SAXSdb — 1kc6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII

Haemophilus influenzae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(PCPCPGPGPTPCPGPAPCPCPGPG)-3' × 2 SODIUM ION × 2 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	5'-D(PCPCPGPGPTPCPGPAPCPCPGPG)-3' × 2 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2C2_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 B； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 C； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257 作者链 D； PDB构建体 1–257； UniProt 1–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kc6
沉积日期 deposition_date	2001-11-07
结构标题 title	HincII Bound to Cognate DNA
关键词 keywords	restriction endonuclease, blunt cutting, protein-dna, indirect readout, dna bending, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kc6__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kc6__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kc6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.84 Å
Rg（电子密度）	23.65 Å
总 Rg	24.40 Å
原子数	4141
残基数	493
排除体积	72426 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kc6__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1kc6__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(PCPCPGPGPTPCPGPAPCPCPGPG)-3'
分子量 formula_weight	3664.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,G,H
原子数 atom_count	9131

CCGGTCGACCGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII
分子量 formula_weight	29820.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

SFIKPIYQDINSILIGQKVKRPKSGTLSGHAAGEPFEKLVYKFLKENLSDLTFKQYEYLNDLFMKNPAIIGHEARYKLFNSPTLLFLLSRGKAATENWSIENLFEEKQNDTADILLVKDQFYELLDVKTRNISKSAQAPNIISAYKLAQTCAKMIDNKEFDLFDINYLEVDWELNGEDLVCVSTSFAELFKSEPSELYINWAAAMQIQFHVRDLDQGFNGTREEWAKSYLKHFVTQAEQRAISMIDKFVKPFKKYIL

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	519

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1kc6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.19 — Restriction endonuclease HincII

结构域编号 domain_id	d1kc6b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.19 — Restriction endonuclease HincII

结构域编号 domain_id	d1kc6c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.19 — Restriction endonuclease HincII

结构域编号 domain_id	d1kc6d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.19 — Restriction endonuclease HincII

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1kc6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

结构域编号 domain_id	1kc6B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

结构域编号 domain_id	1kc6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

结构域编号 domain_id	1kc6D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

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晶胞边长 a length_a	67.120 Å
晶胞边长 b length_b	177.670 Å
晶胞边长 c length_c	256.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2850

HincII Bound to Cognate DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kc6__assembly_2__model_1

1kc6__assembly_2__model_1 | I(q)

1kc6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

HincII Bound to Cognate DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TYPE II RESTRICTION ENZYME HINCII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kc6__assembly_2__model_1

1kc6__assembly_2__model_1 | I(q)

1kc6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)