1j0q

Solution Structure of Oxidized Bovine Microsomal Cytochrome b5 mutant V61H

Method: SOLUTION NMR Dmax: 37.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cytochrome b5

Bos taurus

UniProt P00171

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–88 片段:Trypsin-Solubilized Fragment 突变:V61H HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;293 K;压力 ambient NMR样品组成:2.9mM enzyme, pH 7.0, 25mM phosphate buffer | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYB5_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–82; UniProt 7–88

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1j0q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1j0q
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1j0q
沉积日期 deposition_date2002-11-20
结构标题 titleSolution Structure of Oxidized Bovine Microsomal Cytochrome b5 mutant V61H
关键词 keywordsHELIX, BETA, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.16
零角强度 I(0) i01768070000.00
分子量 molecular_weight353780.0 kDa
排除体积 excluded_volume438580 ų
包络体积 envelope_volume19504 ų
水化壳体积 shell_volume12149 ų
包络直径 envelope_diameter42.5
壳层 Rg shell_rg19.47
包络 Rg envelope_rg13.82
形状 Rg shape_rg12.13
总 Rg total_rg12.35
总原子数 total_atoms48125
残基数 n_residues2870
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax37.5
Rg (实空间) rg_real12.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21
I(0) (实空间) i0_real1.7680e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1768000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8986
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.2
偏度 Skewness skewness0.090
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha126700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.948

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1j0qa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.120 — Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain
超家族 Superfamily superfamilyd.120.1 — Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain
家族 Family familyd.120.1.1 — Cytochrome b5

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1j0qA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology120 — Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)