SAXSdb — 1inv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE

Influenza B virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 77–466	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 EQP (1R)-4-acetamido-1,5-anhydro-2,4-dideoxy-1-phosphono-D-glycero-D-galacto-octitol × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 10MM EPANA SOLUTION, PH 7.4.	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1INV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B9S NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN THE ACTIVE SITE 提交 1999-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 77–466（390 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 FDI 4-(N-ACETYLAMINO)-3-[N-(2-ETHYLBUTANOYLAMINO)]BENZOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
1B9T NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN THE ACTIVE SITE 提交 1999-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 77–466（390 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 RAI 1-(4-CARBOXY-2-GUANIDINOPENTYL)-5,5'-DI(HYDROXYMETHYL)PYRROLIDIN-2-ONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.271
1B9V NOVEL AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE MAKE SELECTIVE INTERACTIONS WITH CONSERVED RESIDUES AND WATER MOLECULES IN TEH ACTIVE SITE 提交 1999-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 77–466（390 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 RA2 1-[4-CARBOXY-2-(3-PENTYLAMINO)PHENYL]-5,5'-DI(HYDROXYMETHYL)PYRROLIDIN-2-ONE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.35 Å R-free 0.271
1INF INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE COMPLEXED WITH BANA113 INHIBITOR 提交 1995-07-07	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 77–466（390 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 ST4 4-(ACETYLAMINO)-3-GUANIDINOBENZOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.40 Å
1IVB STRUCTURES OF AROMATIC INHIBITORS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE 提交 1994-12-12	配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 77–466（390 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 8 ST1 4-(ACETYLAMINO)-3-HYDROXY-5-NITROBENZOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 5MM BANA105 SOLUTION, PH 7.4.	分辨率 2.40 Å
1VCJ Influenza B virus neuraminidase complexed with 1-(4-Carboxy-2-(3-pentylamino)phenyl)-5-aminomethyl-5-hydroxymethyl-pyrrolidin-2-one 提交 2004-03-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 78–466（389 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN RESIDUES 78-466	未记录	IBA 4-[(2R)-2-(AMINOMETHYL)-2-(HYDROXYMETHYL)-5-OXOPYRROLIDIN-1-YL]-3-[(1-ETHYLPROPYL)AMINO]BENZOIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；PEG 3350, sodium chloride, sodium nitrate, calcium chloride, sodium azide, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.40 Å R-free 0.255

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NRAM_INBLE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–390； UniProt 77–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1inv
沉积日期 deposition_date	1994-09-26
结构标题 title	A SIALIC ACID DERIVED PHOSPHONATE ANALOG INHIBITS DIFFERENT STRAINS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE WITH DIFFERENT EFFICIENCIES
关键词 keywords	HYDROLASE, O-GLYCOSYL, NEURAMINIDASE, SIALIDASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.62 Å
零角强度 I(0) i0	34522200.00
分子量 molecular_weight	44015.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54425 Å³
包络体积 envelope_volume	61251 Å³
水化壳体积 shell_volume	24842 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.43 Å
包络 Rg envelope_rg	20.00 Å
形状 Rg shape_rg	19.62 Å
总 Rg total_rg	20.53 Å
总原子数 total_atoms	3806
残基数 n_residues	390
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.8 Å
Rg (实空间) rg_real	20.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8967
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.091
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.480
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12880000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
分子量 formula_weight	43460.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4157

EPEWTYPRLSCQGSTFQKALLISPHRFGEIKGNSAPLIIREPFVACGPKECRHFALTHYAAQPGGYYNGTRKDRNKLRHLVSVKLGKIPTVENSIFHMAAWSGSACHDGREWTYIGVDGPDNDALVKIKYGEAYTDTYHSYAHNILRTQESACNCIGGDCYLMITDGSASGISKCRFLKIREGRIIKEILPTGRVEHTEECTCGFASNKTIECACRDNSYTAKRPFVKLNVETDTAEIRLMCTKTYLDTPRPDDGSIAGPCESNGDKWLGGIKGGFVHQRMASKIGRWYSRTMSKTNRMGMELYVRYDGDPWTDSDALTLSGVMVSIEEPGWYSFGFEIKDKKCDVPCIGIEMVHDGGKDTWHSAATAIYCLMGSGQLLWDTVTGVDMAL

来源 Source

来源生物 organism	Influenza B virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11520

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(1R)-4-acetamido-1,5-anhydro-2,4-dideoxy-1-phosphono-D-glycero-D-galacto-octitol
分子量 formula_weight	329.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	117

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1inva_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1invA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	124.730 Å
晶胞边长 b length_b	124.730 Å
晶胞边长 c length_c	71.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1540
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/in/1inv/1inv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/in/1inv/1inv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/in/1inv/1inv.dat

A SIALIC ACID DERIVED PHOSPHONATE ANALOG INHIBITS DIFFERENT STRAINS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE WITH DIFFERENT EFFICIENCIES