1kf6

E. coli Quinol-Fumarate Reductase with Bound Inhibitor HQNO

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 1 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q0） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 1 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q0） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 2 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 2 （P0A8Q0） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 2 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 2 OXALOACETATE ION × 2 ACETATE ION × 3 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 2 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–602； UniProt 0–601 作者链 M； PDB构建体 1–602； UniProt 0–601

FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN

Escherichia coli

UniProt P0AC47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 1 （P00363） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q0） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 1 （P00363） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q0） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 2 （P00363） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 2 （P0A8Q0） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 2 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 2 OXALOACETATE ION × 2 ACETATE ION × 3 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 2 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243 作者链 N； PDB构建体 1–243； UniProt 1–243

FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN

Escherichia coli

UniProt P0A8Q0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 1 （P00363） FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 1 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 1 （P00363） FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 1 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 2 （P00363） FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 2 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 2 （P0A8Q3） POTASSIUM ION × 2 OXALOACETATE ION × 2 ACETATE ION × 3 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 2 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 2–131 作者链 O； PDB构建体 1–130； UniProt 2–131

FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN

Escherichia coli

UniProt P0A8Q3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 1 （P00363） FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 1 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q0） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 1 （P00363） FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 1 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 1 （P0A8Q0） POTASSIUM ION × 1 OXALOACETATE ION × 1 ACETATE ION × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 FE3-S4 CLUSTER × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 1 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN × 2 （P00363） FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN × 2 （P0AC47） FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN × 2 （P0A8Q0） POTASSIUM ION × 2 OXALOACETATE ION × 2 ACETATE ION × 3 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 2 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE × 2 O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL × 5 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FRDD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119 作者链 P； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kf6
沉积日期 deposition_date	2001-11-19
结构标题 title	E. coli Quinol-Fumarate Reductase with Bound Inhibitor HQNO
关键词 keywords	respiration, fumarate reductace, succinate dehydrogenase, complex II, quinol, quinone, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kf6__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kf6__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kf6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.45 Å
Rg（电子密度）	33.23 Å
总 Rg	33.40 Å
原子数	8610
残基数	1069
排除体积	154680 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kf6__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1kf6__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1kf6__assembly_3__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN
分子量 formula_weight	66057.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	17071

MQTFQADLAIVGAGGAGLRAAIAAAQANPNAKIALISKVYPMRSHTVAAEGGSAAVAQDHDSFEYHFHDTVAGGDWLCEQDVVDYFVHHCPTEMTQLELWGCPWSRRPDGSVNVRRFGGMKIERTWFAADKTGFHMLHTLFQTSLQFPQIQRFDEHFVLDILVDDGHVRGLVAMNMMEGTLVQIRANAVVMATGGAGRVYRYNTNGGIVTGDGMGMALSHGVPLRDMEFVQYHPTGLPGSGILMTEGCRGEGGILVNKNGYRYLQDYGMGPETPLGEPKNKYMELGPRDKVSQAFWHEWRKGNTISTPRGDVVYLDLRHLGEKKLHERLPFICELAKAYVGVDPVKEPIPVRPTAHYTMGGIETDQNCETRIKGLFAVGECSSVGLHGANRLGSNSLAELVVFGRLAGEQATERAATAGNGNEAAIEAQAAGVEQRLKDLVNQDGGENWAKIRDEMGLAMEEGCGIYRTPELMQKTIDKLAELQERFKRVRITDTSSVFNTDLLYTIELGHGLNVAECMAHSAMARKESRGAHQRLDEGCTERDDVNFLKHTLAFRDADGTTRLEYSDVKITTLPPAKRVYGGEADAADKAEAANKKEKANG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN
分子量 formula_weight	27021.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N

AEMKNLKIEVVRYNPEVDTAPHSAFYEVPYDATTSLLDALGYIKDNLAPDLSYRWSCRMAICGSCGMMVNNVPKLACKTFLRDYTDGMKVEALANFPIERDLVVDMTHFIESLEAIKPYIIGNSRTADQGTNIQTPAQMAKYHQFSGCINCGLCYAACPQFGLNPEFIGPAAITLAHRYNEDSRDHGKKERMAQLNSQNGVWSCTFVGYCSEVCPKHVDPAAAIQQGKVESSKDFLIATLKPR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN
分子量 formula_weight	14898.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

TTKRKPYVRPMTSTWWKKLPFYRFYMLREGTAVPAVWFSIELIFGLFALKNGPEAWAGFVDFLQNPVIVIINLITLAAALLHTKTWFELAPKAANIIVKDEKMGPEPIIKSLWAVTVVATIVILFVALYW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN
分子量 formula_weight	13118.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,P

MINPNPKRSDEPVFWGLFGAGGMWSAIIAPVMILLVGILLPLGLFPGDALSYERVLAFAQSFIGRVFLFLMIVLPLWCGLHRMHHAMHDLKIHVPAGKWVFYGLAAILTVVTLIGVVTI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	OXALOACETATE ION
分子量 formula_weight	131.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	2-HEPTYL-4-HYDROXY QUINOLINE N-OXIDE
分子量 formula_weight	259.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	O-DODECANYL OCTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	538.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d1kf6a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.3 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain
家族 Family family	a.7.3.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kf6a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kf6a3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.168 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.168.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
家族 Family family	d.168.1.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1kf6b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kf6b2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1kf6c_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d1kf6d_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d1kf6m1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.7 — Spectrin repeat-like
超家族 Superfamily superfamily	a.7.3 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain
家族 Family family	a.7.3.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kf6m2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family family	c.3.1.4 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kf6m3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.168 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.168.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain
家族 Family family	d.168.1.1 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1kf6n1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.2 — alpha-helical ferredoxin
家族 Family family	a.1.2.1 — Fumarate reductase/Succinate dehydogenase iron-sulfur protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kf6n2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family family	d.15.4.2 — 2Fe-2S ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1kf6o_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

结构域编号 domain_id	d1kf6p_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.2 — Fumarate reductase respiratory complex transmembrane subunits
家族 Family family	f.21.2.2 — Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunits (SdhC/FrdC and SdhD/FrdD)

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	1kf6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1kf6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1kf6A03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1kf6A04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — succinate dehydrogenase protein domain

结构域编号 domain_id	1kf6B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	1kf6B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-helical ferredoxin

结构域编号 domain_id	1kf6C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	1kf6D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	1kf6M01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	1kf6M02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	700 — Flavocytochrome C3; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain

结构域编号 domain_id	1kf6M03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	1kf6M04
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — succinate dehydrogenase protein domain

结构域编号 domain_id	1kf6N01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

结构域编号 domain_id	1kf6N02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1060 — Fumarate Reductase Iron-sulfur Protein; Chain B, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-helical ferredoxin

结构域编号 domain_id	1kf6O00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

结构域编号 domain_id	1kf6P00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1300 — 3 helical TM bundles of succinate and fumarate reductases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit

▶

晶胞边长 a length_a	96.505 Å
晶胞边长 b length_b	137.836 Å
晶胞边长 c length_c	273.451 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2800

E. coli Quinol-Fumarate Reductase with Bound Inhibitor HQNO

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FUMARATE REDUCTASE FLAVOPROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FUMARATE REDUCTASE IRON-SULFUR PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FUMARATE REDUCTASE 15 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FUMARATE REDUCTASE 13 KDA HYDROPHOBIC PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kf6__assembly_2__model_1

1kf6__assembly_2__model_1 | I(q)

1kf6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (2)