1k82

Crystal structure of E.coli formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg) covalently trapped with DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

formamidopyrimidine-DNA glycosylase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPGPCPTPTPCPCPTPCPCPTPGPG)-3' × 1 5'-D(CPCPAPGPGPAP(PED)PGPAPAPGPCPC)-3' × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPGPCPTPTPCPCPTPCPCPTPGPG)-3' × 1 5'-D(CPCPAPGPGPAP(PED)PGPAPAPGPCPC)-3' × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPGPCPTPTPCPCPTPCPCPTPGPG)-3' × 1 5'-D(CPCPAPGPGPAP(PED)PGPAPAPGPCPC)-3' × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致
4	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	5'-D(GPGPCPTPTPCPCPTPCPCPTPGPG)-3' × 1 5'-D(CPCPAPGPGPAP(PED)PGPAPAPGPCPC)-3' × 1 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FPG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–268； UniProt 2–269 作者链 B； PDB构建体 1–268； UniProt 2–269 作者链 C； PDB构建体 1–268； UniProt 2–269 作者链 D； PDB构建体 1–268； UniProt 2–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1k82
沉积日期 deposition_date	2001-10-22
结构标题 title	Crystal structure of E.coli formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg) covalently trapped with DNA
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, DNA REPAIR, BETA SANDWICH, ZINC FINGER, HELIX TWO-TURNS HELIX, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1k82__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1k82__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1k82__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.01 Å
Rg（电子密度）	20.13 Å
总 Rg	20.98 Å
原子数	2559
残基数	285
排除体积	44092 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1k82__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1k82__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1k82__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1k82__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPGPCPTPTPCPCPTPCPCPTPGP*G)-3'
分子量 formula_weight	3934.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,G,H
原子数 atom_count	10716

GGCTTCCTCCTGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPCPAPGPGPAP(PED)PGPAPAPGPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	3863.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J,K,L

CCAGGAXGAAGCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	formamidopyrimidine-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	30203.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

PELPEVETSRRGIEPHLVGATILHAVVRNGRLRWPVSEEIYRLSDQPVLSVQRRAKYLLLELPEGWIIIHLGMSGSLRILPEELPPEKHDHVDLVMSNGKVLRYTDPRRFGAWLWTKELEGHNVLTHLGPEPLSDDFNGEYLHQKCAKKKTAIKPWLMDNKLVVGVGNIYASESLFAAGIHPDRLASSLSLAECELLARVIKAVLLRSIEQGGTTLKDFLQSDGKPGYFAQELQVYGRKGEPCRVCGTPIVATKHAQRATFYCRQCQK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	499

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1k82a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.156 — S13-like H2TH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.156.1 — S13-like H2TH domain
家族 Family family	a.156.1.2 — Middle domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.113 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
超家族 Superfamily superfamily	b.113.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
家族 Family family	b.113.1.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82a3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.8 — C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.156 — S13-like H2TH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.156.1 — S13-like H2TH domain
家族 Family family	a.156.1.2 — Middle domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.113 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
超家族 Superfamily superfamily	b.113.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
家族 Family family	b.113.1.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82b3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.8 — C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82c1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.156 — S13-like H2TH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.156.1 — S13-like H2TH domain
家族 Family family	a.156.1.2 — Middle domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.113 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
超家族 Superfamily superfamily	b.113.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
家族 Family family	b.113.1.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82c3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.8 — C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.156 — S13-like H2TH domain
超家族 Superfamily superfamily	a.156.1 — S13-like H2TH domain
家族 Family family	a.156.1.2 — Middle domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.113 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
超家族 Superfamily superfamily	b.113.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
家族 Family family	b.113.1.1 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins

结构域编号 domain_id	d1k82d3
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.8 — C-terminal, Zn-finger domain of MutM-like DNA repair proteins

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1k82A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	190 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MutM-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	1k82A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1k82B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	190 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MutM-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	1k82B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1k82C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	190 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MutM-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	1k82C02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	1k82D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	190 — N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MutM-like, N-terminal

结构域编号 domain_id	1k82D02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	80.704 Å
晶胞边长 b length_b	96.033 Å
晶胞边长 c length_c	96.228 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	34.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2650

Crystal structure of E.coli formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg) covalently trapped with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

formamidopyrimidine-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1k82__assembly_3__model_1

1k82__assembly_3__model_1 | I(q)

1k82__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of E.coli formamidopyrimidine-DNA glycosylase (Fpg) covalently trapped with DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

formamidopyrimidine-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1k82__assembly_3__model_1

1k82__assembly_3__model_1 | I(q)

1k82__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)