1j12

Beta-Amylase from Bacillus cereus var. mycoides in Complex with alpha-EBG

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 146.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-amylase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–546	未记录	EBG 2-[(2S)-oxiran-2-yl]ethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 31–546	未记录	EBG 2-[(2S)-oxiran-2-yl]ethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 31–546	未记录	EBG 2-[(2S)-oxiran-2-yl]ethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 31–546	未记录	EBG 2-[(2S)-oxiran-2-yl]ethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1J12	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B90 BACILLUS CEREUS BETA-AMYLASE APO FORM 提交 1999-03-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST 0.1 M ACETATE BUFFER PH 4.6, 18% PEG 6000 AND 5% SATN. AMMONIUM SULFATE WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 10MG/ML.	分辨率 2.50 Å R-free 0.247
1B9Z BACILLUS CEREUS BETA-AMYLASE COMPLEXED WITH MALTOSE 提交 1999-03-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST 0.1 M ACETATE BUFFER PH 4.6, 18% PEG 6000 AND 5% SATN. AMMONIUM SULFATE WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 10MG/ML.	分辨率 2.10 Å R-free 0.220
1J0Y Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with glucose 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1J0Y Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with glucose 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–546（516 aa）	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1J0Y Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with glucose 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 31–546（516 aa）	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1J0Y Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with glucose 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 31–546（516 aa）	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1J0Z Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with maltose 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
1J0Z Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with maltose 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
1J0Z Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with maltose 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
1J0Z Beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with maltose 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.238
1J10 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with GGX 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
1J10 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with GGX 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
1J10 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with GGX 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
1J10 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with GGX 提交 2002-11-25	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.239
1J11 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with alpha-EPG 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	EPG (2R)-oxiran-2-ylmethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1J11 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with alpha-EPG 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–546（516 aa）	未记录	EPG (2R)-oxiran-2-ylmethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1J11 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with alpha-EPG 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 31–546（516 aa）	未记录	EPG (2R)-oxiran-2-ylmethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1J11 beta-amylase from Bacillus cereus var. mycoides in complex with alpha-EPG 提交 2002-11-25	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 31–546（516 aa）	未记录	EPG (2R)-oxiran-2-ylmethyl alpha-D-glucopyranoside × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 6000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1J18 Crystal Structure of a Beta-Amylase from Bacillus cereus var. mycoides Cocrystallized with Maltose 提交 2002-12-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 6000, ammonuim sulfate, maltose, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
1VEM Crystal Structure Analysis of Bacillus Cereus Beta-Amylase at the optimum pH (6.5) 提交 2004-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 6000, ammonium sulfate, potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.205
1VEN Crystal Structure Analysis of Y164E/maltose of Bacilus cereus Beta-amylase at pH 4.6 提交 2004-04-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	突变：Y164E	GLC alpha-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；PEG 6000, ammonium sulfate, potassium phosphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.02 Å R-free 0.229
1VEO Crystal Structure Analysis of Y164F/maltose of Bacillus cereus Beta-Amylase at pH 4.6 提交 2004-04-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	突变：Y164F	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；PEG 6000, ammonium sulfate, potassium phosphate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.12 Å R-free 0.215
1VEP Crystal Structure Analysis of Triple (T47M/Y164E/T328N)/maltose of Bacillus cereus Beta-Amylase at pH 6.5 提交 2004-04-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	突变：T47M, Y164E, T328N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG 6000, ammonium sulfate, potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.06 Å R-free 0.226
8ZRZ The 1.26 angstrom resolution structure of Bacillus cereus beta-amylase in complex with maltose 提交 2024-06-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–546（516 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 8 BGC beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AGAINST 0.1 M PHOSPHATE BUFFER PH 6.5, 15% PEG 6000 AND 5% SATN. AMMONIUM SULFATE WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 15MG/ML.	分辨率 1.26 Å R-free 0.165

共 12 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMYB_BACCE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–516； UniProt 31–546 作者链 B； PDB构建体 1–516； UniProt 31–546 作者链 C； PDB构建体 1–516； UniProt 31–546 作者链 D； PDB构建体 1–516； UniProt 31–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1j12
沉积日期 deposition_date	2002-11-25
结构标题 title	Beta-Amylase from Bacillus cereus var. mycoides in Complex with alpha-EBG
关键词 keywords	HYDROLASE, BETA-AMYLASE, RAW-STARCH BINDING DOMAIN; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.97 Å
零角强度 I(0) i0	773856000.00
分子量 molecular_weight	234350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	294360 Å³
包络体积 envelope_volume	388060 Å³
水化壳体积 shell_volume	71930 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.95 Å
包络 Rg envelope_rg	42.70 Å
形状 Rg shape_rg	43.96 Å
总 Rg total_rg	44.28 Å
总原子数 total_atoms	16548
残基数 n_residues	2064
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.4 Å
Rg (实空间) rg_real	44.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	774000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	101300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.890

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-amylase
分子量 formula_weight	58358.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17021

AVNGKGMNPDYKAYLMAPLKKIPEVTNWETFENDLRWAKQNGFYAITVDFWWGDMEKNGDQQFDFSYAQRFAQSVKNAGMKMIPIISTHQCGGNVGDDCNVPIPSWVWNQKSDDSLYFKSETGTVNKETLNPLASDVIRKEYGELYTAFAAAMKPYKDVIAKIYLSGGPAGELRYPSYTTSDGTGYPSRGKFQAYTEFAKSKFRLWVLNKYGSLNEVNKAWGTKLISELAILPPSDGEQFLMNGYLSMYGKDYLEWYQGILENHTKLIGELAHNAFDTTFQVPIGAKIAGVHWQYNNPTIPHGAEKPAGYNDYSHLLDAFKSAKLDVTFTCLEMTDKGSYPEYSMPKTLVQNIATLANEKGIVLNGENALSIGNEEEYKRVAEMAFNYNFAGFTLLRYQDVMYNNSLMGKFKDLLGVTPVMQTIVVKNVPTTIGDTVYITGNRAELGSWDTKQYPIQLYYDSHSNDWRGNVVLPAERNIEFKAFIKSKDGTVKSWQTIQQSWNPVPLKTTSHTSSW

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-[(2S)-oxiran-2-yl]ethyl alpha-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	250.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	473

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1j12a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family family	b.3.1.1 — Starch-binding domain

结构域编号 domain_id	d1j12a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1j12b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family family	b.3.1.1 — Starch-binding domain

结构域编号 domain_id	d1j12b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1j12c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family family	b.3.1.1 — Starch-binding domain

结构域编号 domain_id	d1j12c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1j12d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.1 — Starch-binding domain-like
家族 Family family	b.3.1.1 — Starch-binding domain

结构域编号 domain_id	d1j12d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1j12A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1j12A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1j12B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1j12B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1j12C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1j12C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1j12D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1j12D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	177.900 Å
晶胞边长 b length_b	112.900 Å
晶胞边长 c length_c	146.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2530

fit	/app/data/saxs_computation/j1/1j12/1j12.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j1/1j12/1j12.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j1/1j12/1j12.dat