1jm4

NMR Structure of P/CAF Bromodomain in Complex with HIV-1 Tat Peptide

Method: SOLUTION NMR D_max: 62.7 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P300/CBP-associated Factor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 448–561	片段：Bromodomain	HIV-1 Tat Peptide × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM；压力 Ambient NMR样品组成：0.5 mM Bromodomain (U-15N)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.5 mM Bromodomain (U-13C,15N)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA \| 99.5% D2O NMR样品组成：0.5 mM Bromodomain (U-13C,15N, 75%-2H)/Tat Peptide; 100 mM Phosphate Buffer of pH 6.5, 5 mM Perdeuterated DTT and 0.5 mM EDTA \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JM4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CM0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE PCAF/COENZYME-A COMPLEX 提交 1999-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 491–658（168 aa）片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5MG/ML OF P/CAF WITH 2 M EXCESS COFACTOR, 100MM TRIS, 1.5 M LITHIUM SULFATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1CM0 CRYSTAL STRUCTURE OF THE PCAF/COENZYME-A COMPLEX 提交 1999-05-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 491–658（168 aa）片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN	未记录	COA COENZYME A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；5MG/ML OF P/CAF WITH 2 M EXCESS COFACTOR, 100MM TRIS, 1.5 M LITHIUM SULFATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1N72 Structure and Ligand of a Histone Acetyltransferase Bromodomain 提交 2002-11-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：Bromodomain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1 NMR样品组成 1mM Bromodomain, 100mM Sodium phosphate, 5mM DTT-d10, 0.5mM EDTA, pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1WUG complex structure of PCAF bromodomain with small chemical ligand NP1 提交 2004-12-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：BROMODOMAIN	未记录	NP1 N-(3-AMINOPROPYL)-4-METHYL-2-NITROBENZENAMINE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT \| 10% D2O	分辨率未提供
1WUM Complex structure of PCAF bromodomain with small chemical ligand NP2 提交 2004-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：BROMODOMAIN	未记录	NP2 N-(3-AMINOPROPYL)-2-NITROBENZENAMINE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT \| 10% D2O	分辨率未提供
1ZS5 Structure-based evaluation of selective and non-selective small molecules that block HIV-1 TAT and PCAF association 提交 2005-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 719–832（114 aa）片段：BROMODOMAIN	未记录	MIB (3E)-4-(1-METHYL-1H-INDOL-3-YL)BUT-3-EN-2-ONE × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303 K NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT, 10% D2O \| 10% D2O NMR样品组成 0.5mM sample in 100mM phosphate buffer containing 5mM perdeuterated DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2RNW The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the Human Transcriptional Co-Activators PCAf and CBP 提交 2008-02-03	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 719–832（114 aa）片段：UNP residues 719-832	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RNX The Structural Basis for Site-Specific Lysine-Acetylated Histone Recognition by the Bromodomains of the HUman Transcriptional Co-Activators PCAF and CBP 提交 2008-02-03	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 719–832（114 aa）片段：UNP residues 719-832	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] potassium phosphate, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3GG3 Crystal Structure of the Bromodomain of Human PCAF 提交 2009-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；20% PEG10K, 4% Ethylene Glycol, 0.1M HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.245
3GG3 Crystal Structure of the Bromodomain of Human PCAF 提交 2009-02-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；277 K；20% PEG10K, 4% Ethylene Glycol, 0.1M HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.245
4NSQ Crystal structure of PCAF 提交 2013-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658 链 D 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658	未记录	COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.4, 1.2M Ammonium Sulfate and 10mM Trimethylamine HCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.31 Å R-free 0.275
4NSQ Crystal structure of PCAF 提交 2013-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658 链 C 493–658（166 aa）片段：UNP Residues 493-658	未记录	COA COENZYME A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；298 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M HEPES pH7.4, 1.2M Ammonium Sulfate and 10mM Trimethylamine HCl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.31 Å R-free 0.275
5FDZ Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound BDOMB00091a (compound 14) 提交 2015-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831 链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	5X0 ~{N}-methyl-2-(oxan-4-yloxy)-5-(2-oxidanylidene-2-phenylazanyl-ethoxy)benzamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
5FE0 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with acetyllysine 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	ALY N(6)-ACETYLLYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
5FE0 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with acetyllysine 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	ALY N(6)-ACETYLLYSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
5FE1 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR004 (fragment 1) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	12Q 1-METHYLQUINOLIN-2(1H)-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.22 Å R-free 0.241
5FE1 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR004 (fragment 1) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	12Q 1-METHYLQUINOLIN-2(1H)-ONE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.22 Å R-free 0.241
5FE2 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR013 (fragment 3) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	5WV 2-methyl-3~{H}-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.25 Å R-free 0.237
5FE2 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment BR013 (fragment 3) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	5WV 2-methyl-3~{H}-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.25 Å R-free 0.237
5FE3 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB360 (fragment 4) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 5WX 4-methoxy-1,2-benzoxazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.237
5FE3 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB360 (fragment 4) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 5WX 4-methoxy-1,2-benzoxazol-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.237
5FE4 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB364 (fragment 5) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 5WY 2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.15 Å R-free 0.232
5FE4 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB364 (fragment 5) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 5WY 2,3-dihydro-1,4-benzodioxine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.15 Å R-free 0.232
5FE5 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB093 (fragment 7) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.251
5FE5 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment MB093 (fragment 7) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 2QC 1-[4-(1,2,3-thiadiazol-4-yl)phenyl]methanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.12 Å R-free 0.251
5FE6 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB1916 (fragment 10) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 5WZ (4-azanylpiperidin-1-yl)-cyclopropyl-methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 1.77 Å R-free 0.212
5FE6 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB1916 (fragment 10) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP Residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 1.77 Å R-free 0.212
5FE7 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB2216 (fragment 11) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 5WU 1-(2-hydroxyethyl)-3-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-indazol-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.08 Å R-free 0.213
5FE7 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with fragment ZB2216 (fragment 11) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.08 Å R-free 0.213
5FE8 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound SL1126 (compound 12) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	5WT ~{N}-(1,4-dimethyl-2-oxidanylidene-quinolin-7-yl)ethanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5FE8 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound SL1126 (compound 12) 提交 2015-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）片段：PCAF bromodomain, UNP residues 715-831	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
5FE9 Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound SL1122 (compound 13) 提交 2015-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831 链 B 715–831（117 aa）片段：UNP residues 715-831	未记录	5WS ~{N}-(1,4-dimethyl-2-oxidanylidene-quinolin-7-yl)methanesulfonamide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.35 Å R-free 0.258
5LVQ Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound-D (CPD-D), N-methyl-2-(tetrahydro-2H-pyran-4-yloxy)benzamide 提交 2016-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 2LX N-methyl-2-(tetrahydro-2H-pyran-4-yloxy)benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.05 Å R-free 0.218
5LVQ Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound-D (CPD-D), N-methyl-2-(tetrahydro-2H-pyran-4-yloxy)benzamide 提交 2016-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.05 Å R-free 0.218
5LVR Crystal structure of human PCAF bromodomain in complex with compound-E (CPD-E) 提交 2016-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 715–831（117 aa）链 B 715–831（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 78Y 5-methyl-2-phenyl-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；21-35% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5-7.0 or 21-40% medium-molecular-weight PEG smears (MMW PEG smears) buffered either with 0.1 M Bis-Tris pH 6.0-7.5 or 0.1 M Tris pH 7.5-8.8	分辨率 2.05 Å R-free 0.204
5MKX 1.68A STRUCTURE PCAF BROMODOMAIN WITH 4-chloro-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3(2H)-one 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）	未记录	82I 4-chloranyl-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；Morpheus condition 37	分辨率 1.68 Å R-free 0.206
5MKX 1.68A STRUCTURE PCAF BROMODOMAIN WITH 4-chloro-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3(2H)-one 提交 2016-12-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）	未记录	82I 4-chloranyl-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3-one × 1 BU1 1,4-BUTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；Morpheus condition 37	分辨率 1.68 Å R-free 0.206
6J3O Crystal structure of the human PCAF bromodomain in complex with compound 12 提交 2019-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–831（117 aa）	未记录	B4L 3-methyl-2-[[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]amino]-5~{H}-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM HEPES pH 8.2, 26% PEG10000 (v/v), 4% glycol	分辨率 2.11 Å R-free 0.257
6J3O Crystal structure of the human PCAF bromodomain in complex with compound 12 提交 2019-01-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 715–831（117 aa）	未记录	B4L 3-methyl-2-[[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]amino]-5~{H}-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM HEPES pH 8.2, 26% PEG10000 (v/v), 4% glycol	分辨率 2.11 Å R-free 0.257

