1kn0

Crystal Structure of the human Rad52 protein

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rad52

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 11	water × 11	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD52_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 B； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 C； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 D； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 E； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 F； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 G； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 H； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 I； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 J； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212 作者链 K； PDB构建体 1–212； UniProt 1–212

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kn0
沉积日期 deposition_date	2001-12-18
结构标题 title	Crystal Structure of the human Rad52 protein
关键词 keywords	;beta-beta-beta-alpha fold, DNA-binding protein, ring protein, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kn0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kn0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kn0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.54 Å
Rg（电子密度）	40.02 Å
总 Rg	40.67 Å
原子数	15950
残基数	2024
排除体积	281880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kn0__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

结构域编号 domain_id	d1kn0a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0g_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0i_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0j_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

结构域编号 domain_id	d1kn0k_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.50 — dsRBD-like
超家族 Superfamily superfamily	d.50.1 — dsRNA-binding domain-like
家族 Family family	d.50.1.3 — The homologous-pairing domain of Rad52 recombinase

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	1kn0A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0H01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0I01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0J01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

结构域编号 domain_id	1kn0K01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — DNA repair protein Rad52/59/22

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晶胞边长 a length_a	145.610 Å
晶胞边长 b length_b	145.610 Å
晶胞边长 c length_c	247.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	88

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2361
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2970

描述 description	Rad52
分子量 formula_weight	23431.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K
原子数 atom_count	16032

Crystal Structure of the human Rad52 protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rad52

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kn0__assembly_1__model_1

1kn0__assembly_1__model_1 | I(q)

1kn0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

Crystal Structure of the human Rad52 protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rad52

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kn0__assembly_1__model_1

1kn0__assembly_1__model_1 | I(q)

1kn0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)