1jre

DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 0–166 链 B； UniProt 0–166 链 C； UniProt 0–166 链 D； UniProt 0–166 链 E； UniProt 0–166 链 F； UniProt 0–166 链 G； UniProt 0–166 链 H； UniProt 0–166 链 I； UniProt 0–166 链 J； UniProt 0–166 链 K； UniProt 0–166 链 L； UniProt 0–166	突变：D75C, D78A	CD CADMIUM ION × 13 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.65 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JRE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DPS THE CRYSTAL STRUCTURE OF DPS, A FERRITIN HOMOLOG THAT BINDS AND PROTECTS DNA 提交 1998-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–166（166 aa）链 B 1–166（166 aa）链 C 1–166（166 aa）链 D 1–166（166 aa）链 E 1–166（166 aa）链 F 1–166（166 aa）链 G 1–166（166 aa）链 H 1–166（166 aa）链 I 1–166（166 aa）链 J 1–166（166 aa）链 K 1–166（166 aa）链 L 1–166（166 aa）	突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C 突变：S164C	NA SODIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；1.55-1.7 M SODIUM FORMATE 13-16% PEG 8000 100 MM NACL 50 MM TRIS PH 8, pH 8.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
1F30 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.272
1F30 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.85 Å R-free 0.272
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1F33 THE STRUCTURAL BASIS FOR DNA PROTECTION BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2000-05-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.1；298 K；10mM MOPS, 100mM KCl, 10% glycerol + 100mM TrisHCL, 100mM KCl, 10% glycerol, 11% PEG 8000, and 5mM DTT , pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
1JTS DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1JTS DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2001-08-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 M 0–166（167 aa）链 N 0–166（167 aa）链 O 0–166（167 aa）链 P 0–166（167 aa）链 Q 0–166（167 aa）链 R 0–166（167 aa）链 S 0–166（167 aa）链 T 0–166（167 aa）链 U 0–166（167 aa）链 V 0–166（167 aa）链 W 0–166（167 aa）链 X 0–166（167 aa）	突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10% GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
1L8H DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN 提交 2002-03-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A 突变：D75C/D78A	K POTASSIUM ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10%GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.250
1L8I Dna Protection and Binding by E. Coli DPS Protein 提交 2002-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 0–166（167 aa）链 B 0–166（167 aa）链 C 0–166（167 aa）链 D 0–166（167 aa）链 E 0–166（167 aa）链 F 0–166（167 aa）链 G 0–166（167 aa）链 H 0–166（167 aa）链 I 0–166（167 aa）链 J 0–166（167 aa）链 K 0–166（167 aa）链 L 0–166（167 aa）	突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A 突变：D75C, D78A	K POTASSIUM ION × 12 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.1；298 K；10MM MOPS, 100MM KCL, 10%GLYCEROL + 100MM TRISHCL, 100MM KCL, 10% GLYCEROL, 11% PEG 8000, AND 5MM DTT, pH 8.10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.250
2W9R Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS 提交 2009-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–16（11 aa）片段：RESIDUES 10-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 1.70 Å R-free 0.254
3O2H E. coli ClpS in complex with a Leu N-end rule peptide 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 6–16（11 aa）片段：unp residues 6-16	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；300 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M TRIS, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
5XGO The Ferritin E-Domain: Toward Understanding Its Role in Protein Cage Assembly Through the Crystal Structure of a Maxi-/Mini-Ferritin Chimera 提交 2017-04-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–163（163 aa）链 B 1–163（163 aa）链 C 1–163（163 aa）链 D 1–163（163 aa）链 E 1–163（163 aa）链 F 1–163（163 aa）链 G 1–163（163 aa）链 H 1–163（163 aa）链 I 1–163（163 aa）链 J 1–163（163 aa）链 K 1–163（163 aa）链 L 1–163（163 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；292.15 K；0.2M lithium sulphate, 18% PEG 1000, pH 4.2	分辨率 1.99 Å R-free 0.207
6GCM Escherichia coli DPS 提交 2018-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 9–167（159 aa）链 B 14–167（154 aa）链 C 14–167（154 aa）链 D 12–167（156 aa）链 E 14–167（154 aa）链 F 14–167（154 aa）链 G 14–167（154 aa）链 H 14–167（154 aa）链 I 14–167（154 aa）链 J 14–167（154 aa）链 K 14–167（154 aa）链 L 14–167（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；291 K；PEG 8000	分辨率 2.45 Å R-free 0.258
6GCM Escherichia coli DPS 提交 2018-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 b 9–167（159 aa）链 c 14–167（154 aa）链 d 14–167（154 aa）链 e 12–167（156 aa）链 f 17–167（151 aa）链 g 14–167（154 aa）链 h 14–167（154 aa）链 i 14–167（154 aa）链 j 14–167（154 aa）链 k 14–167（154 aa）链 l 14–167（154 aa）链 m 14–167（154 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION, RECRYSTALLIZATION；291 K；PEG 8000	分辨率 2.45 Å R-free 0.258
7AQS Crystal structure of E. coli DPS in space group P1 提交 2020-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–167（167 aa）链 B 1–167（167 aa）链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）链 G 1–167（167 aa）链 H 1–167（167 aa）链 I 1–167（167 aa）链 J 1–167（167 aa）链 K 1–167（167 aa）链 L 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FE FE (III) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 6.73 % w/v PEG 5000 MME and 0.06 M KCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
7AQS Crystal structure of E. coli DPS in space group P1 提交 2020-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 M 1–167（167 aa）链 N 1–167（167 aa）链 O 1–167（167 aa）链 P 1–167（167 aa）链 Q 1–167（167 aa）链 R 1–167（167 aa）链 S 1–167（167 aa）链 T 1–167（167 aa）链 U 1–167（167 aa）链 V 1–167（167 aa）链 W 1–167（167 aa）链 X 1–167（167 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FE FE (III) ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 6.73 % w/v PEG 5000 MME and 0.06 M KCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.243
8OUC Escherichia coli DPS 提交 2023-04-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 AAA 1–167（167 aa）链 BBB 1–167（167 aa）链 CCC 1–167（167 aa）链 DDD 1–167（167 aa）链 EEE 1–167（167 aa）链 FFF 1–167（167 aa）链 GGG 1–167（167 aa）链 HHH 1–167（167 aa）链 III 1–167（167 aa）链 JJJ 1–167（167 aa）链 KKK 1–167（167 aa）链 LLL 1–167（167 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；290 K；TRIS-HCl	分辨率 1.37 Å R-free 0.206
8PV9 Structure of DPS determined by cryoEM at 100 keV 提交 2023-07-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 2–167（166 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9ZC2 Structure of E. Coli DNA protection during starvation protein (DPS) from single particle cryoEM 提交 2025-11-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 A 1–167（167 aa）链 B 1–167（167 aa）链 C 1–167（167 aa）链 D 1–167（167 aa）链 E 1–167（167 aa）链 F 1–167（167 aa）链 G 1–167（167 aa）链 H 1–167（167 aa）链 I 1–167（167 aa）链 J 1–167（167 aa）链 K 1–167（167 aa）链 L 1–167（167 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.30 Å

