1k1e

Structure Of the cobalt-bound form of the deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase (YrbI) From Haemophilus Influenzae (HI1679)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase

Haemophilus influenzae Rd

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	COBALT (II) ION × 4 MERCURY (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	COBALT (II) ION × 4 MERCURY (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	COBALT (II) ION × 4 MERCURY (II) ION × 4 SULFATE ION × 6 GLYCEROL × 3 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	COBALT (II) ION × 8 MERCURY (II) ION × 8 SULFATE ION × 12 GLYCEROL × 6 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 water × 8	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	COBALT (II) ION × 8 MERCURY (II) ION × 8 SULFATE ION × 12 GLYCEROL × 3 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDOP_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 B； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 C； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 D； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 E； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 F； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 G； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 H； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 I； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 J； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 K； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180 作者链 L； PDB构建体 1–180； UniProt 1–180

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1k1e
沉积日期 deposition_date	2001-09-25
结构标题 title	Structure Of the cobalt-bound form of the deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase (YrbI) From Haemophilus Influenzae (HI1679)
关键词 keywords	HI1679, structural genomics, KDO 8-P phosphatase, Structure 2 Function Project, S2F, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1k1e__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1k1e__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1k1e__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.55 Å
Rg（电子密度）	30.61 Å
总 Rg	31.51 Å
原子数	10672
残基数	1394
排除体积	190830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1k1e__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1k1e__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1k1e__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1k1e__assembly_4__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1k1e__assembly_5__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase
分子量 formula_weight	19455.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	17393

MQQKLENIKFVITDVDGVLTDGQLHYDANGEAIKSFHVRDGLGIKMLMDADIQVAVLSGRDSPILRRRIADLGIKLFFLGKLEKETACFDLMKQAGVTAEQTAYIGDDSVDLPAFAACGTSFAVADAPIYVKNAVDHVLSTHGGKGAFREMSDMILQAQGKSSVFDTAQGFLKSVKSMGQ

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae Rd
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	71421
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1414

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1k1ea_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1eb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1ec_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1ed_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1ee_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1ef_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1eg_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1eh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1ei_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1ej_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1ek_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

结构域编号 domain_id	d1k1el_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamily	c.108.1 — HAD-like
家族 Family family	c.108.1.5 — Probable phosphatase YrbI

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1k1eA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	1k1eL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

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晶胞边长 a length_a	109.300 Å
晶胞边长 b length_b	109.100 Å
晶胞边长 c length_c	179.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.670 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2250

Structure Of the cobalt-bound form of the deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase (YrbI) From Haemophilus Influenzae (HI1679)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1k1e__assembly_4__model_1

1k1e__assembly_4__model_1 | I(q)

1k1e__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure Of the cobalt-bound form of the deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase (YrbI) From Haemophilus Influenzae (HI1679)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

deoxy-D-mannose-octulosonate 8-phosphate phosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1k1e__assembly_4__model_1

1k1e__assembly_4__model_1 | I(q)

1k1e__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)