SAXSdb — 1io1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHASE 1 FLAGELLIN

Salmonella typhimurium

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–450	片段：F41 L-TYPE (RESIDUES 54-451) 突变：G426A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；289 K；PEG 6000, NaCl, Glycerol, Iso-Propanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.00 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IO1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1UCU R-type straight flagellar filament made of full-length flagellin 提交 2003-04-22	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–494（494 aa）	突变：A449V	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL；pH 7.8；150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL	分辨率 4.00 Å
3A5X L-type straight flagellar filament made of full-length flagellin 提交 2009-08-13	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–495（494 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL；pH 7.8；150MM NACL, 2MM MGCL2, 20MM TRIS-HCL, 2-5% GLYCEROL cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
5YUD Flagellin derivative in complex with the NLR protein NAIP5 提交 2017-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 452–495（44 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.28 Å
6CH3 Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliS-FliC complex 提交 2018-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 455–495（41 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；tascimate	分辨率 2.68 Å R-free 0.258
8FML Cryo-EM structure of NLR family apoptosis inhibitory protein 5 (NAIP5) in complex with a full-length flagellin (FliC) ligand 提交 2022-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–495（495 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å
9IWQ Salmonella enterica serovar Typhimurium FliC(G426A)delta(204-292) forming the L-type straight filament 提交 2024-07-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–495（494 aa）	突变：G426A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.08 Å
9M5T Structure of the flagellar filament in short-length at 3.02 angstroms resolution 提交 2025-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 44 PDB 声明：44-meric	链 AA 1–495（495 aa）链 AB 1–495（495 aa）链 AC 1–495（495 aa）链 AD 1–495（495 aa）链 AE 1–495（495 aa）链 AF 1–495（495 aa）链 AG 1–495（495 aa）链 AH 1–495（495 aa）链 AI 1–495（495 aa）链 AJ 1–495（495 aa）链 AK 1–495（495 aa）链 BA 1–495（495 aa）链 BB 1–495（495 aa）链 BC 1–495（495 aa）链 BD 1–495（495 aa）链 BE 1–495（495 aa）链 BF 1–495（495 aa）链 BG 1–495（495 aa）链 BH 1–495（495 aa）链 BI 1–495（495 aa）链 BJ 1–495（495 aa）链 BK 1–495（495 aa）链 CA 1–495（495 aa）链 CB 1–495（495 aa）链 CC 1–495（495 aa）链 CD 1–495（495 aa）链 CE 1–495（495 aa）链 CF 1–495（495 aa）链 CG 1–495（495 aa）链 CH 1–495（495 aa）链 CI 1–495（495 aa）链 CJ 1–495（495 aa）链 CK 1–495（495 aa）链 DA 1–495（495 aa）链 DB 1–495（495 aa）链 DC 1–495（495 aa）链 DD 1–495（495 aa）链 DE 1–495（495 aa）链 DF 1–495（495 aa）链 DG 1–495（495 aa）链 DH 1–495（495 aa）链 DI 1–495（495 aa）链 DJ 1–495（495 aa）链 DK 1–495（495 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
9M67 the flagellar filament cap FliD in complex with FliC 提交 2025-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–495（495 aa）链 B 1–495（495 aa）链 C 1–495（495 aa）链 D 1–495（495 aa）链 E 1–495（495 aa）链 F 1–495（495 aa）链 G 1–495（495 aa）链 H 1–495（495 aa）链 I 1–495（495 aa）链 J 1–495（495 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9M6H structure of FliD-FliC at a 10:10 stoichiometry 提交 2025-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：20-meric	链 B 54–454（401 aa）链 D 54–454（401 aa）链 F 54–454（401 aa）链 H 54–454（401 aa）链 J 54–454（401 aa）链 L 54–454（401 aa）链 N 54–454（401 aa）链 P 54–454（401 aa）链 R 54–454（401 aa）链 T 54–454（401 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLIC_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–398； UniProt 53–450

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1io1
沉积日期 deposition_date	2000-12-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF F41 FRAGMENT OF FLAGELLIN
关键词 keywords	beta-folium, flagellin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.85 Å
零角强度 I(0) i0	30376900.00
分子量 molecular_weight	40985.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50396 Å³
包络体积 envelope_volume	69406 Å³
水化壳体积 shell_volume	20192 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.2 Å
壳层 Rg shell_rg	33.68 Å
包络 Rg envelope_rg	34.71 Å
形状 Rg shape_rg	34.83 Å
总 Rg total_rg	34.80 Å
总原子数 total_atoms	2880
残基数 n_residues	395
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.3 Å
Rg (实空间) rg_real	34.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7670e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7109
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.235
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1742000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.418; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.206; Smooth: 0.778

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1io1a_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.32 — Phase 1 flagellin
超家族 Superfamily superfamily	e.32.1 — Phase 1 flagellin
家族 Family family	e.32.1.1 — Phase 1 flagellin

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1io1A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1330 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — f41 fragment of flagellin, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1io1A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	280 — f41 fragment of flagellin, middle domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — f41 fragment of flagellin, middle domain

结构域编号 domain_id	1io1A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	220 — f41 fragment of flagellin, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — f41 fragment of flagellin, C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.750 Å
晶胞边长 b length_b	36.440 Å
晶胞边长 c length_c	118.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.15 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2660

描述 description	PHASE 1 FLAGELLIN
分子量 formula_weight	41352.0 kDa
突变 mutation	G426A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3234

CRYSTAL STRUCTURE OF F41 FRAGMENT OF FLAGELLIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHASE 1 FLAGELLIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Salmonella typhimurium
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	602
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	354

fit	/app/data/saxs_computation/io/1io1/1io1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/io/1io1/1io1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/io/1io1/1io1.dat