SAXSdb — 1khm

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HNRNP K)

Homo sapiens

UniProt P61978

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 375–463	片段：C-TERMINAL KH DOMAIN, RESIDUES 379-463 OF FULL LENGTH HNRNP K 突变：G26R	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）5 mM；压力 1	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KHM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1J5K COMPLEX OF THE KH3 DOMAIN OF HNRNP K WITH A SINGLE_STRANDED 10MER DNA OLIGONUCLEOTIDE 提交 2002-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 379–463（85 aa）片段：KH3 domain, RESIDUES 379-463, NUMBERED 5-89	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
1ZZI Crystal Structure Analysis of the third KH domain of hnRNP K in complex with ssDNA 提交 2005-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 385–463（79 aa）片段：KH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 4000, TRIS HCl, MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1ZZI Crystal Structure Analysis of the third KH domain of hnRNP K in complex with ssDNA 提交 2005-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 385–463（79 aa）片段：KH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 4000, TRIS HCl, MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1ZZJ Structure of the third KH domain of hnRNP K in complex with 15-mer ssDNA 提交 2005-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 385–463（79 aa）片段：KH3 domain 链 B 385–463（79 aa）片段：KH3 domain 链 C 385–463（79 aa）片段：KH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, SODIUM ACETATE, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.30 Å R-free 0.283
1ZZK Crystal Structure of the third KH domain of hnRNP K at 0.95A resolution 提交 2005-06-14	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 385–463（79 aa）片段：KH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；ammonium sulphate, PEG 400, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 0.95 Å R-free 0.127
7CRU hnRNPK NLS in complex with Importin alpha 1 (KPNA2) 提交 2020-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–38（21 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% w/v PEG 10000	分辨率 2.80 Å R-free 0.240
7CRU hnRNPK NLS in complex with Importin alpha 1 (KPNA2) 提交 2020-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 18–38（21 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% w/v PEG 10000	分辨率 2.80 Å R-free 0.240
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 57–66（10 aa）片段：UNP residues 57-66	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 57–66（10 aa）片段：UNP residues 57-66	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate	分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJO Crystal structure of human Bromodomain containing protein 4 (BRD4) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 57–66（10 aa）片段：UNP residues 57-66	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris	分辨率 1.38 Å R-free 0.198

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ROK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–89； UniProt 375–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1khm
沉积日期 deposition_date	1999-01-07
结构标题 title	C-TERMINAL KH DOMAIN OF HNRNP K (KH3)
关键词 keywords	HNRNP K, KH DOMAIN, THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE, C-MYC, DIPOLAR COUPLING, DNA-BINDING, RNA-BINDING, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.37 Å
零角强度 I(0) i0	539875000.00
分子量 molecular_weight	193780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	242130 Å³
包络体积 envelope_volume	35188 Å³
水化壳体积 shell_volume	15407 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.0 Å
壳层 Rg shell_rg	26.01 Å
包络 Rg envelope_rg	22.10 Å
形状 Rg shape_rg	15.42 Å
总 Rg total_rg	15.47 Å
总原子数 total_atoms	27500
残基数 n_residues	1780
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	539900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7198
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.735
峰度 Kurtosis kurtosis	0.502
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	133400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.325; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.412; Smooth: 0.967

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1khma_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1khmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	PROTEIN (HNRNP K)
分子量 formula_weight	9698.9 kDa
突变 mutation	G26R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	27500

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

C-TERMINAL KH DOMAIN OF HNRNP K (KH3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (HNRNP K)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/kh/1khm/1khm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/1khm/1khm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/1khm/1khm.dat