDa
突变 mutation	A300D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MSDGAVQPDGGQPAVRNERATGSGNGSGGGGGGGSGGVGISTGTFNNQTEFKFLENGWVYITANSSRLVHLNMPESENYRRVVVNNMDKTAVNGNMALDDIHAEIVTPWSLVDANAWGVWFNPGDWQLIVNTMSELHLVSFEQEIFNVVLKTVSESATQPPTKVYNNDLTASLMVALDSNNTMPFTPAAMRSETLGFYPWKPTIPTPWRYYFQWDRTLIPSHTGTSGTPTNIYHGTDPDDVQFYTIENSVPVHLLRTGDEFATGTFFFDCKPCRLTHTWQTNRALGLPPFLNSLPQSEGDTNFGDIGVQQDKRRGVTQMGNTNYITEATIMRPAEVGYSAPYYSFEASTQGPFKTPIAAGRGGAQTDENQAADGNPRYAFGRQHGQKTTTTGETPERFTYIAHQDTGRYPEGDWIQNINFNLPVTNDNVLLPTDPIGGKTGINYTNIFNTYGPLTALNNVPPVYPNGQIWDKEFDTDLKPRLHVNAPFVCQNNCPGQLFVKVAPNLTNQYDPDASANMSRIVTYSDFWWKGKLVFKAKLRASHTWNPIQQMSINVDNQFNYVPSNIGGMKIVYEKSQLAPRKLY

来源 Source

来源生物 organism	Canine parvovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10788
宿主生物 host_organism	Canis lupus familiaris

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ijsp_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.5 — ssDNA viruses
家族 Family family	b.121.5.2 — Parvoviridae-like VP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ijsP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	30 — Empty Capsid Viral Protein 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Parvovirus coat protein VP1/VP2

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	267.600 Å
晶胞边长 b length_b	268.500 Å
晶胞边长 c length_c	274.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	61.90 °
晶胞夹角 β angle_beta	62.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	60.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/ij/1ijs/1ijs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ij/1ijs/1ijs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ij/1ijs/1ijs.dat

CPV (STRAIN D) mutant A300D, complex (VIRAL COAT/DNA), VP2, PH=7.5, T=4 DEGREES C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (PARVOVIRUS COAT PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)