1jxo

Crystal Structure of the SH3-HOOK-GK Fragment of PSD-95

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

postsynaptic density protein

Rattus norvegicus

UniProt P31016

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 430–724 片段:SH3-HOOK-GK 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.3;277 K;2-methyl-2,4-pentanediol, MES buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.264
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 430–724 片段:SH3-HOOK-GK 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.3;277 K;2-methyl-2,4-pentanediol, MES buffer, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.30 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 40 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DLG4_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 7–301; UniProt 430–724 作者链 B; PDB构建体 7–301; UniProt 430–724

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1jxo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1jxo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1jxo
沉积日期 deposition_date2001-09-07
结构标题 titleCrystal Structure of the SH3-HOOK-GK Fragment of PSD-95
关键词 keywordsMAGUK, postsynaptic density, SH3 domain, guanylate kinase domain, structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.20
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.22
零角强度 I(0) i052840200.00
分子量 molecular_weight56643.0 kDa
排除体积 excluded_volume70810 ų
包络体积 envelope_volume93695 ų
水化壳体积 shell_volume28989 ų
包络直径 envelope_diameter94.7
壳层 Rg shell_rg34.13
包络 Rg envelope_rg26.88
形状 Rg shape_rg27.23
总 Rg total_rg27.94
总原子数 total_atoms4015
残基数 n_residues525
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.9
Rg (实空间) rg_real28.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60
I(0) (实空间) i0_real5.2840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52840000.0000
解质量估计 total_estimate0.9016
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1
偏度 Skewness skewness0.290
峰度 Kurtosis kurtosis-0.337
角度范围 angular_range— – 0.2800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5428000.0000
实空间数据点数 n_real_points57
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.962

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1jxoa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain
结构域编号 domain_idd1jxoa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.1 — Nucleotide and nucleoside kinases
结构域编号 domain_idd1jxob1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain
结构域编号 domain_idd1jxob2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.1 — Nucleotide and nucleoside kinases

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1jxoA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id1jxoA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1jxoA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
结构域编号 domain_id1jxoB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id1jxoB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id1jxoB03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology63 — Guanylate Kinase phosphate binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Guanylate Kinase phosphate binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)