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1k6e

COMPLEX OF HYDROLYTIC HALOALKANE DEHALOGENASE LINB FROM SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS UT26 WITH 1,2-PROPANEDIOL (PRODUCT OF DEHALOGENATION OF 1,2-DIBROMOPROPANE) AT 1.85A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HALOALKANE DEHALOGENASE

Sphingomonas paucimobilis

UniProt P51698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–296 未记录 BR BROMIDE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 1 1BP 1-BROMOPROPANE-2-OL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；289 K；PEG 4000,magnesium chloride, TRIS, pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K 分辨率 1.85 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1K6E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CV2 Hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 AT 1.6 A resolution 提交 1999-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；19% (W/V) PEG 6000, 100 MM TRIS-HCL, 200MM CA ACETATE, PH=8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 278K
分辨率 1.58 Å R-free 0.211
1D07 Hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 with 1,3-propanediol, a product of debromidation of dibrompropane, at 2.0A resolution 提交 1999-09-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 2 PDO 1,3-PROPANDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；19% (W/V) PEG 6000, 100 MM TRIS-HCL, 200MM CA ACETATE, PH=8.9 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. CRYSTAL WAS SOAKED 4 HOURS IN RESERVOIR LIQUOR WITH 25MM 1,3-DIBROMPROPANE AT 278K
分辨率 2.00 Å R-free 0.274
1G42 STRUCTURE OF 1,3,4,6-TETRACHLORO-1,4-CYCLOHEXADIENE HYDROLASE (LINB) FROM SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS COMPLEXED WITH 1,2-DICHLOROPROPANE 提交 2000-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ACT ACETATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 CP2 1,2-DICHLORO-PROPANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.9, 18-20%(w/v) PEG 6000, 0.2 M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.80 Å R-free 0.193
1G4H LINB COMPLEXED WITH BUTAN-1-OL 提交 2000-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
突变：R291(2MR) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 1BO 1-BUTANOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；298 K；18-20% PEG 6000, 0.2 M Calcium Acetate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.201
1G5F STRUCTURE OF LINB COMPLEXED WITH 1,2-DICHLOROETHANE 提交 2000-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 DCE 1,2-DICHLOROETHANE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；278 K；0.2 M Calcium Acetate, 18-20% PEG 6000, 0.1 M Tris Buffer pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 1.80 Å R-free 0.198
1IZ7 Re-refinement of the structure of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 AT 1.6 A resolution 提交 2002-09-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–296（295 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.58 Å R-free 0.178
1IZ8 Re-refinement of the structure of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis UT26 with 1,3-propanediol, a product of debromidation of dibrompropane, at 2.0A resolution 提交 2002-09-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–296（295 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 PDO 1,3-PROPANDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1K5P Hydrolytic haloalkane dehalogenase LINB from sphingomonas paucimobilis UT26 at 1.8A resolution 提交 2001-10-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–296（295 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 4000, TRIS, magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
1K63 Complex of hydrolytic haloalkane dehalogenase linb from sphingomonas paucimobilis with UT26 2-BROMO-2-PROPENE-1-OL at 1.8A resolution 提交 2001-10-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–296（295 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 BRP 2-BROMO-2-PROPENE-1-OL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；298 K；PEG 4000, magnesium chloride, TRIS , pH 8.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.80 Å R-free 0.200
1MJ5 LINB (haloalkane dehalogenase) from sphingomonas paucimobilis UT26 at atomic resolution 提交 2002-08-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, 20% (w/v) PEG 4,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 0.95 Å R-free 0.141
2BFN The crystal structure of the complex of the haloalkane dehalogenase LinB with the product of dehalogenation reaction 1,2-dichloropropane. 提交 2004-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–296（296 aa）
未记录 D2P (2S)-2,3-DICHLOROPROPAN-1-OL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.60 Å R-free 0.171
4WDQ Crystal structure of haloalkane dehalogenase LinB32 mutant (L177W) from Sphingobium japonicum UT26 提交 2014-09-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：MONOMERIC
链 A 2–296（295 aa）
突变：L177W MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.1M MES; 0.2M MgCl2; 25% PEG3350
分辨率 1.58 Å R-free 0.206

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LINB_PSEPA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 2–296

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1k6e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1k6e
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1k6e
沉积日期 deposition_date2001-10-16
结构标题 titleCOMPLEX OF HYDROLYTIC HALOALKANE DEHALOGENASE LINB FROM SPHINGOMONAS PAUCIMOBILIS UT26 WITH 1,2-PROPANEDIOL (PRODUCT OF DEHALOGENATION OF 1,2-DIBROMOPROPANE) AT 1.85A
关键词 keywordsDEHALOGENASE, LINDANE, BIODEGRADATION, ALPHA/BETA-HYDROLASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.46 Å
零角强度 I(0) i019381800.00
分子量 molecular_weight33259.0 kDa
排除体积 excluded_volume41358 ų
包络体积 envelope_volume44628 ų
水化壳体积 shell_volume20546 ų
包络直径 envelope_diameter61.0 Å
壳层 Rg shell_rg24.61 Å
包络 Rg envelope_rg17.68 Å
形状 Rg shape_rg17.44 Å
总 Rg total_rg18.43 Å
总原子数 total_atoms2337
残基数 n_residues295
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19380000.0000
解质量估计 total_estimate0.8762
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary58.9 Å
偏度 Skewness skewness0.039
峰度 Kurtosis kurtosis-0.468
角度范围 angular_range— – 0.4250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8787000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.802; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1k6ea_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1k6eA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)