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1zzj

Structure of the third KH domain of hnRNP K in complex with 15-mer ssDNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K

Homo sapiens

UniProt P61978

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 3 DNA 1 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 385–463 链 B； UniProt 385–463 链 C； UniProt 385–463 片段：KH3 domain 5'-D(*TP*TP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*T)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, SODIUM ACETATE, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 2.30 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ZZJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J5K COMPLEX OF THE KH3 DOMAIN OF HNRNP K WITH A SINGLE_STRANDED 10MER DNA OLIGONUCLEOTIDE 提交 2002-05-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 379–463（85 aa） 片段：KH3 domain, RESIDUES 379-463, NUMBERED 5-89
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
1KHM C-TERMINAL KH DOMAIN OF HNRNP K (KH3) 提交 1999-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 375–463（89 aa） 片段：C-TERMINAL KH DOMAIN, RESIDUES 379-463 OF FULL LENGTH HNRNP K
突变：G26R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）5 mM；压力 1
分辨率未提供
1ZZI Crystal Structure Analysis of the third KH domain of hnRNP K in complex with ssDNA 提交 2005-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 385–463（79 aa） 片段：KH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 4000, TRIS HCl, MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1ZZI Crystal Structure Analysis of the third KH domain of hnRNP K in complex with ssDNA 提交 2005-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 385–463（79 aa） 片段：KH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；PEG 4000, TRIS HCl, MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
1ZZK Crystal Structure of the third KH domain of hnRNP K at 0.95A resolution 提交 2005-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 385–463（79 aa） 片段：KH3 domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；ammonium sulphate, PEG 400, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 0.95 Å R-free 0.127
7CRU hnRNPK NLS in complex with Importin alpha 1 (KPNA2) 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 18–38（21 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% w/v PEG 10000
分辨率 2.80 Å R-free 0.240
7CRU hnRNPK NLS in complex with Importin alpha 1 (KPNA2) 提交 2020-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 18–38（21 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 17% w/v PEG 10000
分辨率 2.80 Å R-free 0.240
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 57–66（10 aa） 片段：UNP residues 57-66
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 57–66（10 aa） 片段：UNP residues 57-66
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJO Crystal structure of human Bromodomain containing protein 4 (BRD4) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 57–66（10 aa） 片段：UNP residues 57-66
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris
分辨率 1.38 Å R-free 0.198

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HNRPK_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–82； UniProt 385–463 作者链 B； PDB构建体 4–82； UniProt 385–463 作者链 C； PDB构建体 4–82； UniProt 385–463

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zzj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zzj
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zzj
沉积日期 deposition_date2005-06-14
结构标题 titleStructure of the third KH domain of hnRNP K in complex with 15-mer ssDNA
关键词 keywordsPROTEIN-DNA COMPLEX, STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.39 Å
零角强度 I(0) i013266700.00
分子量 molecular_weight25433.0 kDa
排除体积 excluded_volume31111 ų
包络体积 envelope_volume40452 ų
水化壳体积 shell_volume16377 ų
包络直径 envelope_diameter85.3 Å
壳层 Rg shell_rg26.99 Å
包络 Rg envelope_rg22.60 Å
形状 Rg shape_rg22.41 Å
总 Rg total_rg22.96 Å
总原子数 total_atoms1775
残基数 n_residues230
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.5 Å
Rg (实空间) rg_real22.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7620e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13270000.0000
解质量估计 total_estimate0.6158
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.2 Å
偏度 Skewness skewness0.535
峰度 Kurtosis kurtosis-0.148
角度范围 angular_range— – 0.3500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2037000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.686; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.130; Positv: 1.000; Valcen: 0.659; Smooth: 0.893
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1zzja2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamilyd.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family familyd.51.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd1zzja3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1zzjb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamilyd.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family familyd.51.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd1zzjb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1zzjc2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.51 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
超家族 Superfamily superfamilyd.51.1 — Eukaryotic type KH-domain (KH-domain type I)
家族 Family familyd.51.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd1zzjc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1zzjA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — K Homology domain, type 1
结构域编号 domain_id1zzjB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — K Homology domain, type 1
结构域编号 domain_id1zzjC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — K Homology domain, type 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)