SAXSdb — 1ixi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATE-BINDING PROTEIN

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–346	突变：D56N	2HP DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；pH 5.6	分辨率 1.89 Å R-free 0.294

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IXI	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A40 PHOSPHATE-BINDING PROTEIN WITH ALA 197 REPLACED WITH TRP 提交 1998-02-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：A197W	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.269
1A55 PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT A197C 提交 1998-02-19	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：A197C	2HP DIHYDROGENPHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.227
1IXG PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH THR 141 REPLACED BY ASP (T141D), COMPLEXED WITH PHOSPATE 提交 1996-08-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：T141D	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.05 Å R-free 0.139
1IXH PHOSPHATE-BINDING PROTEIN (PBP) COMPLEXED WITH PHOSPHATE 提交 1996-08-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 0.98 Å R-free 0.141
1OIB PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT T141D 提交 1995-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：T141D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1OIB PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT T141D 提交 1995-11-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–346（321 aa）	突变：T141D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1PBP FINE TUNING OF THE SPECIFICITY OF THE PERIPLASMIC PHOSPHATE TRANSPORT RECEPTOR: SITE-DIRECTED MUTAGENESIS, LIGAND BINDING, AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES 提交 1994-07-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1QUI PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY GLY COMPLEX WITH BROMINE AND PHOSPHATE 提交 1995-11-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：D137G	BR BROMIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
1QUJ PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY GLY COMPLEX WITH CHLORINE AND PHOSPHATE 提交 1995-11-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：D137G	CL CHLORIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
1QUK PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY ASN COMPLEX WITH PHOSPHATE 提交 1995-11-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：D137N	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.189
1QUL PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 137 REPLACED BY THR COMPLEX WITH CHLORINE AND PHOSPHATE 提交 1995-11-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	突变：D137T	PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
2ABH PHOSPHATE-BINDING PROTEIN (RE-REFINED) 提交 1995-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–346（321 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PSTS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–321； UniProt 26–346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ixi
沉积日期 deposition_date	1996-10-17
结构标题 title	PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 56 REPLACED BY ASN COMPLEX WITH MONOBASIC PHOSPHATE ION
关键词 keywords	PHOSPHATE TRANSPORT, BINDING PROTEINS, PHOSPHATE-BINDING, MUTANT; PHOSPHATE TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.98 Å
零角强度 I(0) i0	19817800.00
分子量 molecular_weight	34502.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43480 Å³
包络体积 envelope_volume	48857 Å³
水化壳体积 shell_volume	20627 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.5 Å
壳层 Rg shell_rg	26.22 Å
包络 Rg envelope_rg	20.32 Å
形状 Rg shape_rg	19.93 Å
总 Rg total_rg	20.99 Å
总原子数 total_atoms	2442
残基数 n_residues	321
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7772
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.418
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.099
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4467000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.702; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHOSPHATE-BINDING PROTEIN
分子量 formula_weight	34456.6 kDa
突变 mutation	D56N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2654

EASLTGAGATFPAPVYAKWADTYQKETGNKVNYQGIGSSGGVKQIIANTVDFGASNAPLSDEKLAQEGLFQFPTVIGGVVLAVNIPGLKSGELVLDGKTLGDIYLGKIKKWDDEAIAKLNPGLKLPSQNIAVVRRADGSGTSFVFTSYLAKVNEEWKNNVGTGSTVKWPIGLGGKGNDGIAAFVQRLPGAIGYVEYAYAKQNNLAYTKLISADGKPVSPTEENFANAAKGADWSKTFAQDLTNQKGEDAWPITSTTFILIHKDQKKPEQGTEVLKFFDWAYKTGAKQANDLDYASLPDSVVEQVRAAWKTNIKDSSGKPLY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DIHYDROGENPHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	97.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	212

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ixia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1ixiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	1ixiA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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8. 引用文献 (6)

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晶胞边长 a length_a	41.970 Å
晶胞边长 b length_b	63.980 Å
晶胞边长 c length_c	123.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2940

fit	/app/data/saxs_computation/ix/1ixi/1ixi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ix/1ixi/1ixi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ix/1ixi/1ixi.dat

PHOSPHATE-BINDING PROTEIN MUTANT WITH ASP 56 REPLACED BY ASN COMPLEX WITH MONOBASIC PHOSPHATE ION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHATE-BINDING PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction