1jg0

Crystal structure of Escherichia coli thymidylate synthase complexed with 2'-deoxyuridine-5'-monophosphate and N,O-didansyl-L-tyrosine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.8 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

thymidylate synthase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–264 链 B； UniProt 1–264	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 DDT N,O-DIDANSYL-L-TYROSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；18-20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, 5 mM dithiothreitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JG0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIQ CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE R126E MUTANT 提交 1997-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：R126E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R126E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；2.4M AMMONIUM SULFATE, 20MM, pH 8.0	分辨率 2.20 Å
1AJM CRYSTAL STRUCTURE OF THYMIDYLATE SYNTHASE R126E MUTANT 提交 1997-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）	突变：R126E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.40 Å
1AN5 E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH CB3717 提交 1997-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.60 Å R-free 0.266
1AOB E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DDURD 提交 1997-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 DDU 2'-5'DIDEOXYURIDINE × 2 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DDURD, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.243
1AXW E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH METHOTREXATE (MTX) AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1997-10-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 MTX METHOTREXATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；4.2 MG/ML E.COLI TS, 0.38 MM DUMP, 3.8 MM DTT, 1.0 MM MTX AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT	分辨率 1.70 Å R-free 0.265
1BID E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH DUMP 提交 1997-06-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION EXPERIMENTS WERE CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DUMP, 3.8 MM DTT, AND 1.2 M (NH4)2SO4, AT PH 7.8 (20 MM KPO4) SUSPENDED OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
1BJG D221(169)N MUTANT DOES NOT PROMOTE OPENING OF THE COFACTOR IMIDAZOLIDINE RING 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）	突变：D169N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UFP 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2 TMF 5,10-METHYLENE-6-HYDROFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；pH 7.7	分辨率 2.30 Å R-free 0.234
1BQ1 E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT N177A IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1998-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：N177A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：N177A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
1BQ2 E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT N177A 提交 1998-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：N177A	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.8	分辨率 2.20 Å R-free 0.217
1DDU E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2',5'-DIDEOXYURIDINE (DDURD) 提交 1997-06-26	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 DDU 2'-5'DIDEOXYURIDINE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
1DNA D221(169)N MUTANT DOES NOT PROMOTE OPENING OF THE COFACTOR IMIDAZOLIDINE RING 提交 1998-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：D169N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D169N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；pH 7.7	分辨率 2.20 Å R-free 0.226
1EV5 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF ALA167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI 提交 2000-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；38% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 40 mM sodium phosphate, 20 mM 2-mercaptoethanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 1.70 Å R-free 0.219
1EV8 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI 提交 2000-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；68% saturated ammonium sulfate, 100 mM sodium phosphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 2.60 Å R-free 0.264
1EVF CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI 提交 2000-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；48% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 20 mM 2-mercaptoethanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 1.70 Å R-free 0.212
1EVG CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF CYS167 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI WITH UNMODIFIED CATALYTIC CYSTEINE 提交 2000-04-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：S167T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；291 K；48% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, 20 mM 2-mercaptoethanol , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K	分辨率 2.00 Å R-free 0.225
1F4B CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 2000-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.75 Å R-free 0.244
1F4C CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COVALENTLY MODIFIED AT C146 WITH N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL 提交 2000-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 5 TP2 N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
1F4D CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE C146S, L143C COVALENTLY MODIFIED AT C143 WITH N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL 提交 2000-06-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：L143C,C146S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：L143C,C146S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 TP2 N-[TOSYL-D-PROLINYL]AMINO-ETHANETHIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 2.15 Å R-free 0.267
1F4E CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH TOSYL-D-PROLINE 提交 2000-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 8 TPR TOSYL-D-PROLINE × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
1F4F CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH SP-722 提交 2000-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 5 TP3 4-[[GLUTAMIC ACID]-CARBONYL]-BENZENE-SULFONYL-D-PROLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
1F4G CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE COMPLEXED WITH SP-876 提交 2000-06-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 TP4 N-[4-[[GLUTAMIC ACID]-CARBONYL]-BENZENE-SULFONYL-D-PROLINYL]-3-AMINO-PROPANOIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.0 M ammonium sulphate, 20 mM potassium phosphate, 0.2 M EDTA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214
1FFL CRYSTAL STRUCTURE OF THE APO-THYMIDYLATE SYNTHASE R166Q MUTANT 提交 2000-07-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：R166Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；Ammonium sulfate, potassium phosphate, EDTA, DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.94 Å R-free 0.220
