1kqf

FORMATE DEHYDROGENASE N FROM E. COLI

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, MAJOR SUBUNIT

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, IRON-SULFUR SUBUNIT × 3 （P0AAJ3） FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, CYTOCHROME B556(FDN) SUBUNIT × 3 （P24185） MOLYBDENUM(VI) ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 15 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 CARDIOLIPIN × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FDNG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1015； UniProt 1–1015

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, IRON-SULFUR SUBUNIT

物种未注明

UniProt P0AAJ3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, MAJOR SUBUNIT × 3 （P24183） FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, CYTOCHROME B556(FDN) SUBUNIT × 3 （P24185） MOLYBDENUM(VI) ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 15 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 CARDIOLIPIN × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FDNH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–294； UniProt 1–294

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, CYTOCHROME B556(FDN) SUBUNIT

物种未注明

UniProt P24185

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 9	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, MAJOR SUBUNIT × 3 （P24183） FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, IRON-SULFUR SUBUNIT × 3 （P0AAJ3） MOLYBDENUM(VI) ION × 3 IRON/SULFUR CLUSTER × 15 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 6 CARDIOLIPIN × 3 water × 9	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FDNI_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–217； UniProt 1–217

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1kqf
沉积日期 deposition_date	2002-01-05
结构标题 title	FORMATE DEHYDROGENASE N FROM E. COLI
关键词 keywords	;OXIDOREDUCTASE, SELENIUM, SELENOCYSTEINE, SECYS, MOLYBDENUM, MOLYBDOPTERIN, MPT, MOLYBDOPTERIN GUANINE DINUCLEOTIDE, MGD, IRON SULFUR CLUSTER, FE4S4, FORMATE, DEHYDROGENASE, ANAEROBIC, INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1kqf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1kqf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1kqf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.34 Å
Rg（电子密度）	51.62 Å
总 Rg	51.34 Å
原子数	36000
残基数	4461
排除体积	640160 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1kqf__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, MAJOR SUBUNIT
分子量 formula_weight	113088.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13989

MDVSRRQFFKICAGGMAGTTVAALGFAPKQALAQARNYKLLRAKEIRNTCTYCSVGCGLLMYSLGDGAKNAREAIYHIEGDPDHPVSRGALCPKGAGLLDYVNSENRLRYPEYRAPGSDKWQRISWEEAFSRIAKLMKADRDANFIEKNEQGVTVNRWLSTGMLCASGASNETGMLTQKFARSLGMLAVDNQARVUHGPTVASLAPTFGRGAMTNHWVDIKNANVVMVMGGNAAEAHPVGFRWAMEAKNNNDATLIVVDPRFTRTASVADIYAPIRSGTDITFLSGVLRYLIENNKINAEYVKHYTNASLLVRDDFAFEDGLFSGYDAEKRQYDKSSWNYQLDENGYAKRDETLTHPRCVWNLLKEHVSRYTPDVVENICGTPKADFLKVCEVLASTSAPDRTTTFLYALGWTQHTVGAQNIRTMAMIQLLLGNMGMAGGGVNALRGHSNIQGLTDLGLLSTSLPGYLTLPSEKQVDLQSYLEANTPKATLADQVNYWSNYPKFFVSLMKSFYGDAAQKENNWGYDWLPKWDQTYDVIKYFNMMDEGKVTGYFCQGFNPVASFPDKNKVVSCLSKLKYMVVIDPLVTETSTFWQNHGESNDVDPASIQTEVFRLPSTCFAEEDGSIANSGRWLQWHWKGQDAPGEARNDGEILAGIYHHLRELYQSEGGKGVEPLMKMSWNYKQPHEPQSDEVAKENNGYALEDLYDANGVLIAKKGQLLSSFAHLRDDGTTASSCWIYTGSWTEQGNQMANRDNSDPSGLGNTLGWAWAWPLNRRVLYNRASADINGKPWDPKRMLIQWNGSKWTGNDIPDFGNAAPGTPTGPFIMQPEGMGRLFAINKMAEGPFPEHYEPIETPLGTNPLHPNVVSNPVVRLYEQDALRMGKKEQFPYVGTTYRLTEHFHTWTKHALLNAIAQPEQFVEISETLAAAKGINNGDRVTVSSKRGFIRAVAVVTRRLKPLNVNGQQVETVGIPIHWGFEGVARKGYIANTLTPNVGDANSQTPEYKAFLVNIEKA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, IRON-SULFUR SUBUNIT
分子量 formula_weight	32279.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAMETQDIIKRSATNSITPPSQVRDYKAEVAKLIDVSTCIGCKACQVACSEWNDIRDEVGHCVGVYDNPADLSAKSWTVMRFSETEQNGKLEWLIRKDGCMHCEDPGCLKACPSAGAIIQYANGIVDFQSENCIGCGYCIAGCPFNIPRLNKEDNRVYKCTLCVDRVSVGQEPACVKTCPTGAIHFGTKKEMLELAEQRVAKLKARGYEHAGVYNPEGVGGTHVMYVLHHADQPELYHGLPKDPKIDTSVSLWKGALKPLAAAGFIATFAGLIFHYIGIGPNKEVDDDEEDHHE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, CYTOCHROME B556(FDN) SUBUNIT
分子量 formula_weight	25405.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSKSKMIVRTKFIDRACHWTVVICFFLVALSGISFFFPTLQWLTQTFGTPQMGRILHPFFGIAIFVALMFMFVRFVHHNIPDKKDIPWLLNIVEVLKGNEHKVADVGKYNAGQKMMFWSIMSMIFVLLVTGVIIWRPYFAQYFPMQVVRYSLLIHAAAGIILIHAILIHMYMAFWVKGSIKGMIEGKVSRRWAKKHHPRWYREIEKAEAKKESEEGI

