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1ik8

NMR structure of Alpha-Bungarotoxin

Method: SOLUTION NMR Dmax: 42.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LONG NEUROTOXIN 1

物种未注明

UniProt P60615

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–74 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.67；303 K NMR样品组成：0.5mM alpha-bungarotoxin; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1IK8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ABT NMR SOLUTION STRUCTURE OF AN ALPHA-BUNGAROTOXIN(SLASH)NICOTINIC RECEPTOR PEPTIDE COMPLEX 提交 1993-11-17 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1BXP SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX OF ALPHA-BUNGAROTOXIN WITH A LIBRARY DERIVED PEPTIDE, 20 STRUCTURES 提交 1998-08-23 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；303 K
分辨率未提供
1HC9 alpha-bungarotoxin complexed with high affinity peptide 提交 2001-05-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 22–95（74 aa）
未记录 IOD IODIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；40% PEG 3350, 0.1M PIPES BUFFER PH 7.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.235
1HOY NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN A-BUNGAROTOXIN AND A MIMOTOPE OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR 提交 2000-12-12 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.67；303 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM a-bungarotoxin;0.5mM peptide; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1IDG THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND AN 18MER COGNATE PEPTIDE 提交 2001-04-04 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；308 K；压力 ambient
NMR样品组成 2.1 mM alpha-Bungarotoxin/alpha18mer complex, alpha18mer is 15N labeled, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1IDH THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND AN 18MER COGNATE PEPTIDE 提交 2001-04-04 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；308 K；压力 ambient
NMR样品组成 2.1 mM alpha-Bungarotoxin/alpha18mer complex, alpha18mer is 15N labeled, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1IDI THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-BUNGAROTOXIN 提交 2001-04-04 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；308 K；压力 ambient
NMR样品组成 2.0 mM free alpha-Bungarotoxin, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% SODIUM azide | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1IDL THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF ALPHA-BUNGAROTOXIN 提交 2001-04-04 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）29 mM；压力 ambient
NMR样品组成 2.0 mM free alpha-Bungarotoxin, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1IKC NMR Structure of alpha-Bungarotoxin 提交 2001-05-03 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.67；303 K
NMR样品组成 0.5mM alpha-bungarotoxin; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1JBD NMR Structure of the Complex Between alpha-bungarotoxin and a Mimotope of the Nicotinic Acetylcholine Receptor 提交 2001-06-04 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.67；300 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.5MM ALPHA-BUNGAROTOXIN; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1KC4 NMR Structural Analysis of the Complex Formed Between alpha-Bungarotoxin and the Principal alpha-Neurotoxin Binding Sequence on the alpha7 Subunit of a Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptor 提交 2001-11-07 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.6 mM alpha-bungarotoxin/[U-15N]-alpha 7 19mer complex 30 mM sodium phosphate, pH 5.5 50 micromolar sodium azide 50 micromolar TMSP | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.6 mM alpha-bungarotoxin/[U-15N]-alpha 7 19mer complex 30 mM sodium phosphate, pH 5.5 50 micromolar sodium azide 50 micromolar TMSP | 99.9% D2O
分辨率未提供
1KFH Solution Structure of alpha-Bungarotoxin by NMR Spectroscopy 提交 2001-11-20 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.79；298 K；离子强度（mmCIF原始值）no buffers, pH adjusted w/HCl and NaOH；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5.79；308 K；离子强度（mmCIF原始值）no buffers, pH adjusted w/DCl and NaOD；压力 ambient
NMR样品组成 4mM alpha-Bungarotoxin pH 5.79 at 288, 298, and 308 degrees K | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 4mM alpha-Bungarotoxin pH 5.79 | 99.9% D2O
分辨率未提供
1KL8 NMR STRUCTURAL ANALYSIS OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND THE PRINCIPAL ALPHA-NEUROTOXIN BINDING SEQUENCE ON THE ALPHA7 SUBUNIT OF A NEURONAL NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR 提交 2001-12-11 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；308 K；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.6 MM ALPHA-BUNGAROTOXIN 15N]-ALPHA 7 19MER COMPLEX MM SODIUM PHOSPHATE, PH 5. MICROMOLAR SODIUM AZIDE 50 MICROMOLAR TMSP | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
1L4W NMR structure of an AChR-peptide (Torpedo Californica, alpha-subunit residues 182-202) in complex with alpha-Bungarotoxin 提交 2002-03-06 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM Ac；压力 ambient
