SAXSdb — 1jxg

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLASTOCYANIN A

Populus nigra

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 70–168	突变：I21C, E25C	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 70–168	突变：I21C, E25C	CU1 COPPER (I) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JXG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PLC ACCURACY AND PRECISION IN PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS: RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE CRYSTAL STRUCTURE OF POPLAR PLASTOCYANIN AT 1.33 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-03-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.33 Å
1PNC ACCURACY AND PRECISION IN PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS: TWO INDEPENDENT REFINEMENTS OF THE STRUCTURE OF POPLAR PLASTOCYANIN AT 173K 提交 1993-09-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1PND ACCURACY AND PRECISION IN PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS: TWO INDEPENDENT REFINEMENTS OF THE STRUCTURE OF POPLAR PLASTOCYANIN AT 173K 提交 1993-09-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1TKW The transient complex of poplar plastocyanin with turnip cytochrome f determined with paramagnetic NMR 提交 2004-06-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1 NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）11 mM；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in oxidized state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 \| 94% H2O, 6% D2O NMR样品组成 0.5 mM Cd-substituted poplar plastocyanin + 0.35 mM soluble fragment of turnip cytochrome f in reduced state in 10 mM sodium phosphate pH 6.0 + 1 mM sodium ascorbate \| 94% H2O, 6% D2O	分辨率未提供
2PCY THE CRYSTAL STRUCTURE OF POPLAR APOPLASTOCYANIN AT 1.8-ANGSTROMS RESOLUTION. THE GEOMETRY OF THE COPPER-BINDING SITE IS CREATED BY THE POLYPEPTIDE 提交 1983-11-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
3PCY THE CRYSTAL STRUCTURE OF MERCURY-SUBSTITUTED POPLAR PLASTOCYANIN AT 1.9-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1985-12-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
4DP7 The 1.08 Angstrom crystal structure of oxidized (CuII) poplar plastocyanin A at pH 4.0 提交 2012-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 70–168（99 aa）片段：UNP residues 70-168	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.08 Å R-free 0.142
4DP8 The 1.07 Angstrom crystal structure of reduced (CuI) poplar plastocyanin A at pH 4.0 提交 2012-02-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 70–168（99 aa）片段：UNP residues 70-168	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.07 Å R-free 0.165
4DP9 The 1.00 Angstrom crystal structure of oxidized (CuII) poplar plastocyanin A at pH 6.0 提交 2012-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 70–168（99 aa）片段：UNP residues 70-168	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.00 Å R-free 0.144
4DPA The 1.05 Angstrom crystal structure of reduced (CuI) poplar plastocyanin A at pH 6.0 提交 2012-02-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 70–168（99 aa）片段：UNP residues 70-168	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.05 Å R-free 0.155
4DPB The 1.00 Angstrom crystal structure of oxidized (CuII) poplar plastocyanin A at pH 8.0 提交 2012-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 70–168（99 aa）片段：UNP residues 70-168	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.00 Å R-free 0.136
4DPC The 1.06 Angstrom crystal structure of reduced (CuI) poplar plastocyanin A at pH 8.0 提交 2012-02-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 70–168（99 aa）片段：UNP residues 70-168	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；2.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium phosphate buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.06 Å R-free 0.155
4PCY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES 提交 1986-09-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.15 Å
5PCY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES 提交 1986-09-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
6PCY CRYSTAL STRUCTURE ANALYSES OF REDUCED (CUI) POPLAR PLASTOCYANIN AT SIX PH VALUES 提交 1986-09-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLAS1_POPNI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–100； UniProt 70–168 作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 70–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jxg
沉积日期 deposition_date	2001-09-07
结构标题 title	The 1.6 A Resolution Crystal Structure of a Mutant Poplar Plastocyanin Bearing a 21-25 Engeneered Disulfide Bridge
关键词 keywords	BETA BARREL, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.97 Å
零角强度 I(0) i0	8662320.00
分子量 molecular_weight	21369.0 kDa
排除体积 excluded_volume	26340 Å³
包络体积 envelope_volume	32259 Å³
水化壳体积 shell_volume	13889 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.24 Å
包络 Rg envelope_rg	19.67 Å
形状 Rg shape_rg	19.96 Å
总 Rg total_rg	20.72 Å
总原子数 total_atoms	1489
残基数 n_residues	200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6620e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7010e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8662000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9029
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.744
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1084000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.938; Smooth: 0.983

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PLASTOCYANIN A
分子量 formula_weight	10588.8 kDa
突变 mutation	I21C, E25C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1781

MIDVLLGADDGSLAFVPSEFSCSPGCKIVFKNNAGFPHNIVFDEDSIPSGVDASKISMSEEDLLNAKGETFEVALSNKGEYSFYCSPHQGAGMVGKVTVN

来源 Source

来源生物 organism	Populus nigra
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3691
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (I) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	276

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jxga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d1jxgb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jxgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1jxgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	47.381 Å
晶胞边长 b length_b	49.306 Å
晶胞边长 c length_c	76.576 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	41.000 Å
R 因子 r_factor	0.1478
R_work r_work	0.1446
R_free r_free	0.2053

fit	/app/data/saxs_computation/jx/1jxg/1jxg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jx/1jxg/1jxg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jx/1jxg/1jxg.dat

The 1.6 A Resolution Crystal Structure of a Mutant Poplar Plastocyanin Bearing a 21-25 Engeneered Disulfide Bridge

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PLASTOCYANIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction