SAXSdb — 1jd9

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-AMYLASE

Pseudoalteromonas haloplanktis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–477	突变：K300Q	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；MPD, Hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JD9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AQH ALPHA-AMYLASE FROM ALTEROMONAS HALOPLANCTIS 提交 1997-07-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–477（453 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
1AQM ALPHA-AMYLASE FROM ALTEROMONAS HALOPLANCTIS COMPLEXED WITH TRIS 提交 1997-07-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–477（453 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.186
1B0I ALPHA-AMYLASE FROM ALTEROMONAS HALOPLANCTIS 提交 1998-11-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–477（453 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.217
1G94 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE TERNARY COMPLEX BETWEEN PSYCHROPHILIC ALPHA AMYLASE FROM PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANCTIS IN COMPLEX WITH A HEPTA-SACCHARIDE AND A TRIS MOLECULE 提交 2000-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–472（448 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；MPD, Hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.74 Å R-free 0.187
1G9H TERNARY COMPLEX BETWEEN PSYCHROPHILIC ALPHA-AMYLASE, COMII (PSEUDO TRI-SACCHARIDE FROM BAYER) AND TRIS (2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL) 提交 2000-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–472（448 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；MPD, Hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.201
1JD7 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE MUTANT K300R OF PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANCTIS ALPHA-AMYLASE 提交 2001-06-13	突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–477（453 aa）	突变：K300R	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；MPD, Hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.25 Å R-free 0.215
1KXH Crystal structure of the complex between an inactive mutant of psychrophilic alpha-amylase (D174N) and acarbose 提交 2002-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–472（448 aa）	突变：D174N	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；MPD, hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.188
1L0P CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE COMPLEX BETWEEN PSYCHROPHILIC ALPHA AMYLASE FROM PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANCTIS AND NITRATE 提交 2002-02-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–472（448 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；MPD, Hepes, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.180
8CQF Crystal Structure of a Chimeric Alpha-Amylase from Pseudoalteromonas Haloplanktis Complexed with Rearranged Acarbose 提交 2023-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–232（207 aa）链 A 236–294（59 aa）链 A 301–471（171 aa）	突变：A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W 突变：A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W 突变：A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W	CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；3 M NaCl, 0.1 M BisTris	分辨率 2.05 Å R-free 0.198
8CQG Crystal Structure of a Chimeric Alpha-Amylase from Pseudoalteromonas Haloplanktis 提交 2023-03-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–232（208 aa）链 A 236–294（59 aa）链 A 302–471（170 aa）	突变：A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W 突变：A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W 突变：A77V Q204L S226G T227A E228K N231T T232L G270_G271insA A272G G273S N274S V275I I276L D310N T311D D312W	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；3 M NaCl, 0.1 M BisTris	分辨率 1.74 Å R-free 0.205

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMY_ALTHA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–453； UniProt 25–477

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jd9
沉积日期 deposition_date	2001-06-13
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE MUTANT K300Q OF PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANCTIS ALPHA-AMYLASE
关键词 keywords	ALPHA-BETA BARREL, GLYCOSYL HYDROLASE, ALLOSTERIC ACTIVATION, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.48 Å
零角强度 I(0) i0	43929000.00
分子量 molecular_weight	48853.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59844 Å³
包络体积 envelope_volume	68256 Å³
水化壳体积 shell_volume	25531 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.3 Å
壳层 Rg shell_rg	29.40 Å
包络 Rg envelope_rg	22.62 Å
形状 Rg shape_rg	22.44 Å
总 Rg total_rg	23.33 Å
总原子数 total_atoms	3444
残基数 n_residues	448
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8760
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.365
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7238000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.940

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ALPHA-AMYLASE
分子量 formula_weight	49379.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.1
突变 mutation	K300Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3634

TPTTFVHLFEWNWQDVAQECEQYLGPKGYAAVQVSPPNEHITGSQWWTRYQPVSYELQSRGGNRAQFIDMVNRCSAAGVDIYVDTLINHMAAGSGTGTAGNSFGNKSFPIYSPQDFHESCTINNSDYGNDRYRVQNCELVGLADLDTASNYVQNTIAAYINDLQAIGVKGFRFDASKHVAASDIQSLMAKVNGSPVVFQEVIDQGGEAVGASEYLSTGLVTEFKYSTELGNTFRNGSLAWLSNFGEGWGFMPSSSAVVFVDNHDNQRGHGGAGNVITFEDGRLYDLANVFMLAYPYGYPQVMSSYDFHGDTDAGGPNVPVHNNGNLECFASNWKCEHRWSYIAGGVDFRNNTADNWAVTNWWDNTNNQISFGRGSSGHMAINKEDSTLTATVQTDMASGQYCNVLKGELSADAKSCSGEVITVNSDGTINLNIGAWDAMAIHKNAKLNTSSAS

来源 Source

来源生物 organism	Pseudoalteromonas haloplanktis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	228
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	190

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jd9a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d1jd9a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jd9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	1jd9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

▶

8. 引用文献 (3)

▶

晶胞边长 a length_a	71.500 Å
晶胞边长 b length_b	138.400 Å
晶胞边长 c length_c	115.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	42.700 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2450

fit	/app/data/saxs_computation/jd/1jd9/1jd9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jd/1jd9/1jd9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jd/1jd9/1jd9.dat

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE MUTANT K300Q OF PSEUDOALTEROMONAS HALOPLANCTIS ALPHA-AMYLASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-AMYLASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction