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1ixx

CRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN (IX/X-BP) FROM VENOM OF HABU SNAKE WITH A HETERODIMER OF C-TYPE LECTIN DOMAINS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN

物种未注明

UniProt P23806

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–152 链 C； UniProt 24–152 链 E； UniProt 24–152 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 3 （P23807） CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 24–152 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 1 （P23807） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–152 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 1 （P23807） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 24–152 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 1 （P23807） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1IXX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J34 Crystal Structure of Mg(II)-and Ca(II)-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein 提交 2003-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–129（129 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8；293 K；PEG 6000, Tris-HCl, calcium chloride, magnesium chloride, pH 8, MICROBATCH, temperature 293K
分辨率 1.55 Å R-free 0.212
1J35 Crystal Structure of Ca(II)-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein 提交 2003-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–129（129 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8；293 K；PEG 6000, Tris-HCl, calcium chloride, pH 8, MICROBATCH, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.270

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IXA_TRIFL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–129； UniProt 24–152 作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 24–152 作者链 E； PDB构建体 1–129； UniProt 24–152

COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN

物种未注明

UniProt P23807

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 24–146 链 D； UniProt 24–146 链 F； UniProt 24–146 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 3 （P23806） CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 24–146 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 1 （P23806） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 24–146 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 1 （P23806） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 24–146 片段：C-TYPE LECTIN DOMAIN COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN × 1 （P23806） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.8；60% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM TRIS-HCL, 3 MM CACL2, PH 7.8 分辨率 2.50 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1IXX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BJ3 CRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTOR IX-BINDING PROTEIN (IX-BP) FROM VENOM OF HABU SNAKE WITH A HETERODIMER OF C-TYPE LECTIN DOMAINS 提交 1998-07-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–146（123 aa） 片段：C-TYPE LECTIN CRD DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY MIXING WITH EQUAL VOLUME OF 60% AMMONIUM SULPHATE IN 20 MM TRI-HCL BUFFER AT PH 7.8 CONTAINING AND AT ROOM TEMPERATURE
分辨率 2.60 Å R-free 0.271
1J34 Crystal Structure of Mg(II)-and Ca(II)-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein 提交 2003-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 24–146（123 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8；293 K；PEG 6000, Tris-HCl, calcium chloride, magnesium chloride, pH 8, MICROBATCH, temperature 293K
分辨率 1.55 Å R-free 0.212
1J35 Crystal Structure of Ca(II)-bound Gla Domain of Factor IX Complexed with Binding Protein 提交 2003-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 24–146（123 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8；293 K；PEG 6000, Tris-HCl, calcium chloride, pH 8, MICROBATCH, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.270
1X2T Crystal Structure of Habu IX-bp at pH 6.5 提交 2005-04-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–146（123 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；293 K；PEG 1000, PEG 8000, calcium chloride, MES, pH 6.5, MICROBATCH, temperature 293K
分辨率 1.72 Å R-free 0.222
1X2T Crystal Structure of Habu IX-bp at pH 6.5 提交 2005-04-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 24–146（123 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；293 K；PEG 1000, PEG 8000, calcium chloride, MES, pH 6.5, MICROBATCH, temperature 293K
分辨率 1.72 Å R-free 0.222
1X2W Crystal Structure of Apo-Habu IX-bp at pH 4.6 提交 2005-04-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–146（123 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 RB RUBIDIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；AMMONIUM SULPHATE, RUBIDIUM ACETATE, PEGMME 2000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.29 Å R-free 0.280
1X2W Crystal Structure of Apo-Habu IX-bp at pH 4.6 提交 2005-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 24–146（123 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 RB RUBIDIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；AMMONIUM SULPHATE, RUBIDIUM ACETATE, PEGMME 2000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.29 Å R-free 0.280

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IXB_TRIFL
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–123； UniProt 24–146 作者链 D； PDB构建体 1–123； UniProt 24–146 作者链 F； PDB构建体 1–123； UniProt 24–146

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ixx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ixx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ixx
沉积日期 deposition_date1997-05-01
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF COAGULATION FACTORS IX/X-BINDING PROTEIN (IX/X-BP) FROM VENOM OF HABU SNAKE WITH A HETERODIMER OF C-TYPE LECTIN DOMAINS
关键词 keywordsCOAGULATION FACTOR BINDING, C-TYPE LECTIN, GLA-DOMAIN BINDING, C-TYPE CRD MOTIF, LOOP EXCHANGED DIMER; COAGULATION FACTOR BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.37 Å
零角强度 I(0) i0133823000.00
分子量 molecular_weight88028.0 kDa
排除体积 excluded_volume108300 ų
包络体积 envelope_volume131600 ų
水化壳体积 shell_volume39116 ų
包络直径 envelope_diameter91.3 Å
壳层 Rg shell_rg35.64 Å
包络 Rg envelope_rg27.12 Å
形状 Rg shape_rg27.34 Å
总 Rg total_rg28.27 Å
总原子数 total_atoms6183
残基数 n_residues756
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.9 Å
Rg (实空间) rg_real28.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal133800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8922
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.1 Å
偏度 Skewness skewness0.016
峰度 Kurtosis kurtosis-0.456
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha103200000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.981
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1ixxa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain
结构域编号 domain_idd1ixxb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain
结构域编号 domain_idd1ixxc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain
结构域编号 domain_idd1ixxd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain
结构域编号 domain_idd1ixxe_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain
结构域编号 domain_idd1ixxf_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family familyd.169.1.1 — C-type lectin domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1ixxA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id1ixxB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id1ixxC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id1ixxD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id1ixxE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
结构域编号 domain_id1ixxF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)