SAXSdb — 1jpl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 1 （P11717） water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 2 （P11717） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 1 （P11717） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 1 （P11717） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 1 （P11717） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 4 （P11717） water × 8	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 4 （P11717） water × 8	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 4 （P11717） water × 8	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 4 （P11717） water × 8	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor × 2 （P11717） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GGA3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166 作者链 B； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166 作者链 C； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166 作者链 D； PDB构建体 6–171； UniProt 1–166

Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor

物种未注明

UniProt P11717

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 1 （Q9NZ52） water × 2	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 2 （Q9NZ52） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 1 （Q9NZ52） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 1 （Q9NZ52） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 1 （Q9NZ52） water × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 4 （Q9NZ52） water × 8	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 4 （Q9NZ52） water × 8	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 4 （Q9NZ52） water × 8	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 4 （Q9NZ52） water × 8	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3 × 2 （Q9NZ52） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPRI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491 作者链 F； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491 作者链 G； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491 作者链 H； PDB构建体 1–12； UniProt 2480–2491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jpl
沉积日期 deposition_date	2001-08-02
结构标题 title	GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor
关键词 keywords	Protein-peptide complex; VHS domain; DXXLL sorting signal, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jpl__assembly_6__model_1

Assembly 6 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jpl__assembly_6__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jpl__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.73 Å
Rg（电子密度）	33.74 Å
总 Rg	34.18 Å
原子数	5418
残基数	653
排除体积	97080 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jpl__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1jpl__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1jpl__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1jpl__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1jpl__assembly_5__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1jpl__assembly_6__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1jpl__assembly_7__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1jpl__assembly_8__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
9	1	`1jpl__assembly_9__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
10	1	`1jpl__assembly_10__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3
分子量 formula_weight	19716.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5655

GAMGSMAEAEGESLESWLNKATNPSNRQEDWEYIIGFCDQINKELEGPQIAVRLLAHKIQSPQEWEALQALTVLEACMKNCGRRFHNEVGKFRFLNELIKVVSPKYLGDRVSEKVKTKVIELLYSWTMALPEEAKIKDAYHMLKRQGIVQSDPPIPVDRTLIPSPPPRPKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor
分子量 formula_weight	1457.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

FHDDSDEDLLHI

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	237

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1jpla1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1jpla2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1jplb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1jplb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1jplc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1jplc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1jpld1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.9 — ENTH/VHS domain
家族 Family family	a.118.9.2 — VHS domain

结构域编号 domain_id	d1jpld2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1jplA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1jplB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1jplC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1jplD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

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晶胞边长 a length_a	108.300 Å
晶胞边长 b length_b	125.300 Å
晶胞边长 c length_c	64.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	35.080 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2570

GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jpl__assembly_6__model_1

1jpl__assembly_6__model_1 | I(q)

1jpl__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-RIBOSYLATION FACTOR BINDING PROTEIN GGA3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cation-Independent Mannose 6-phosphate receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jpl__assembly_6__model_1

1jpl__assembly_6__model_1 | I(q)

1jpl__assembly_6__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)