共 14 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	DPS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 B； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 C； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 D； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 E； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 F； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 G； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 H； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 I； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 J； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 K； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166 作者链 L； PDB构建体 1–167； UniProt 0–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jre
沉积日期 deposition_date	2001-08-13
结构标题 title	DNA PROTECTION AND BINDING BY E. COLI DPS PROTEIN
关键词 keywords	DODECAMER, METAL BOUND COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.31 Å
零角强度 I(0) i0	702093000.00
分子量 molecular_weight	212570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264970 Å³
包络体积 envelope_volume	334300 Å³
水化壳体积 shell_volume	74503 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.1 Å
壳层 Rg shell_rg	45.48 Å
包络 Rg envelope_rg	33.74 Å
形状 Rg shape_rg	35.33 Å
总 Rg total_rg	35.88 Å
总原子数 total_atoms	14866
残基数 n_residues	1871
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	702300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8962
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.636
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	1386000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.951

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA PROTECTION DURING STARVATION PROTEIN
分子量 formula_weight	18664.3 kDa
突变 mutation	D75C, D78A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	15083

MSTAKLVKSKATNLLYTRNDVSDSEKKATVELLNRQVIQFIDLSLITKQAHWNMRGANFIAVHEMLDGFRTALICHLATMAERAVQLGGVALGTTQVINSKTPLKSYPLDIHNVQDHLKELADRYAIVANDVRKAIGEAKDDDTADILTAASRDLDKFLWFIESNIE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CADMIUM ION
分子量 formula_weight	112.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	217

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1jrea_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jreb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jrec_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jred_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jree_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jref_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jreg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jreh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jrei_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jrej_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jrek_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

结构域编号 domain_id	d1jrel_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.1 — Ferritin

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1jreA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1jreL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1260 — Ferritin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ferritin, core subunit, four-helix bundle

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.585 Å
晶胞边长 b length_b	90.585 Å
晶胞边长 c length_c	226.507 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	45.920 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2640

fit	/app/data/saxs_computation/jr/1jre/1jre.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jr/1jre/1jre.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jr/1jre/1jre.dat