SAXSdb — 1ik3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPOXYGENASE-3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (III) ION × 1 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID × 1 13(R)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID × 1 (TRANS-12,13-EPOXY)-9-HYDROXY-10(E)-OCTADECENOIC ACID × 1 (TRANS-12,13-EPOXY)-11-HYDROXY-9(Z)-OCTADECENOIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LOX3_SOYBN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–857； UniProt 1–857

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ik3
沉积日期 deposition_date	2001-05-01
结构标题 title	LIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, PURPLE LIPOXYGENASE, FE(III) COMPLEX, INTERM; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ik3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ik3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ik3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.34 Å
Rg（电子密度）	28.45 Å
总 Rg	29.25 Å
原子数	6719
残基数	836
排除体积	119670 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ik3__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LIPOXYGENASE-3
分子量 formula_weight	96919.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7314

MLGGLLHRGHKIKGTVVLMRKNVLDVNSVTSVGGIIGQGLDLVGSTLDTLTAFLGRSVSLQLISATKADANGKGKLGKATFLEGIITSLPTLGAGQSAFKINFEWDDGSGIPGAFYIKNFMQTEFFLVSLTLEDIPNHGSIHFVCNSWIYNAKLFKSDRIFFANQTYLPSETPAPLVKYREEELHNLRGDGTGERKEWERIYDYDVYNDLGDPDKGENHARPVLGGNDTFPYPRRGRTGRKPTRKDPNSESRSNDVYLPRDEAFGHLKSSDFLTYGLKSVSQNVLPLLQSAFDLNFTPREFDSFDEVHGLYSGGIKLPTDIISKISPLPVLKEIFRTDGEQALKFPPPKVIQVSKSAWMTDEEFAREMLAGVNPNLIRCLKDFPPRSKLDSQVYGDHTSQITKEHLEPNLEGLTVDEAIQNKRLFLLDHHDPIMPYLRRINATSTKAYATRTILFLKNDGTLRPLAIELSLPHPQGDQSGAFSQVFLPADEGVESSIWLLAKAYVVVNDSCYHQLVSHWLNTHAVVEPFIIATNRHLSVVHPIYKLLHPHYRDTMNINGLARLSLVNDGGVIEQTFLWGRYSVEMSAVVYKDWVFTDQALPADLIKRGMAIEDPSCPHGIRLVIEDYPYTVDGLEIWDAIKTWVHEYVFLYYKSDDTLREDPELQACWKELVEVGHGDKKNEPWWPKMQTREELVEACAIIIWTASALHAAVNFGQYPYGGLILNRPTLSRRFMPEKGSAEYEELRKNPQKAYLKTITPKFQTLIDLSVIEILSRHASDEVYLGERDNPNWTSDTRALEAFKRFGNKLAQIENKLSERNNDEKLRNRCGPVQMPYTLLLPSSKEGLTFRGIPNSISI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID
分子量 formula_weight	312.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	13(R)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID
分子量 formula_weight	312.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(TRANS-12,13-EPOXY)-9-HYDROXY-10(E)-OCTADECENOIC ACID
分子量 formula_weight	312.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(TRANS-12,13-EPOXY)-11-HYDROXY-9(Z)-OCTADECENOIC ACID
分子量 formula_weight	312.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	529

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ik3a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.119 — Lipoxigenase
超家族 Superfamily superfamily	a.119.1 — Lipoxigenase
家族 Family family	a.119.1.1 — Plant lipoxigenases

结构域编号 domain_id	d1ik3a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.12 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
超家族 Superfamily superfamily	b.12.1 — Lipase/lipooxygenase domain (PLAT/LH2 domain)
家族 Family family	b.12.1.1 — Lipoxigenase N-terminal domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1ik3A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Lipoxygenase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PLAT/LH2 domain

结构域编号 domain_id	1ik3A02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	375 — Lipoxygenase-1; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipoxygenase-1; Domain 2

结构域编号 domain_id	1ik3A03
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	372 — Lipoxygenase-1; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipoxygenase-1; Domain 3

结构域编号 domain_id	1ik3A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1ik3A05
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	245 — Lipoxygenase-1; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipoxygenase-1; Domain 5

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晶胞边长 a length_a	112.650 Å
晶胞边长 b length_b	137.280 Å
晶胞边长 c length_c	61.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2960

LIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPOXYGENASE-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ik3__assembly_1__model_1

1ik3__assembly_1__model_1 | I(q)

1ik3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (4)

LIPOXYGENASE-3 (SOYBEAN) COMPLEX WITH 13(S)-HYDROPEROXY-9(Z),11(E)-OCTADECADIENOIC ACID

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LIPOXYGENASE-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ik3__assembly_1__model_1

1ik3__assembly_1__model_1 | I(q)

1ik3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (4)