共 24 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCAF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–118； UniProt 448–561

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jm4
沉积日期 deposition_date	2001-07-17
结构标题 title	NMR Structure of P/CAF Bromodomain in Complex with HIV-1 Tat Peptide
关键词 keywords	Bromodomain, Protein-peptide Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.52 Å
零角强度 I(0) i0	2026450000.00
分子量 molecular_weight	388030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	488050 Å³
包络体积 envelope_volume	54388 Å³
水化壳体积 shell_volume	22361 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.17 Å
包络 Rg envelope_rg	20.71 Å
形状 Rg shape_rg	15.48 Å
总 Rg total_rg	15.85 Å
总原子数 total_atoms	54700
残基数 n_residues	3200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.7 Å
Rg (实空间) rg_real	16.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2026000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6889
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.577
峰度 Kurtosis kurtosis	0.197
角度范围 angular_range	— – 0.4950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3774000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.441; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.631; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jm4b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d1jm4b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1jm4B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

▶

8. 引用文献 (2)

▶

描述 description	HIV-1 Tat Peptide
分子量 formula_weight	1484.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	54700

描述 description	P300/CBP-associated Factor
分子量 formula_weight	14052.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/jm/1jm4/1jm4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jm/1jm4/1jm4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jm/1jm4/1jm4.dat