SAXSdb — 1zzj

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zzj
沉积日期 deposition_date	2005-06-14
结构标题 title	Structure of the third KH domain of hnRNP K in complex with 15-mer ssDNA
关键词 keywords	PROTEIN-DNA COMPLEX, STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.39 Å
零角强度 I(0) i0	13266700.00
分子量 molecular_weight	25433.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31111 Å³
包络体积 envelope_volume	40452 Å³
水化壳体积 shell_volume	16377 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.3 Å
壳层 Rg shell_rg	26.99 Å
包络 Rg envelope_rg	22.60 Å
形状 Rg shape_rg	22.41 Å
总 Rg total_rg	22.96 Å
总原子数 total_atoms	1775
残基数 n_residues	230
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6158
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.535
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.148
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2037000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.686; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.130; Positv: 1.000; Valcen: 0.659; Smooth: 0.893

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPTPCPCPCPCPTPCPCPCPCPAPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	4406.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	1855

TTCCCCTCCCCATTT

Entity 2 polymer

描述 description	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K
分子量 formula_weight	8910.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

GAMGPIITTQVTIPKDLAGSIIGKGGQRIKQIRHESGASIKIDEPLEGSEDRIITITGTQDQIQNAQYLLQNSVKQYSGKFF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	80

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1zzja2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1zzja3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1zzjb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1zzjb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1zzjc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamily	d.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family family	d.51.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1zzjc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1zzjA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	1zzjB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	1zzjC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.008 Å
晶胞边长 b length_b	54.008 Å
晶胞边长 c length_c	149.656 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2132
R_work r_work	0.2097
R_free r_free	0.2828

fit	/app/data/saxs_computation/zz/1zzj/1zzj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zz/1zzj/1zzj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zz/1zzj/1zzj.dat

Structure of the third KH domain of hnRNP K in complex with 15-mer ssDNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)