NMR样品组成 1.8 mM alpha-Bungarotoxin/AChR-peptide, buffer,pH 4 | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.8 mM alpha-Bungarotoxin/AChR-peptide, buffer,pH 4 | 100% D2O
分辨率未提供
1LJZ NMR structure of an AChR-peptide (Torpedo Californica, alpha-subunit residues 182-202) in complex with alpha-Bungarotoxin 提交 2002-04-23 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NH4Ac；压力 ambient
NMR测量条件 pH 4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NH4Ac；压力 ambient
NMR样品组成 acetylcholine receptor peptide/alpha-bungarotoxin | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 acetylcholine receptor peptide/alpha-bungarotoxin | 100% D2O
分辨率未提供
1RGJ NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND MIMOTOPE OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR WITH ENHANCED ACTIVITY 提交 2003-11-12 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.6；303 K；压力 AMBIENT
NMR样品组成 2MM ALPHA-BUNGAROTOXIN, 2MM PEPTIDE | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2ABX THE CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-BUNGAROTOXIN AT 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION. RELATION TO SOLUTION STRUCTURE AND BINDING TO ACETYLCHOLINE RECEPTOR 提交 1986-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
链 B 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
2BTX SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX OF ALPHA-BUNGAROTOXIN WITH A LIBRARY DERIVED PEPTIDE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-08-23 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–74（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；303 K
分辨率未提供
6UWZ Cryo-EM structure of Torpedo acetylcholine receptor in complex with alpha-bungarotoxin 提交 2019-11-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 22–95（74 aa）
链 G 22–95（74 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 OCT N-OCTANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
8DA1 Crystal structure of Krait alpha-neurotoxin in complex with Centi-LNX-D09 antibody 提交 2022-06-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 22–95（74 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；40% PEG 400, 5% PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH 5.5
分辨率 2.67 Å R-free 0.253
9FYS D11 mAbs bound to alpha-Bungarotoxin 提交 2024-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 X 1–95（95 aa）
链 Z 1–95（95 aa）
未记录 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES: NaOH, 12 % PEG 20000, pH 6.5
分辨率 1.32 Å R-free 0.192
9GU0 Human adult muscle nAChR in resting state in detergent with alpha-bungarotoxin 提交 2024-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric
链 I 22–95（74 aa）
链 J 22–95（74 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.013% DDM, 0.0013% CHS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 2s, blot force -10
分辨率 2.96 Å
9GU1 Human adult muscle nAChR in resting state in nanodisc with alpha-bungarotoxin 提交 2024-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric
链 I 22–95（74 aa）
链 J 22–95（74 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；2.5 uL of sample was frozen; blot time 4.5 s, blot force -10
分辨率 2.48 Å
9HUB D11 mAbs bound to alpha-Bungarotoxin at pH 7.5 提交 2024-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 1–95（95 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 70% (v/v) MPD)
分辨率 1.33 Å R-free 0.195
9HUB D11 mAbs bound to alpha-Bungarotoxin at pH 7.5 提交 2024-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 1–95（95 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 70% (v/v) MPD)
分辨率 1.33 Å R-free 0.195

共 24 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NXL1A_BUNMU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–74； UniProt 1–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ik8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ik8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ik8
沉积日期 deposition_date2001-05-03
结构标题 titleNMR structure of Alpha-Bungarotoxin
关键词 keywordsalpha-bungarotoxin, toxin, nicotinic-acetilcholine receptor; TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.72 Å
零角强度 I(0) i01588160.00
分子量 molecular_weight7997.0 kDa
排除体积 excluded_volume9766 ų
包络体积 envelope_volume10381 ų
水化壳体积 shell_volume7953 ų
包络直径 envelope_diameter40.7 Å
壳层 Rg shell_rg16.69 Å
包络 Rg envelope_rg12.24 Å
形状 Rg shape_rg11.71 Å
总 Rg total_rg12.90 Å
总原子数 total_atoms551
残基数 n_residues74
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax42.0 Å
Rg (实空间) rg_real12.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5880e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7950e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1588000.0000
解质量估计 total_estimate0.8080
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.4 Å
偏度 Skewness skewness0.348
峰度 Kurtosis kurtosis-0.326
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha415300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1ik8a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.1 — Snake venom toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1ik8A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)