SAXSdb — 1khb

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1khb
沉积日期 deposition_date	2001-11-29
结构标题 title	PEPCK complex with nonhydrolyzable GTP analog, native data
关键词 keywords	Gluconeogenesis, P-loop, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.13 Å
零角强度 I(0) i0	75834300.00
分子量 molecular_weight	67993.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84943 Å³
包络体积 envelope_volume	98512 Å³
水化壳体积 shell_volume	32643 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.3 Å
壳层 Rg shell_rg	32.62 Å
包络 Rg envelope_rg	24.49 Å
形状 Rg shape_rg	24.13 Å
总 Rg total_rg	24.98 Å
总原子数 total_atoms	4767
残基数 n_residues	603
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8920
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.386
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Phosphoenolpyruvate carboxykinase, cytosolic (GTP)
分子量 formula_weight	69529.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.32
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4999

GELMPPQLQNGLNLSAKVVQGSLDSLPQAVREFLENNAELCQPDHIHICDGSEEENGRLLGQMEEEGILRRLKKYDNCWLALTDPRDVARIESKTVIVTQEQRDTVPIPKTGLSQLGRWMSEEDFEKAFNARFPGCMKGRTMYVIPFSMGPLGSPLSKIGIELTDSPYVVASMRIMTRMGTPVLEALGDGEFVKCLHSVGCPLPLQKPLVNNWPCNPELTLIAHLPDRREIISFGSGYGGNSLLGKKCFALRMASRLAKEEGWLAEHMLVLGITNPEGEKKYLAAAFPSACGKTNLAMMNPSLPGWKVECVGDDIAWMKFDAQGHLRAINPENGFFGVAPGTSVKTNPNAIKTIQKNTIFTNVAETSDGGVYWEGIDEPLASGVTITSWKNKEWSSEDGEPCAHPNSRFCTPASQCPIIDAAWESPEGVPIEGIIFGGRRPAGVPLVYEALSWQHGVFVGAAMRSEATAAAEHKGKIIMHDPFAMRPFFGYNFGKYLAHWLSMAQHPAAKLPKIFHVNWFRKDKEGKFLWPGFGENSRVLEWMFNRIDGKASTKLTPIGYIPKEDALNLKGLGHINMMELFSISKEFWDKEVEDIEKYLVDQVNADLPCEIEREILALKQRISQM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	232

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1khba1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.91 — PEP carboxykinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.91.1 — PEP carboxykinase-like
家族 Family family	c.91.1.1 — PEP carboxykinase C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1khba2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.109 — PEP carboxykinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.109.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain
家族 Family family	c.109.1.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1khbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	449 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1

结构域编号 domain_id	1khbA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	8 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2

结构域编号 domain_id	1khbA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.400 Å
晶胞边长 b length_b	60.580 Å
晶胞边长 c length_c	62.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	88.40 °
晶胞夹角 β angle_beta	70.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	72.63 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.854 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1819
R_free r_free	0.2247

fit	/app/data/saxs_computation/kh/1khb/1khb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/1khb/1khb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/1khb/1khb.dat

PEPCK complex with nonhydrolyzable GTP analog, native data

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution