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1itl

HUMAN INTERLEUKIN 4: THE SOLUTION STRUCTURE OF A FOUR-HELIX-BUNDLE PROTEIN

Method: SOLUTION NMR Dmax: 52.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INTERLEUKIN-4

Homo sapiens

UniProt P05112

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–153 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ITL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BBN THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INTERLEUKIN-4 BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY 提交 1992-05-01 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1BCN THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INTERLEUKIN-4 BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY 提交 1992-05-01 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CYL ASPECTS OF RECEPTOR BINDING AND SIGNALLING OF INTERLEUKIN-4 INVESTIGATED BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS AND NMR SPECTROSCOPY 提交 1994-02-21 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1HIJ INTERLEUKIN-4 MUTANT WITH ARG 88 REPLACED WITH GLN (R88Q) 提交 1995-06-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：R88Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.316
1HIK INTERLEUKIN-4 (WILD-TYPE) 提交 1995-06-01 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.324
1HZI INTERLEUKIN-4 MUTANT E9A 提交 2001-01-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：E9A SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.05 Å R-free 0.246
1IAR INTERLEUKIN-4 / RECEPTOR ALPHA CHAIN COMPLEX 提交 1999-02-25 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.289
1ITI THE HIGH RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INTERLEUKIN-4 DETERMINED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY 提交 1993-04-12 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1ITM ANALYSIS OF THE SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INTERLEUKIN 4 DETERMINED BY HETERONUCLEAR THREE-DIMENSIONAL NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE TECHNIQUES 提交 1994-02-28 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1RCB CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN RECOMBINANT INTERLEUKIN-4 AT 2.25 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-08-26 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.25 Å
2B8U Crystal structure of wildtype human Interleukin-4 提交 2005-10-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；52% Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.244
2B8X Crystal structure of the interleukin-4 variant F82D 提交 2005-10-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：F82D SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；52% Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2B8Y Crystal structure of the interleukin-4 variant T13DF82D 提交 2005-10-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：T13D, F82D SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；52% Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.80 Å R-free 0.241
2B8Z Crystal structure of the interleukin-4 variant R85A 提交 2005-10-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：R85A SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；52% Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
2B90 Crystal structure of the interleukin-4 variant T13DR85A 提交 2005-10-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：T13D, R85A SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；52% Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
2B91 Crystal structure of the interleukin-4 variant F82DR85A 提交 2005-10-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：F82D, R85A SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；52% Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.00 Å R-free 0.258
2CYK ASPECTS OF RECEPTOR BINDING AND SIGNALLING OF INTERLEUKIN-4 INVESTIGATED BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS AND NMR SPECTROSCOPY 提交 1994-08-16 当前字段一致 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2D48 Crystal structure of the Interleukin-4 variant T13D 提交 2005-10-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：T13D SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；52% Ammonium sulfate, 0.1M Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.65 Å R-free 0.247
2INT CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN INTERLEUKIN-4 提交 1993-07-22 聚集状态不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.35 Å
3BPL Crystal structure of the IL4-IL4R-Common Gamma ternary complex 提交 2007-12-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；10% PEG8K, 8% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.93 Å R-free 0.297
3BPN Crystal structure of the IL4-IL4R-IL13Ra ternary complex 提交 2007-12-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；10% PEG8K, 0.1M cacodylate pH 6.5, 0.16M calcium acetate, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 3.02 Å R-free 0.304
4YDY CRYSTAL STRUCTURE OF DARPIN 44C12V5 IN COMPLEX WITH HUMAN IL-4 提交 2015-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 25–153（129 aa） 片段：UNP RESIDUES 25-153
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；18% PEG 3350, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.5 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.5, 18% GLYCEROL
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
4YDY CRYSTAL STRUCTURE OF DARPIN 44C12V5 IN COMPLEX WITH HUMAN IL-4 提交 2015-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 25–153（129 aa） 片段：UNP RESIDUES 25-153
未记录 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；18% PEG 3350, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.5 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.5, 18% GLYCEROL
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
5FHX CRYSTAL STRUCTURE OF CODV IN COMPLEX WITH IL4 AT 2.55 Ang. RESOLUTION. 提交 2015-12-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 30–153（124 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；292 K；PEG 3350 20%, K-Acetate 0.20M
分辨率 2.55 Å R-free 0.249
6OEL Engineered Fab bound to IL-4 receptor 提交 2019-03-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 25–153（129 aa） 片段：UNP residues 25-153
突变：K117R,T118V,R121Q,E122S,Y124W,S125F,S128G,S129A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；22.5% PurePEG (Microlytic), 0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.6 M ammonium nitrate
分辨率 3.10 Å R-free 0.256
8A4F Human Interleukin-4 mutant - C3T-IL4 提交 2022-06-11 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
突变：C3T 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 1
NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 15N] Interleukin-4 mutant, C3T-IL4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8CGF Interleukin-4 (wild type) pH 2.4 提交 2023-02-04 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 2.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM NaPi；压力 1
NMR样品组成 1.5 mM [U-13C; U-15N] Interleukin-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
8CH7 RDC-refined Interleukin-4 (wild type) pH 5.6 提交 2023-02-07 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–153（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1
NMR样品组成 1.5 mM [U-13C; U-15N] Interleukin-4 (IL-4), 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供

共 27 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–130； UniProt 25–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1itl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1itl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1itl
沉积日期 deposition_date1992-02-08
结构标题 titleHUMAN INTERLEUKIN 4: THE SOLUTION STRUCTURE OF A FOUR-HELIX-BUNDLE PROTEIN
关键词 keywordsCYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.88 Å
零角强度 I(0) i04649220.00
分子量 molecular_weight15084.0 kDa
排除体积 excluded_volume18802 ų
包络体积 envelope_volume21866 ų
水化壳体积 shell_volume12729 ų
包络直径 envelope_diameter53.8 Å
壳层 Rg shell_rg20.33 Å
包络 Rg envelope_rg15.27 Å
形状 Rg shape_rg14.82 Å
总 Rg total_rg16.10 Å
总原子数 total_atoms2127
残基数 n_residues130
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.3 Å
Rg (实空间) rg_real16.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real4.6490e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4649000.0000
解质量估计 total_estimate0.8138
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.8 Å
偏度 Skewness skewness0.211
峰度 Kurtosis kurtosis-0.295
角度范围 angular_range— – 0.4900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha559800.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1itla1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.26 — 4-helical cytokines
超家族 Superfamily superfamilya.26.1 — 4-helical cytokines
家族 Family familya.26.1.2 — Short-chain cytokines
结构域编号 domain_idd1itla2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1itlA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)