1FWM Crystal structure of the thymidylate synthase R166Q mutant 提交 2000-09-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：R166Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：R166Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Ammonium sulfate, potassium sulfate, EDTA, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
1JTQ E. coli TS Complex with dUMP and the Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate LY341770 提交 2001-08-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 LY3 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-4-(2H-TETRAZOL-5-YL)-BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296.16 K；potassium phosphate, MgCl2, DTT, EDTA, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.16K	分辨率 2.50 Å R-free 0.219
1JTU E. coli Thymidylate Synthase in a Complex with dUMP and LY338913, A Polyglutamylated Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate 提交 2001-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 LYB 2-{4-[4-(4-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-4-CARBOXY-BUTYRYLAMIN O)-4-CARBOXY-BUTYRYLAMINO}-PENTANEDIOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；potassium phosphate, MgCl2, ammonium sulfate, DTT, EDTA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
1JUT E. coli Thymidylate Synthase Bound to dUMP and LY338529, A Pyrrolo(2,3-d)pyrimidine-based Antifolate 提交 2001-08-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 LYD 2-{4-[2-(2-AMINO-4-OXO-4,7-DIHYDRO-3H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-5-YL)-ETHYL]-BENZOYLAMINO}-3-METHYL-BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；296 K；KPO4, MgCl2, DTT, EDTA, ammonium sulphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250
1KCE E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E58Q IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1996-10-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.222
1KZI Crystal Structure of EcTS/dUMP/THF Complex 提交 2002-02-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO3 CARBONATE ION × 3 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 2 DTU (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.6；298 K；100 mM TAPS, 2.6 M ammonium sulfate, 10 mM DTT, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.221
1KZJ Crystal Structure of EcTS W80G/dUMP/CB3717 Complex 提交 2002-02-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 22-26% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 10 mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1KZJ Crystal Structure of EcTS W80G/dUMP/CB3717 Complex 提交 2002-02-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–264（264 aa）链 D 1–264（264 aa）	突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 22-26% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 10 mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1KZJ Crystal Structure of EcTS W80G/dUMP/CB3717 Complex 提交 2002-02-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–264（264 aa）链 F 1–264（264 aa）	突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：W80G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, 22-26% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 10 mM DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.258
1NCE Crystal structure of a ternary complex of E. coli thymidylate synthase D169C with dUMP and the antifolate CB3717 提交 2002-12-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：D169C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：D169C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.1；298 K；potassium phosphate, EDTA, ammonium sulfate, DTT, pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.40 Å R-free 0.246
1QQQ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SER254 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1999-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：P254S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；58% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 100 MM TRIS HCL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.238
1QQQ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SER254 MUTANT OF ESCHERICHIA COLI THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1999-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：P254S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；298 K；58% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 20 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 100 MM TRIS HCL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.50 Å R-free 0.238
1SYN E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH BW1843U89 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1995-09-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 F89 S)-2-(5(((1,2-DIHYDRO-3-METHYL-1-OXOBENZO(F)QUINAZOLIN-9-YL)METHYL)AMINO)1-OXO-2-ISOINDOLINYL)GLUTARIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
1TDU E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE (DURD) 提交 1997-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 DUR 2'-DEOXYURIDINE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；CRYSTALLIZATION WAS CONDUCTED IN HANGING DROPS CONTAINING 4.2 MG/ML E. COLI TS, 0.38 MM DURD, 3.8 MM DTT, 1.0 MM CB3717 AND 1.2 M (NH4)2SO4, PH 7.8 (20 MM KPO4) OVER A WELL SOLUTION CONTAINING 2.4 M (NH4)2SO4 AND 1.0 MM DTT., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.10 Å R-free 0.246
1TRG E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE IN SYMMETRIC COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1998-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.230
1ZPR E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE MUTANT E58Q IN COMPLEX WITH CB3717 AND 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DUMP) 提交 1996-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）链 B 2–264（263 aa）	突变：E58Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：E58Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
2A9W E. coli TS complexed with dUMP and inhibitor GA9 提交 2005-07-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 6 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 GA9 3,3-BIS(3-BROMO-4-HYDROXYPHENYL)-7-CHLORO-1H,3H-BENZO[DE]ISOCHROMEN-1-ONE × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 6 2BR 2-BROMOPHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；potassium phosphate, DTT, EDTA, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293 K	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
2A9W E. coli TS complexed with dUMP and inhibitor GA9 提交 2005-07-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–264（264 aa）链 D 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 6 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 GA9 3,3-BIS(3-BROMO-4-HYDROXYPHENYL)-7-CHLORO-1H,3H-BENZO[DE]ISOCHROMEN-1-ONE × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；potassium phosphate, DTT, EDTA, ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293 K	分辨率 1.65 Å R-free 0.226
2BBQ STRUCTURAL BASIS FOR RECOGNITION OF POLYGLUTAMYL FOLATES BY THYMIDYLATE SYNTHASE 提交 1992-09-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 PFG 10-PARPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLATE-4-GLUTAMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
2FTN E. coli thymidylate synthase Y94F mutant 提交 2006-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：Y94F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
