SAXSdb — 1kna

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HETEROCHROMATIN PROTEIN 1

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 17–76	片段：Residues 23-76 突变：K38M	METHYLATED Histone H3 × 1 （P02299）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KNA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KNE Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing trimethyllysine 9 提交 2001-12-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–76（60 aa）片段：Residues 17-76	突变：K38M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
1Q3L Chromodomain Of HP1 Complexed With Histone H3 Tail Containing monomethyllysine 9. 提交 2003-07-30	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–76（60 aa）片段：sequence database residues 17-76	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 1.64 Å R-free 0.241
3P7J Drosophila HP1a chromo shadow domain 提交 2010-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–206（76 aa）片段：UNP residues 131-206 链 B 131–206（76 aa）片段：UNP residues 131-206	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；12% PEG400, 0.1 M HEPES. Cryoprotected in 12% PEG400, 0.1 M HEPES, 33% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3P7J Drosophila HP1a chromo shadow domain 提交 2010-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–206（76 aa）片段：UNP residues 131-206 链 B 131–206（76 aa）片段：UNP residues 131-206	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；12% PEG400, 0.1 M HEPES. Cryoprotected in 12% PEG400, 0.1 M HEPES, 33% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
6ASZ Chromodomain HP1 with Y24F mutation bound to histone H3 peptide containing trimethyl lysine 提交 2017-08-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–76（60 aa）片段：Chromo 1 domain, residues 17-76	突变：Y24F , K38M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.3；277 K；0.1 M MES, 3.4 M (NH4)2SO4	分辨率 1.52 Å R-free 0.274
6AT0 Chromodomain HP1 with a p-nitro-L-phenylalanine mutation at position 24 bound to histone H3 peptide containing trimethyl lysine 提交 2017-08-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–76（60 aa）片段：Chromo 1 domain, residues 17-76	突变：K38M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；277 K；0.1M MES, 3.0M (NH4)2SO4	分辨率 1.28 Å R-free 0.260
6MHA dHP1 Chromodomain Y24W variant bound to histone H3 peptide containing trimethyllysine 提交 2018-09-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–74（53 aa）	突变：Y24W, K38M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；3.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES	分辨率 1.50 Å R-free 0.219

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HP1_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 17–76