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MOLYBDENUM(VI) ION
分子量 formula_weight	95.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	740.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1989

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1kqfa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.52 — Double psi beta-barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.52.2 — ADC-like
家族 Family family	b.52.2.2 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1kqfa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.81 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
超家族 Superfamily superfamily	c.81.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3
家族 Family family	c.81.1.1 — Formate dehydrogenase/DMSO reductase, domains 1-3

结构域编号 domain_id	d1kqfb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.1 — 4Fe-4S ferredoxins
家族 Family family	d.58.1.5 — Ferredoxin domains from multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1kqfb2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.23 — Single transmembrane helix
超家族 Superfamily superfamily	f.23.22 — Iron-sulfur subunit of formate dehydrogenase N, transmembrane anchor
家族 Family family	f.23.22.1 — Iron-sulfur subunit of formate dehydrogenase N, transmembrane anchor

结构域编号 domain_id	d1kqfc_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.21 — Heme-binding four-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	f.21.1 — Transmembrane di-heme cytochromes
家族 Family family	f.21.1.1 — Formate dehydrogenase N, cytochrome (gamma) subunit

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	1kqfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 —

结构域编号 domain_id	1kqfA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	228 — Dimethylsulfoxide Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Dimethylsulfoxide Reductase, domain 2

结构域编号 domain_id	1kqfA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1kqfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1kqfB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1kqfB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	480 — Single helix bin

结构域编号 domain_id	1kqfC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	950 — Fumarate Reductase Cytochrome B subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Transmembrane di-heme cytochromes, Chain C

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晶胞边长 a length_a	203.000 Å
晶胞边长 b length_b	203.000 Å
晶胞边长 c length_c	203.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.1950

FORMATE DEHYDROGENASE N FROM E. COLI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, MAJOR SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, IRON-SULFUR SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, CYTOCHROME B556(FDN) SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kqf__assembly_1__model_1

1kqf__assembly_1__model_1 | I(q)

1kqf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

FORMATE DEHYDROGENASE N FROM E. COLI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, MAJOR SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, IRON-SULFUR SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

FORMATE DEHYDROGENASE, NITRATE-INDUCIBLE, CYTOCHROME B556(FDN) SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1kqf__assembly_1__model_1

1kqf__assembly_1__model_1 | I(q)

1kqf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)