2FTO Y94F mutant of thymidylate synthase bound to thymidine-5'-phosphate and 10-propargyl-5,8-dideazafolid acid 提交 2006-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 1–264（264 aa）	突变：Y94F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 4 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.179
2FTQ E. coli thymidylate synthase at 1.8 A resolution 提交 2006-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.81 Å R-free 0.226
2G8X Escherichia coli Y209W apoprotein 提交 2006-03-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：Y209W, N-terminus is carbamylated 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Y209W, N-terminus is carbamylated 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CO3 CARBONATE ION × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 2 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；7.8mg/ml protein, 25mM KPO4, pH 7.5, and 5mM DTT equilibrated against a well buffer containing 28% PEG 4K, 100 mM Tris-Cl, pH 8.9, 200mM sodium acetate and 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.83 Å R-free 0.202
2KCE BINDING OF THE ANTICANCER DRUG ZD1694 TO E. COLI THYMIDYLATE SYNTHASE: ASSESSING SPECIFICITY AND AFFINITY 提交 1997-06-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 D16 TOMUDEX × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.20 Å
2TSC STRUCTURE, MULTIPLE SITE BINDING, AND SEGMENTAL ACCOMODATION IN THYMIDYLATE SYNTHASE ON BINDING D/UMP AND AN ANTI-FOLATE 提交 1991-07-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	未记录	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.97 Å
2VET CRYSTAL STRUCTURE OF THE THYMIDYLATE SYNTHASE K48Q COMPLEXED WITH DUMP 提交 2007-10-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, 4 MM DTT AND INCREMENTS IN AMMONIUM SULFATE FROM 2.05 TO 2.6 M, PH 7.5 TO 8	分辨率 2.20 Å R-free 0.205
2VF0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE THYMIDYLATE SYNTHASE K48Q COMPLEXED WITH 5NO2DUMP AND BW1843U89 提交 2007-10-27	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 F89 S)-2-(5(((1,2-DIHYDRO-3-METHYL-1-OXOBENZO(F)QUINAZOLIN-9-YL)METHYL)AMINO)1-OXO-2-ISOINDOLINYL)GLUTARIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；20 MM POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER, 4 MM DTT AND INCREMENTS IN AMMONIUM SULFATE FROM 2.05 TO 2.6 M, PH 7.5 TO 8	分辨率 3.00 Å R-free 0.239
3B5B Crystal structure of the thymidylate synthase k48q 提交 2007-10-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：Q48K 突变：Q48K	NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 FMT FORMIC ACID × 2 NDN 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-(DIHYDROGEN PHOSPHATE) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20 mM potassium phosphate buffer, 4 mM DTT and increments in ammonium sulfate from 2.05 to 2.6 M, pH 7.5 to 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.234
3B9H E. coli thymidylate synthase complexed with 5-NITRO-2'-DEOXY URIDINE 提交 2007-11-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 4 NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.1 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4 mM DTT, 4 mM 5-nitro-dump, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.49 Å R-free 0.233
3BFI E. Coli Thymidylate Synthase Y209M mutant complexed with 5-nitro-dUMP 提交 2007-11-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：Y209M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM REMARK 280 KH2PO4, 4 MM DTT, 4 MM 5-NO2-dUMP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.218
3BGX E. coli Thymidylate Synthase C146S mutant complexed with dTMP and MTF 提交 2007-11-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	突变：C146S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 2 MEF N-({4-[(6aR)-3-amino-1-oxo-1,2,5,6,6a,7-hexahydroimidazo[1,5-f]pteridin-8(9H)-yl]phenyl}carbonyl)-L-glutamic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4MM DTT, 4MM dTMP, 4MM methylene tetrahydrofolate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.93 Å R-free 0.230
3BHL E.coli thymidylate synthase complexes with 5-NO2dUMP and tetrahydrofolate at 1.4 A resolution 提交 2007-11-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mm KH2PO4, 4mm DTT, 4 mM 5-NO2dump, 4MM methylenetetrahydrofolate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.40 Å R-free 0.203
3BHR E. coli TS complexed with 5-NO2dUMP and tetrahydrofolate at 1.9 A resolution (space group 152) 提交 2007-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 4 THG (6S)-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE × 2 NDU 2'-DEOXY-5-NITROURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.5 M ammonium sulfate, 20 mM KH2PO4, 4MM DTT, 4MM 5-NO2dUMP, 4MM MTF, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.201
3TMS PLASTIC ADAPTATION TOWARD MUTATIONS IN PROTEINS: STRUCTURAL COMPARISON OF THYMIDYLATE SYNTHASES 提交 1991-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
4GEV E. coli thymidylate synthase Y209W variant in complex with substrate and a cofactor analog 提交 2012-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	突变：Y209W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：Y209W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；vapor diffusion against 1.44 M Sodium citrate, HEPES from 5.2 mg/ml protein solution containing 17mM kPO4, DTT, 3.3 mM dUMP, 3.3 mM CB3717 and either 0.5% ethylacetate or 4% N-propanol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.30 Å R-free 0.151
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 E 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 D 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 F 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
4ISK Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor 提交 2013-01-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–264（263 aa）片段：Transferase 链 H 2–264（263 aa）片段：Transferase	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 1JY N-(4-{[(6S)-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-4,6,7,8-tetrahydro-1H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl](prop-2-yn-1-yl)amino}benzoyl)-L-gamma-glutamyl-D-glutamic acid × 2 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.9；298 K；20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 1.75 Å R-free 0.233
6CDZ E. coli thymidylate synthase mutant I264Am 提交 2018-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–263（263 aa）片段：residues 1-263 链 B 1–263（263 aa）片段：residues 1-263	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2 UMP 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE × 1 UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM HEPES, 200 mM NH4Ac, 5mM DTT, 32% PEG 4000 (W/V)	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
6NNR high-resolution structure of wild-type E. coli thymidylate synthase 提交 2019-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–264（264 aa）链 B 1–264（264 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	UMC 2'-deoxy-5'-uridylic acid × 2 CB3 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID × 2 NA SODIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；295 K；5.2 mg/ml protein, 17 mM KPO4, 3.3 mM dUMP, 3.3 mM CB3717, 3.3 mM DTT, against 1.44 M Na Citrate	分辨率 1.05 Å R-free 0.132

