1jjk

Selenomethionine Substitution of Orotidine-5'-monophosphate Decarboxylase from E. coli Causes a Change in Crystal Contacts and Space Group

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE ;

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
7	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致
8	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PYRF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 C； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 D； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 E； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 F； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 G； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 H； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 I； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 J； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 K； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 L； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 M； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 N； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 O； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245 作者链 P； PDB构建体 1–245； UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jjk
沉积日期 deposition_date	2001-07-06
结构标题 title	Selenomethionine Substitution of Orotidine-5'-monophosphate Decarboxylase from E. coli Causes a Change in Crystal Contacts and Space Group
关键词 keywords	alpha-beta-barrel, protein-inhibitor complex, homodimer, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jjk__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jjk__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jjk__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.43 Å
Rg（电子密度）	21.37 Å
总 Rg	22.14 Å
原子数	3542
残基数	446
排除体积	63298 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jjk__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1jjk__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1jjk__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1jjk__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1jjk__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1jjk__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1jjk__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1jjk__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d1jjka_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjke_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjki_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkj_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkk_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkl_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkm_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkn_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjko_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

结构域编号 domain_id	d1jjkp_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family family	c.1.2.3 — Decarboxylase

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1jjkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	1jjkP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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晶胞边长 a length_a	115.500 Å
晶胞边长 b length_b	149.000 Å
晶胞边长 c length_c	115.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.3435
R_work r_work	0.3441
R_free r_free	0.3440

描述 description	;OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE ;
分子量 formula_weight	26800.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	16

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P
原子数 atom_count	28336

Selenomethionine Substitution of Orotidine-5'-monophosphate Decarboxylase from E. coli Causes a Change in Crystal Contacts and Space Group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jjk__assembly_3__model_1

1jjk__assembly_3__model_1 | I(q)

1jjk__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (2)

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	6-HYDROXYURIDINE-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	340.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Selenomethionine Substitution of Orotidine-5'-monophosphate Decarboxylase from E. coli Causes a Change in Crystal Contacts and Space Group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jjk__assembly_3__model_1

1jjk__assembly_3__model_1 | I(q)

1jjk__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (2)