8zrz

The 1.26 angstrom resolution structure of Bacillus cereus beta-amylase in complex with maltose

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 82.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zrz
沉积日期 deposition_date	2024-06-05
结构标题 title	The 1.26 angstrom resolution structure of Bacillus cereus beta-amylase in complex with maltose
关键词 keywords	Beta-amylase, Complex with maltose, Bacillus cereus, digestion of starch granule, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.58 Å
零角强度 I(0) i0	60398300.00
分子量 molecular_weight	61336.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76848 Å³
包络体积 envelope_volume	88866 Å³
水化壳体积 shell_volume	29354 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.49 Å
包络 Rg envelope_rg	26.03 Å
形状 Rg shape_rg	25.55 Å
总 Rg total_rg	26.42 Å
总原子数 total_atoms	4318
残基数 n_residues	516
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.0400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	60400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9056
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.341
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.449
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.956

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-amylase
分子量 formula_weight	58358.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5480

AVNGKGMNPDYKAYLMAPLKKIPEVTNWETFENDLRWAKQNGFYAITVDFWWGDMEKNGDQQFDFSYAQRFAQSVKNAGMKMIPIISTHQCGGNVGDDCNVPIPSWVWNQKSDDSLYFKSETGTVNKETLNPLASDVIRKEYGELYTAFAAAMKPYKDVIAKIYLSGGPAGELRYPSYTTSDGTGYPSRGKFQAYTEFAKSKFRLWVLNKYGSLNEVNKAWGTKLISELAILPPSDGEQFLMNGYLSMYGKDYLEWYQGILENHTKLIGELAHNAFDTTFQVPIGAKIAGVHWQYNNPTIPHGAEKPAGYNDYSHLLDAFKSAKLDVTFTCLEMTDKGSYPEYSMPKTLVQNIATLANEKGIVLNGENALSIGNEEEYKRVAEMAFNYNFAGFTLLRYQDVMYNNSLMGKFKDLLGVTPVMQTIVVKNVPTTIGDTVYITGNRAELGSWDTKQYPIQLYYDSHSNDWRGNVVLPAERNIEFKAFIKSKDGTVKSWQTIQQSWNPVPLKTTSHTSSW

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus cereus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1396
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	666.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 8 non-polymer

描述 description	beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	867

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.974 Å
晶胞边长 b length_b	89.843 Å
晶胞边长 c length_c	66.035 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.260 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1240
R_free r_free	0.1645

fit	/app/data/saxs_computation/zr/8zrz/8zrz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zr/8zrz/8zrz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zr/8zrz/8zrz.dat