1kli

Cofactor-and substrate-assisted activation of factor VIIa

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

factor VIIa

Homo sapiens

UniProt P08709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 213–466 链 L; UniProt 144–212 片段:light chain 片段:heavy chain SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;275 K;Ammonium sulphate, glycerol, PEG 400, BICINE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 275K 分辨率 1.69 Å R-free 0.225
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 213–466 链 L; UniProt 144–212 片段:light chain 片段:heavy chain SO4 SULFATE ION × 8 CA CALCIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;275 K;Ammonium sulphate, glycerol, PEG 400, BICINE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 275K 分辨率 1.69 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FA7_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–69; UniProt 144–212 作者链 H; PDB构建体 1–254; UniProt 213–466

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1kli

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1kli
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1kli
沉积日期 deposition_date2001-12-12
结构标题 titleCofactor-and substrate-assisted activation of factor VIIa
关键词 keywordsextrinsic coagulation pathway, serine protease activation, rational drug design, substrate-assisted catalysis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.22
零角强度 I(0) i023284700.00
分子量 molecular_weight35449.0 kDa
排除体积 excluded_volume43818 ų
包络体积 envelope_volume50791 ų
水化壳体积 shell_volume21651 ų
包络直径 envelope_diameter68.0
壳层 Rg shell_rg26.24
包络 Rg envelope_rg19.72
形状 Rg shape_rg19.20
总 Rg total_rg20.22
总原子数 total_atoms2477
残基数 n_residues292
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.7
Rg (实空间) rg_real20.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real2.3280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.6800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23290000.0000
解质量估计 total_estimate0.8868
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.152
峰度 Kurtosis kurtosis-0.443
角度范围 angular_range— – 0.3900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha5996000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.999

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1klih_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1klil_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.11 — EGF/Laminin
家族 Family familyg.3.11.1 — EGF-type module

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1kliH01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1kliH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1kliL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology25 — Laminin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Laminin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)