METHYLATED Histone H3

物种未注明

UniProt P02299

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–16	片段：Residues 1-16 突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	HETEROCHROMATIN PROTEIN 1 × 1 （P05205）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1KNA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1KNE Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing trimethyllysine 9 提交 2001-12-18	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–16（16 aa）片段：Residues 1-16	突变：P16Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；283 K；Ammonium Sulfate, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
2NQB Drosophila Nucleosome Structure 提交 2006-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–135（135 aa）链 E 1–135（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Constituents of the crystallization buffer: Potassium Chloride, Manganese Chloride, and Potassium Cacodylate., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
2PYO Drosophila nucleosome core 提交 2007-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystallization was carried out by equilibrating a droplet containing 3 mg/ml nucleosome core particle, 80-85 mM MnCl2, 50-80 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0) against a reservoir solution containing of 40-42.5 mM MnCl2, 25-40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate (pH 6.0). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.43 Å R-free 0.262
2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–20（19 aa）片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.	分辨率 2.55 Å R-free 0.222
2YBA Crystal structure of Nurf55 in complex with histone H3 提交 2011-03-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–20（19 aa）片段：N-TERMINAL TAIL, RESIDUES 2-19	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 100 MM SODIUM CITRATE, PH 5.4; 200 MM AMMONIUM ACETATE; 23% PEG 3350.	分辨率 2.55 Å R-free 0.222
4QLC Crystal structure of chromatosome at 3.5 angstrom resolution 提交 2014-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.75；291 K；0.1 mM Citric acid, 0.1mM potassium chloride, and 10% MPD, pH 3.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.50 Å R-free 0.243
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4U68 Crystal structure of Rhino chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2014-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 5–15（11 aa）链 F 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；290 K；30 %(v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate, 25 % (w/v) PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.206
4UUZ MCM2-histone complex 提交 2014-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1M HEPES PH7, 21% PEG3000	分辨率 2.90 Å R-free 0.230
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133 链 E 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
4X23 CRYSTAL STRUCTURE OF CENP-C IN COMPLEX WITH THE NUCLEOSOME CORE PARTICLE 提交 2014-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 K 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133 链 O 41–133（93 aa）片段：UNP RESIDUES 41-133	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；10% MPD, 40MM SODIUM CACODYLATE, 24MM SPERMINE TETRA-HCL, 80MM SODIUM CHLORIDE, 20MM MAGNESIUM CHLORIDE; RESERVIOR 35% MPD. PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 294K	分辨率 3.50 Å R-free 0.286
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136 链 E 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
5WCU Crystal structure of 167 bp nucleosome bound to the globular domain of linker histone H5 提交 2017-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 K 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136 链 O 39–136（98 aa）片段：UNP residues 39-136	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；0.1 M NH4NO3, 10% MPD (v/v)	分辨率 5.53 Å R-free 0.238
6DZT Cryo-EM structure of nucleosome in complex with a single chain antibody fragment 提交 2018-07-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
6PWF Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome 提交 2019-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7VRF Crystal structure of Oxpecker chromodomain in complex with H3K9me3 提交 2021-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 5–15（11 aa）链 D 5–15（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.2M ammonium citrate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
7XYF Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 39–136（98 aa）链 E 39–136（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7XYG Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+3 position of the nucleosome 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 2–136（135 aa）链 E 2–136（135 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 U 1–136（136 aa）链 W 1–136（136 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.	分辨率 4.40 Å
9MU4 Structure of a native Drosophila melanogaster octameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 a 37–136（100 aa）链 e 37–136（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å
9MU5 Structure of a native Drosophila melanogaster hexameric nucleosome 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 a 45–136（92 aa）链 e 45–136（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å
9MU9 Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map 提交 2025-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric	链 a 37–136（100 aa）链 e 37–136（100 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 E 1–136（136 aa）链 F 1–136（136 aa）	突变：C111S 突变：C111S	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

共 23 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–16； UniProt 1–16

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kna
沉积日期 deposition_date	2001-12-18
结构标题 title	Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing dimethyllysine 9.
关键词 keywords	chromo, HP1, histone, dimethyllysine, methyllysine, H3, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.81 Å
零角强度 I(0) i0	1196510.00
分子量 molecular_weight	7082.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8783 Å³
包络体积 envelope_volume	9641 Å³
水化壳体积 shell_volume	7874 Å³
包络直径 envelope_diameter	34.1 Å
壳层 Rg shell_rg	16.10 Å
包络 Rg envelope_rg	11.14 Å
形状 Rg shape_rg	10.76 Å
总 Rg total_rg	12.31 Å
总原子数 total_atoms	499
残基数 n_residues	57
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	37.0 Å
Rg (实空间) rg_real	12.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1970e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1120e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1197000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9052
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.081
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.414
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	191400.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.966

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HETEROCHROMATIN PROTEIN 1
分子量 formula_weight	8586.5 kDa
突变 mutation	K38M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	585

MKKHHHHHHAEEEEEEYAVEKIIDRRVRKGMVEYYLKWKGYPETENTWEPENNLDCQDLIQQYEASRKD

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	METHYLATED Histone H3
分子量 formula_weight	1756.0 kDa
突变 mutation	P16Y
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

ARTKQTARKSTGGKAY

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	86

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1knaa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1knaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.792 Å
晶胞边长 b length_b	76.883 Å
晶胞边长 c length_c	75.548 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	28.630 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2590

fit	/app/data/saxs_computation/kn/1kna/1kna.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kn/1kna/1kna.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kn/1kna/1kna.dat

Chromo domain of HP1 complexed with histone H3 tail containing dimethyllysine 9.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HETEROCHROMATIN PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

METHYLATED Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)