共 56 个其他 PDB 条目、63 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TYSY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jg0
沉积日期 deposition_date	2001-06-22
结构标题 title	Crystal structure of Escherichia coli thymidylate synthase complexed with 2'-deoxyuridine-5'-monophosphate and N,O-didansyl-L-tyrosine
关键词 keywords	thymidylate synthase, didansyl tyrosine, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.01 Å
零角强度 I(0) i0	63788100.00
分子量 molecular_weight	62336.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77753 Å³
包络体积 envelope_volume	88445 Å³
水化壳体积 shell_volume	30783 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.36 Å
包络 Rg envelope_rg	23.24 Å
形状 Rg shape_rg	23.01 Å
总 Rg total_rg	23.90 Å
总原子数 total_atoms	4394
残基数 n_residues	524
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9040
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16910000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	thymidylate synthase
分子量 formula_weight	30387.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4846

MKQYLELMQKVLDEGTQKNDATGTGTLSIFGHQMRFNLQDGFPLVTTKRCHLRSIIHELLWFLQGDTNIAYLHENNVTIWDEWADENGDLGPVYGKQWRAWPTPDGAHIDQITTVLNQLKNDPDSRRIIVSAWNVGELDKMALAPCHAFFQFYVADGKLSCQLYQRSCDVFLGLPFNIASYALLVHMMAQQCDLEVGDFVWTGGDTHLYSNHMDQTHLQLSREPRPLPKLIIKRKPESIFDYRFEDFEIEGYDPHPGIKAPVAI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	308.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N,O-DIDANSYL-L-TYROSINE
分子量 formula_weight	647.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	398

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jg0a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

结构域编号 domain_id	d1jg0b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.117 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
超家族 Superfamily superfamily	d.117.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase
家族 Family family	d.117.1.1 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jg0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

结构域编号 domain_id	1jg0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	572 — Thymidylate Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	53.797 Å
晶胞边长 b length_b	87.062 Å
晶胞边长 c length_c	127.461 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	27.420 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/jg/1jg0/1jg0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jg/1jg0/1jg0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jg/1jg0/1jg0.dat