SAXSdb — 1jy2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBRINOGEN BETA CHAIN

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 61–116 链 R； UniProt 61–116	未记录	FIBRINOGEN ALPHA CHAIN × 2 FIBRINOGEN GAMMA-B CHAIN × 2 （P12799）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；295 K；PEG 3350, Calcium chloride, Tris, Dioxane, Sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JY2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DEQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION) 提交 1999-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 B 61–468（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 链 E 61–468（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；277 K；10 mM MES, 5mM sodium azide, 2mM calcium chloride , pH 6.2, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.370
1DEQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION) 提交 1999-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 O 61–468（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 链 R 61–468（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；277 K；10 mM MES, 5mM sodium azide, 2mM calcium chloride , pH 6.2, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.370
1JY3 Crystal Structure of the Central Region of Bovine Fibrinogen (E5 Fragment) at 1.4 Angstroms Resolution 提交 2001-09-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 O 61–116（56 aa）链 R 61–116（56 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；295 K；PEG 3350, Calcium chloride, Tris, Dioxane, Sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
3H32 Crystal structure of D-dimer from human fibrin complexed with Gly-His-Arg-Pro-Tyr-amide 提交 2009-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 M 22–26（5 aa）片段：UNP residues 22-26 链 N 22–26（5 aa）片段：UNP residues 22-26	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Equal volumes of (a) 5 mg/mL D-dimer, 0.5 mM GHRPYam, 0.3 mM GPRPam, 0.05 M Tris-HCl pH 8.0 and (b) 1% PEG 3350, 1 mM Iodoacetamide, 1 mM CaCl2, 2mM Sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.60 Å R-free 0.320

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–56； UniProt 61–116 作者链 R； PDB构建体 1–56； UniProt 61–116

FIBRINOGEN GAMMA-B CHAIN

物种未注明

UniProt P12799

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 25–72 链 S； UniProt 25–72	未记录	FIBRINOGEN ALPHA CHAIN × 2 FIBRINOGEN BETA CHAIN × 2 （P02676）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 8；295 K；PEG 3350, Calcium chloride, Tris, Dioxane, Sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.40 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JY2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DEQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION) 提交 1999-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 25–432（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 链 F 25–432（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；277 K；10 mM MES, 5mM sodium azide, 2mM calcium chloride , pH 6.2, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.370
1DEQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF MODIFIED BOVINE FIBRINOGEN (AT ~4 ANGSTROM RESOLUTION) 提交 1999-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 P 25–432（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT 链 S 25–432（408 aa）片段：PSEUDOMONAS AERUGINOSA PS-1-MODIFIED FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；277 K；10 mM MES, 5mM sodium azide, 2mM calcium chloride , pH 6.2, temperature 277K	分辨率 3.50 Å R-free 0.370
1JY3 Crystal Structure of the Central Region of Bovine Fibrinogen (E5 Fragment) at 1.4 Angstroms Resolution 提交 2001-09-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 P 25–72（48 aa）链 S 25–72（48 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；295 K；PEG 3350, Calcium chloride, Tris, Dioxane, Sodium azide, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.220

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FIBG_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–48； UniProt 25–72 作者链 S； PDB构建体 1–48； UniProt 25–72

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jy2
沉积日期 deposition_date	2001-09-10
结构标题 title	Crystal Structure of the Central Region of Bovine Fibrinogen (E5 fragment) at 1.4 Angstroms Resolution
关键词 keywords	fibrinogen, fragment E, disulfide bonds, asymmetry, coiled-coil, beta-sheet, BLOOD CLOTTING; BLOOD CLOTTING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.79 Å
零角强度 I(0) i0	19403400.00
分子量 molecular_weight	31475.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38575 Å³
包络体积 envelope_volume	47094 Å³
水化壳体积 shell_volume	18885 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.56 Å
包络 Rg envelope_rg	24.37 Å
形状 Rg shape_rg	23.87 Å
总 Rg total_rg	24.02 Å
总原子数 total_atoms	2196
残基数 n_residues	278
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.1 Å
Rg (实空间) rg_real	23.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7417
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.831
峰度 Kurtosis kurtosis	0.637
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4975000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.431; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.406; Smooth: 0.938

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FIBRINOGEN ALPHA CHAIN
分子量 formula_weight	6172.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,Q
原子数 atom_count	2514

SACKETGWPFCSDEDWNTKCPSGCRMKGLIDEVDQDFTSRINKLRDSLFNYQK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FIBRINOGEN BETA CHAIN
分子量 formula_weight	6253.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,R

KVERKPPDADGCLHADPDLGVLCPTGCKLQDTLVRQERPIRKSIEDLRNTVDSVSR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FIBRINOGEN GAMMA-B CHAIN
分子量 formula_weight	5476.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,S

YVATRDNCCILDERFGSYCPTTCGIADFLNNYQTSVDKDLRTLEGILY

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	318

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1jy2n_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1jy2o_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1jy2p_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1jy2q_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1jy2r_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

结构域编号 domain_id	d1jy2s_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.8 — Fibrinogen coiled-coil and central regions
家族 Family family	h.1.8.1 — Fibrinogen coiled-coil and central regions

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1jy2N00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1jy2O00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1jy2P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1jy2Q00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1jy2R00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1jy2S00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	49.376 Å
晶胞边长 b length_b	66.222 Å
晶胞边长 c length_c	50.658 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	100.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2160
R_free r_free	0.2360

fit	/app/data/saxs_computation/jy/1jy2/1jy2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jy/1jy2/1jy2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jy/1jy2/1jy2.dat

Crystal Structure of the Central Region of Bovine Fibrinogen (E5 fragment) at 1.4 Angstroms Resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FIBRINOGEN BETA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FIBRINOGEN GAMMA-B CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)