SAXSdb — 1ikl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN INTERLEUKIN-8 (MONOMERIC)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–99	突变：DEL(1-3), H LEU 25 MODIFIED TO N-METHYL 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IKL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ICW INTERLEUKIN-8, MUTANT WITH GLU 38 REPLACED BY CYS AND CYS 50 REPLACED BY ALA 提交 1996-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–99（72 aa）链 B 28–99（72 aa）	突变：E38C, C50A 突变：E38C, C50A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.01 Å R-free 0.266
1IKM NMR study of monomeric human interleukin-8 (30 structures) 提交 1995-08-03	突变/修饰不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–99（72 aa）	突变：DEL(1-3), THE AMIDE PROTON OF LEU 25 MODIFIED TO N-METHYL 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1IL8 THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN 8 IN SOLUTION 提交 1990-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–99（72 aa）链 B 28–99（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ILP CXCR-1 N-TERMINAL PEPTIDE BOUND TO INTERLEUKIN-8 提交 1998-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–99（72 aa）链 B 28–99（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M；压力 1	分辨率未提供
1ILQ CXCR-1 N-TERMINAL PEPTIDE BOUND TO INTERLEUKIN-8 (MINIMIZED MEAN) 提交 1998-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–99（72 aa）链 B 28–99（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M；压力 1	分辨率未提供
1QE6 INTERLEUKIN-8 WITH AN ADDED DISULFIDE BETWEEN RESIDUES 5 AND 33 (L5C/H33C) 提交 1999-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–99（72 aa）链 B 28–99（72 aa）	突变：L5C, H33C 突变：L5C, H33C	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；292 K；NACL, AMMONIUM SULFATE, PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.35 Å R-free 0.278
1QE6 INTERLEUKIN-8 WITH AN ADDED DISULFIDE BETWEEN RESIDUES 5 AND 33 (L5C/H33C) 提交 1999-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–99（72 aa）链 D 28–99（72 aa）	突变：L5C, H33C 突变：L5C, H33C	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；292 K；NACL, AMMONIUM SULFATE, PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.35 Å R-free 0.278
1QE6 INTERLEUKIN-8 WITH AN ADDED DISULFIDE BETWEEN RESIDUES 5 AND 33 (L5C/H33C) 提交 1999-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 28–99（72 aa）链 B 28–99（72 aa）链 C 28–99（72 aa）链 D 28–99（72 aa）	突变：L5C, H33C 突变：L5C, H33C 突变：L5C, H33C 突变：L5C, H33C	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；292 K；NACL, AMMONIUM SULFATE, PEG 8000, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.35 Å R-free 0.278
1ROD CHIMERIC PROTEIN OF INTERLEUKIN 8 AND HUMAN MELANOMA GROWTH STIMULATING ACTIVITY PROTEIN, NMR 提交 1995-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–80（53 aa）片段：INTERLEUKIN 8 RESIDUES 1 - 53, HUMAN MELANOMA GROWTH STIMULATING ACTIVITY PROTEIN RESIDUES 54 - 72 链 B 28–80（53 aa）片段：INTERLEUKIN 8 RESIDUES 1 - 53, HUMAN MELANOMA GROWTH STIMULATING ACTIVITY PROTEIN RESIDUES 54 - 72	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2IL8 THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN 8 IN SOLUTION 提交 1990-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–99（72 aa）链 B 28–99（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3IL8 CRYSTAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN 8: SYMBIOSIS OF NMR AND CRYSTALLOGRAPHY 提交 1990-12-07	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–99（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
4XDX The crystal structure of soluble human interleukin 8 expressed in Pichia pastoris 提交 2014-12-20	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–99（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v Glycerol	分辨率 0.95 Å R-free 0.136
5D14 The atomic resolution crystal structure of human IL-8 提交 2015-08-03	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 30–99（70 aa）片段：unp residues 30-99	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；291 K；0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 20% w/v Polyethylene glycol 4,000, 15% v/v Glycerol. All crystals were grown at 18 deg C.	分辨率 1.00 Å R-free 0.135
5WDZ Structure of monomeric Interleukin-8 (1-66) 提交 2017-07-06	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–93（66 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 20 mM [U-13C; U-15N] IL-8 1-66, 20 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM [U-15N] IL-8, 20 mM HEPES, 70 mM sodium chloride, 13.5 mg/L Y21M bacteriophage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20 mM [U-15N] IL-8 1-66, 20 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6LFM Cryo-EM structure of a class A GPCR 提交 2019-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 28–99（72 aa）链 E 28–99（72 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6LFO Cryo-EM structure of a class A GPCR monomer 提交 2019-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 28–92（65 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6N2U IL-8 Structure from Bacterial Expression Source 提交 2018-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–99（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.4 M Ammonium Phosphate dibasic, 0.1 M Tris HCl pH 8.5	分辨率 1.25 Å R-free 0.223
6WZM LY3041658 Fab bound to CXCL8 提交 2020-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 28–93（66 aa）链 F 28–93（66 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% PEG 3350, 200mM Magnesium Chloride	分辨率 2.28 Å R-free 0.229
6XMN Solution NMR CXCL8-CXCR1 N-domain complex structure 提交 2020-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–93（66 aa）片段：residues 28-93	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N] CXCL8, 1.2 mM CXCR1, 50 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.2 mM CXCL8, 0.5 mM [U-13C; U-15N] CXCR1, 50 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
8IC0 Cryo-EM structure of CXCL8 bound C-X-C chemokine receptor 1 in complex with Gi heterotrimer 提交 2023-02-10	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 28–99（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH8.0, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 0.001% LMNG, 0.0001% CHS, 1 uM IL8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
8XWN Structure of CXCR2 bound to CXCL8 (Ligand-receptor focused map) 提交 2024-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 21–99（79 aa）链 E 21–99（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
8XX6 Structure of CXCR2 bound to CXCL8 (CXCR2-CXCL8-Go Full map) 提交 2024-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 21–99（79 aa）链 E 21–99（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8YNF Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CXCL8 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 21–99（79 aa）链 E 21–99（79 aa）链 G 21–99（79 aa）链 H 21–99（79 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IL8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–72； UniProt 28–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ikl
沉积日期 deposition_date	1995-08-03
结构标题 title	NMR study of monomeric human interleukin-8 (minimized average structure)
关键词 keywords	CYTOKINE (CHEMOTACTIC); CYTOKINE (CHEMOTACTIC)
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.42 Å
零角强度 I(0) i0	1504130.00
分子量 molecular_weight	8118.0 kDa
排除体积 excluded_volume	10229 Å³
包络体积 envelope_volume	12345 Å³
水化壳体积 shell_volume	8829 Å³
包络直径 envelope_diameter	43.2 Å
壳层 Rg shell_rg	17.49 Å
包络 Rg envelope_rg	12.93 Å
形状 Rg shape_rg	12.39 Å
总 Rg total_rg	13.90 Å
总原子数 total_atoms	1149
残基数 n_residues	68
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.9 Å
Rg (实空间) rg_real	13.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5040e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6340e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1504000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9017
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.442
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	183100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.973

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ikla_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1iklA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	HUMAN INTERLEUKIN-8 (MONOMERIC)
分子量 formula_weight	8415.8 kDa
突变 mutation	DEL(1-3), H LEU 25 MODIFIED TO N-METHYL
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1149

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

NMR study of monomeric human interleukin-8 (minimized average structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN INTERLEUKIN-8 (MONOMERIC)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/ik/1ikl/1ikl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ik/1ikl/1ikl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ik/1ikl/1ikl.dat