1kca

Crystal Structure of the lambda Repressor C-terminal Domain Octamer

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPRESSOR PROTEIN CI

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 16	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPC1_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236 作者链 B； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236 作者链 C； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236 作者链 D； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236 作者链 E； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236 作者链 F； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236 作者链 G； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236 作者链 H； PDB构建体 9–109； UniProt 136–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kca
沉积日期 deposition_date	2001-11-07
结构标题 title	Crystal Structure of the lambda Repressor C-terminal Domain Octamer
关键词 keywords	gene regulation, dna-binding, lambda repressor, protein oligomerization, dna-looping; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kca__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kca__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kca__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.33 Å
Rg（电子密度）	38.57 Å
总 Rg	38.94 Å
原子数	12320
残基数	1616
排除体积	219110 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kca__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1kca__assembly_2__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1kcaa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

结构域编号 domain_id	d1kcab_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

结构域编号 domain_id	d1kcac_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

结构域编号 domain_id	d1kcad_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

结构域编号 domain_id	d1kcae_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

结构域编号 domain_id	d1kcaf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

结构域编号 domain_id	d1kcag_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

结构域编号 domain_id	d1kcah_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.87 — LexA/Signal peptidase
超家族 Superfamily superfamily	b.87.1 — LexA/Signal peptidase
家族 Family family	b.87.1.1 — LexA-related

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1kcaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1kcaB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1kcaC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1kcaD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1kcaE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1kcaF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1kcaG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

结构域编号 domain_id	1kcaH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	109 — Umud Fragment, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Umud Fragment, subunit A

▶

晶胞边长 a length_a	150.090 Å
晶胞边长 b length_b	113.720 Å
晶胞边长 c length_c	95.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.910 Å
最低分辨率 resolution_low	23.530 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2270
R_free r_free	0.2670

描述 description	REPRESSOR PROTEIN CI
分子量 formula_weight	11849.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	6160

Crystal Structure of the lambda Repressor C-terminal Domain Octamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPRESSOR PROTEIN CI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kca__assembly_2__model_1

1kca__assembly_2__model_1 | I(q)

1kca__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Crystal Structure of the lambda Repressor C-terminal Domain Octamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPRESSOR PROTEIN CI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kca__assembly_2__model_1

1kca__assembly_2__model_1 | I(q)

1kca__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)