SAXSdb — 1jjo

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jjo
沉积日期 deposition_date	2001-07-09
结构标题 title	Crystal Structure of Mouse Neuroserpin (Cleaved form)
关键词 keywords	Serpin, Serine protease inhibitor, Neuronal serpin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.05 Å
零角强度 I(0) i0	81520300.00
分子量 molecular_weight	72088.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90491 Å³
包络体积 envelope_volume	108920 Å³
水化壳体积 shell_volume	32956 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.67 Å
包络 Rg envelope_rg	28.03 Å
形状 Rg shape_rg	28.08 Å
总 Rg total_rg	28.56 Å
总原子数 total_atoms	5074
残基数 n_residues	614
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.6 Å
Rg (实空间) rg_real	29.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1520e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81520000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8750
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.274
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29750000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.936; Smooth: 0.955

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	NEUROSERPIN
分子量 formula_weight	4416.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5074

TITEWSVNMYNHLRGTGEDENILFSPLSIALAMGMMELGA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	NEUROSERPIN
分子量 formula_weight	29630.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ENQYVMKLANSLFVQNGFHVNEEFLQMLKMYFNAEVNHVDFSQNVAVANSINKWVENYTNSLLKDLVSPEDFDGVTNLALINAVYFKGNWKSQFRPENTRTFSFTKDDESEVQIPMMYQQGEFYYGEFSDGSNEAGGIYQVLEIPYEGDEISMMLALSRQEVPLATLEPLLKAQLIEEWANSVKKQKVEVYLPRFTVEQEIDLKDILKALGVTEIFIKDANLTAMSDKKELFLSKAVHKSCIEVNEEGSEAAAASGMIAIS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	NEUROSERPIN
分子量 formula_weight	3969.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

YPQVIVDHPFLYLIRNRKSGIILFMGRVMNPHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jjo.1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

结构域编号 domain_id	d1jjo.2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.1 — Serpins
超家族 Superfamily superfamily	e.1.1 — Serpins
家族 Family family	e.1.1.1 — Serpins

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1jjoA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	580 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1jjoB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	580 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	1jjoC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	1jjoC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

结构域编号 domain_id	1jjoD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	1jjoD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.290 Å
晶胞边长 b length_b	108.690 Å
晶胞边长 c length_c	45.990 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.28 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.060 Å
最低分辨率 resolution_low	16.890 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.3080

fit	/app/data/saxs_computation/jj/1jjo/1jjo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jj/1jjo/1jjo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jj/1jjo/1jjo.dat

Crystal Structure of Mouse Neuroserpin (Cleaved form)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)